BioBIKE
| Pierwsze wydanie | 2002 |
|---|---|
| Napisane w | Seplenienie |
| System operacyjny | Uniksopodobny |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | Przepływ pracy naukowej , przetwarzanie symboliczne, bioinformatyka , sztuczna inteligencja |
| Licencja | Otwarte oprogramowanie MIT |
| Strona internetowa | Repozytorium GitHub |
BioBike (nee. BioLingua) to oparta na chmurze , programowalna przez Internet ( Paas ) symboliczna platforma biokomputerowa i bioinformatyczna , której celem jest tworzenie biologii obliczeniowej , a zwłaszcza inteligentnych biokomputerów (czyli zastosowania sztucznej inteligencji w biologii obliczeniowej ) dostępne dla naukowców, którzy nie są ekspertami w dziedzinie programowania.
Unikalne możliwości
BioBIKE to zintegrowana symboliczna platforma biokomputerowa i bioinformatyczna, zbudowana od samego początku jako całkowicie (tak zwana obecnie) architektura oparta na chmurze , w której całe przetwarzanie odbywa się na zdalnych serwerach, a dostęp użytkowników odbywa się za pośrednictwem przeglądarek internetowych.
BioBIKE ma wbudowany system ramek , w których reprezentowane są wszystkie obiekty, dane i wiedza. Dzięki temu kod napisany w natywnym Lispie , wizualnym języku programowania lub systemach reguł wyrażonych w dowodzie twierdzeń SNARK ma dostęp do całej wiedzy biologicznej w zintegrowany sposób.
Jak na swoje czasy (wydany w 2002 r.) był wyjątkowy, ponieważ umożliwiał użytkownikom tworzenie w pełni funkcjonalnych programów biokomputerowych, które działają na serwerach zaplecza całkowicie za pośrednictwem interfejsu użytkownika przeglądarki internetowej. (Mówiąc współcześnie, był to jeden z pierwszych PaaS (Platform as a Service) , wyprzedzający pod tym względem nawet Salesforce ). całkowicie graficzne środowisko programistyczne na bazie BioBIKE, oparte na środowiskach programistycznych w stylu Boxer.
Będąc wielogłowym, wielowątkowym, wieloużytkownikowym systemem opartym na chmurze, użytkownicy BioBIKE mogli bezpośrednio współpracować za pośrednictwem swoich przeglądarek internetowych, zdalnie dzieląc ten sam odbiornik i przestrzeń pamięci. Pozwoliło to na wyjątkowy rodzaj współpracy, omówiony w Shrager (2007).
Specjalistyczny odgałęzienie BioBIKE o nazwie „BioDeducta” obejmuje narzędzie do dowodzenia twierdzeń SNARK firmy SRI , oferujące unikalne możliwości „dedukcyjnego biokomputera”.
Realizacja
BioBIKE to oprogramowanie typu open source zaimplementowane przy użyciu języka programowania Lisp . Ciągły rozwój odbywa się przez zespół BioBIKE skupiony na Virginia Commonwealth University .
Historia
BioBIKE pierwotnie nosił nazwę „BioLingua” i został opracowany przez Jeffa Shragera z The Carnegie Inst. z Washington Dept. of Plant Biology i JP Massar przy wsparciu finansowym Wydziału Astrobiologii NASA . Shrager i Massar chcieli stworzyć internetową maszynę Lisp dla wielu użytkowników , specjalizującą się w bioinformatyce . Innymi wczesnymi współtwórcami projektu byli Mike Travers i Jeff Elhai z VCU . Elhai uzyskał stałe finansowanie z National Science Foundation na projekt, który został przemianowany na BioBIKE. Elhai i współpracownicy dodali unikalny wizualny język programowania BioBIKE . W międzyczasie Shrager współpracował z Richardem Waldingerem w SRI, aby zbudować dowód twierdzenia SRI ( SNARK ) w BioBIKE, tworząc dedukcyjny system biokomputerowy o nazwie BioDeducta.
Instancje
Kiedyś istniało wiele pionów BioBIKE w różnych domenach biologicznych, w tym patogeny wirusowe, cyjanobakterie i inne bakterie, Arabidopsis thaliana i kilka innych opisanych w odnośnikach.