COMPLEAT (narzędzie bioinformatyczne)
Protein Complex E nrichment A nalysis Tool to internetowe narzędzie bioinformatyczne używane do analizowania zbiorów danych o dużej przepustowości (lub zbiorów danych na małą skalę) przy użyciu analizy wzbogacania w kompleksy białkowe. Narzędzie wykorzystuje zasób kompleksu białkowego jako dane adnotacji zaplecza zamiast konwencjonalnej ontologii genów lub adnotacji opartych na ścieżce. Narzędzie zawiera kilka przydatnych funkcji, aby zapewnić kompleksowe środowisko eksploracji danych, w tym wizualizację opartą na sieci i opcje interaktywnych zapytań.
COMPLEAT może być używany do analizy ekranów RNAi , zestawów danych proteomicznych , danych dotyczących ekspresji genów i wszelkich innych zestawów danych o dużej przepustowości , w których istotna jest informacja o kompleksie białkowym.
Aplikacje
COMPLEAT został z powodzeniem zastosowany do identyfikacji:
- Dynamiczne kompleksy białkowe regulowane przez insulinę i naskórkowe czynniki wzrostu, w tym rolę kompleksu Brahmy w komórkowej odpowiedzi na insulinę.
- Ewolucyjnie konserwowane kompleksy molekularne, które regulują rozmiar jąder, gdy złożone składniki były celem interferencji RNA.
- Nowatorska rola kompleksów endocytozy i transportu pęcherzyków w ścieżce sygnalizacyjnej Hippo.