CCDC11
Coiled-Coil Domain Containing 11 , znana również jako CCDC11 , jest białkiem kodowanym przez gen CCDC11 znajdujący się na chromosomie 18 u ludzi.
Przegląd
Gen CCDC11 znajduje się na chromosomie 18q21.1 i składa się z 39303 BP. Białko CCDC11 składa się z 514 aminokwasów i ma masę 61835 Da. Jego aliasy obejmują domenę typu coiled-coil zawierającą białko 11, FLJ32743, OTTHUMP00000163503.
Homologia
CCDC ma ortologi aż do betaproteobakterii, która jest klasą proteobakterii. Poniższa tabela przedstawia niewielki wybór ortologów znalezionych za pomocą wyszukiwania w BLAST i BLAT. W żadnym wypadku nie jest to wyczerpująca lista; pokazuje jednak różnorodność gatunków, w których występuje CCDC11.
| Gatunek | Nazwa zwyczajowa organizmu | Przystąpienie NCBI | Długość (AA) | Tożsamość sekwencji | Podobieństwo sekwencji |
| Homo sapiens | Człowiek | NP_659457 | 514 | 100% | 100% |
| Panowie troglodyci | Szympans | XP_523923.3 | 514 | 99% | 99% |
| Callithrix jacchus | Pazurczatka | XP_002757278.1 | 514 | 92% | 95% |
| Ailuropoda melanoleuca | Panda | XP_002939158.1 | 514 | 83% | 91% |
| Znajomy pies | Pies | XP_547689.3 | 514 | 82% | 91% |
| Bos Byk | Krowa | XP_002697813.1 | 514 | 81% | 91% |
| Loxodonata africana | Słoń | XP_003406348.1 | 514 | 80% | 91% |
| Rattus norvegicus | Szczur | XP_001053914.2 | 514 | 71% | 87% |
| Mus musculus | Mysz | NP_083224.2 | 514 | 70% | 87% |
| Ornithorhynchus anatinus | Dziobak | XP_001509001.2 | 465 | 49% | 72% |
| Monodelphis domestica | Opos | XP_001372850.2 | 507 | 47% | 70% |
| Xenopus tropicalis | Żaba | NP_001120281.1 | 516 | 39% | 65% |
| Anolis carolinensis | Jaszczurka | XP_003227331.1 | 514 | 37% | 62% |
| Nematostella vectensis | Zawilec morski | XP_001628275.1 | 440 | 36% | 58% |
| Branchiostoma floridae | Lancet | XP_002609924.1 | 528 | 35% | 61% |
| Adhaerens Trichoplax | Trichoplax | XP_002111027.1 | 514 | 33% | 60% |
| Danio Rerio | Zebry | NP_001038595.2 | 519 | 32% | 58% |
| Amphimedon queenslandica | Gąbka | XP_003389146.1 | 513 | 31% | 60% |
Okolice gen
Poniższy obraz z NCBI pokazuje sąsiedztwo genu CCDC11 na chromosomie 18. CCDC11 ma białko domeny wiążącej metylo-CPG 1, MBD1, powyżej i miozynę VB3, MYO5B, poniżej. Wszystkie CCDC11, MBD1 i MYO5B są zorientowane ujemnie. Zwróć uwagę na bliskie sąsiedztwo MBD1 i CCDC11.
Przewidywana modyfikacja potranslacyjna
Narzędzia na stronie ExPASy Proteomics przewidują następujące modyfikacje potranslacyjne:
| Narzędzie | Przewidywana modyfikacja | Homo sapiens | Mus musculus | Bos Byk |
| YinOYang | O-β-GlcNAc | T239, S510 | T239 | T239, S509, T510 |
| NetPhos | fosforylacja | T8, T17, S43, S53, S56, S57, Y112, T134, S170, S240, S425, S461 | T17, S43, S53, S56, S107, Y112, S114, S170, T284, S287, S492 | T17, S56, T64, S107, T112, T122, T325, S442, S482, S507 |
Jedno narzędzie na ExPASy, iPSORT, nie wykazało peptydu sygnałowego; jednak wskazywało, że CCDC11 jest mitochondrialny. Inne narzędzie w ExPASy, SOSUI, wskazało, że białko jest białkiem rozpuszczalnym.