Top League to półprofesjonalne rozgrywki, które znajdują się na szczycie krajowego systemu ligowego w Japonii, z awansami i spadkami między niższymi poziomami.
Zmiana zasady z zeszłego sezonu, polegająca na dopuszczaniu na boisko trzech zagranicznych graczy w dowolnym momencie, została zmieniona na sezon 2009–2010; jeden z trzech zagranicznych graczy musiał już reprezentować Japonię, obecnie kwalifikować się do reprezentowania Japonii lub kwalifikować się do reprezentowania Japonii w przyszłości.
Zespoły mogą wystawić jednego gracza z Asian Rugby Football Union (ARFU) poza powyższymi ograniczeniami dla graczy zagranicznych. Ten azjatycki gracz mógł reprezentować inny kraj na poziomie Test, A lub Sevens, o ile ten kraj jest członkiem Unii ARFU.
W zeszłym sezonie sześciu najlepszych zawodników automatycznie zakwalifikowało się do mistrzostw kraju; jednak w tym sezonie najlepsza czwórka kwalifikuje się, a drużyny, które zajmą miejsca od 5 do 10, grają o pozostałe dwa mecze kwalifikacyjne Top League.
Cztery punkty za zwycięstwo, dwa za remis, jeden punkt bonusowy za cztery lub więcej prób (BP1) i jeden punkt bonusowy za przegraną o siedem lub mniej (BP2). Jeśli drużyny osiągnęły ten sam poziom na jakimkolwiek etapie, dogrywki są stosowane w następującej kolejności: • Różnica między punktami za i przeciw • Łączna liczba punktów za • Liczba wygranych meczów • Łączna liczba punktów zdobytych w meczach pomiędzy remisującymi drużynami • Liczba wygranych meczów z wyłączeniem pierwszego meczu, potem drugiego i tak dalej, aż do rozstrzygnięcia remisu
Cztery najlepsze drużyny sezonu regularnego rywalizowały o mistrzostwo najwyższej ligi (baraże nie były sponsorowane w sezonie 2009–2010). Rywalizujące zespoły to Toshiba Brave Lupus, Sanyo Wild Knights, Toyota Verblitz i Suntory Sungoliath.
Drużyny Top League zajęły 7. i 10. miejsce w barażach o prawo do spotkania z drużyną Top League, która zajęła 5. miejsce w drugiej rundzie. Drużyny Top League zajęły 8. i 9. miejsce w barażach o prawo do spotkania z drużyną Top League, która zajęła 6. miejsce w drugiej rundzie.
Do drugiej rundy awansowały więc Coca-Cola West Red Sparks i NEC.
Druga runda
Drużyna z najwyższej ligi zajęła 5. miejsce w barażach ze zwycięzcą drużyn z miejsc 7. i 10., a drużyna z najwyższej ligi zajęła 6. miejsce w barażach ze zwycięzcą drużyn z miejsc 8. i 9. Dwie zwycięskie drużyny drugiej rundy awansowały do All-Japan Rugby Football Championship.
Tak więc Kobe i NEC awansowali do Ogólnojapońskich Mistrzostw Rugby w Piłce Nożnej.
Rozegrano dwa mecze o awans/spadek (Irekaesen) . Drużyna Top League zajęła 12. miejsce w barażach przeciwko drużynie Challenge 1, która zajęła 3. miejsce, a drużyna Top League zajęła 11. miejsce w barażach przeciwko drużynie Challenge 2, która zajęła 1. miejsce. Zwycięzcy zostali włączeni do najwyższej ligi na następny sezon.