C10orf35

Podświetlona na niebiesko linia pokazuje lokalizację genu c10orf35 na chromosomie 10.

Otwarta ramka odczytu chromosomu 10 35 ( c10orf35 ) to gen, który u ludzi koduje białko transbłonowe wiążące białko. Białko zawiera domenę o nieznanej funkcji 4605 (DUF4605), która należy do rodziny białek pfam15378. Gen ten znajduje się w locus 10q22.1.

Charakterystyka ogólna

Analizowano właściwości fizyczne białka c10orf35 i przewidywano, że masa cząsteczkowa wynosi 13,2 kdal, a punkt izoelektryczny 11,5. Analizowano również właściwości DUF4605 i przewidywano, że masa cząsteczkowa wyniesie 6,0 kdal. Przewidywano, że punkt izoelektryczny wyniesie 6,9, co jest znacznie mniej zasadowe niż pełne białko.

Właściwości i struktura

Ten obraz daje przewidywany obraz głównych cech struktury drugorzędowej, zachowanych regionów i miejsca modyfikacji potranslacyjnej.

Białko to zawiera wysoce konserwatywny region pomiędzy aminokwasami 1 i 19 odkryty przez MSA. DUF 4605 znajduje się między aminokwasami 62 a 92. Przewiduje się, że drugorzędowa struktura białka c10orf35 składa się z arkusza β między aminokwasami 3 i 5, α-helisy między 61 a 72 i transbłonowej α-helisy między aminokwasami 92 i 112. Seryna w pozycji 62 może być fosforylowana, tworząc grupę fosfoserynową.

Homologia

paralogi

Białko będące przedmiotem zainteresowania ma podobną, paralogiczną domenę znalezioną w c4orf32, która jest konserwowana u ssaków, ptaków, bardzo niewielu gadów i jednego płaza.

ortologi

Białko kodowane przez c10orf35 ma wiele ortologów występujących głównie u ssaków, gadów, kilku płazów, jednej ryby i jednego bezkręgowca. W oparciu o dopasowanie wielu sekwencji między reprezentatywnymi ortologami, potwierdzono DUF 4605 i drugi, wysoce konserwatywny region.

Wyrażenie

Ten obraz przedstawia ekspresję białka c10orf35 w różnych tkankach ludzkich.

Białko c10orf35 wykazuje ekspresję powyżej 75 percentyla w mózgu, rdzeniu kręgowym i męskich narządach rozrodczych. W męskim układzie rozrodczym RNA znajduje się w jądrach i prostacie, podczas gdy białko ulega ekspresji w najądrzach. W mózgu RNA znajduje się w korze mózgowej, podczas gdy białko jest wszechobecne w całym mózgu.

Interakcje białek

Białko c10orf35 zostało eksperymentalnie wykazane za pomocą Affinity Capture-MS do interakcji z 7 innymi białkami, jak pokazano poniżej.

Oddziałujący symbol białka	Definicja
ATP1B3	ATPaza, transport Na + /K + , polipeptyd beta 3
CD3E	Cząsteczka CD3e, epsilon (kompleks CD3-TCR)
GABRE	Kwas gamma-aminomasłowy (GABA) Receptor A, epsilon
HTR3C	Receptor 5-hydroksytryptaminy (serotoniny) 3C, jonotropowy
LPAR1	Receptor kwasu lizofosfatydowego 1
SGCD	Sarkoglikan, delta (glikoproteina związana z dystrofiną 35 kDa)
ZACN	Aktywowany cynkiem kanał jonowy bramkowany ligandem