Centrum wymiany narzędzi i zasobów informatyki neuroobrazowania
 | |
 Internetowe narzędzia i zasoby informatyczne do neuroobrazowania: współpraca, testowanie i obliczenia
| |
Rodzaj witryny |
Współpraca , System zarządzania rozwojem oprogramowania , Zbiory danych , Środowisko obliczeniowe |
|---|---|
| Adres URL | |
| Użytkownicy | Ponad 300 000 |
Neuroimaging Tools and Resources Collaboratory ( NITRC ) to środowisko wiedzy z zakresu informatyki neuroobrazowania dla MR, PET/SPECT, CT, EEG/MEG, obrazowania optycznego, neuroinformatyki klinicznej, genomiki obrazowania oraz narzędzi i zasobów neuronauki obliczeniowej.
Opis
Zainicjowana w 2006 roku i obecnie finansowana przez NIH Grant numer: 1R24EB029173 , misją NITRC jest zapewnienie przyjaznego dla użytkownika środowiska wiedzy, które umożliwia dystrybucję, ulepszanie i wdrażanie narzędzi i zasobów do neuroobrazowania oraz rozszerzyło się od MR do obrazowania genomiki, EEG / MEG, PET / SPECT, CT, obrazowania optycznego, neuroinformatyki klinicznej i neuronauki obliczeniowej. Obsługując 143 000 odsłon miesięcznie, ponad 1000 narzędzi i zasobów NITRC zostało pobranych ponad 11,4 miliona razy przez 1,4 miliona użytkowników.
Celem NITRC jest wspieranie naukowców zajmujących się ulepszaniem, przyjmowaniem, dystrybucją i przyczynianiem się do ewolucji wcześniej finansowanych narzędzi i zasobów do analizy neuroobrazowania do szerszego użytku społeczności. Promując narzędzia programowe, przepływy pracy, zasoby, słowniki, dane testowe i wstępnie przetworzone obrazy generowane przez społeczność za pośrednictwem repozytorium obrazów (NITRC-IR), NITRC zapewnia naukowcom większy i wydajniejszy dostęp do narzędzi i zasobów, których potrzebują; lepsze kategoryzowanie i organizowanie istniejących narzędzi i zasobów za pomocą kontrolowanego słownictwa; ułatwianie interakcji między badaczami i programistami poprzez fora, bezpośredni kontakt e-mailowy, oceny i recenzje; oraz promowanie lepszego wykorzystania poprzez udoskonaloną dokumentację.
Zbliżać się
Aby sprostać zróżnicowanym potrzebom programistów i badaczy zajmujących się neuroobrazowaniem, NITRC oferuje funkcje współpracy podobne do tych, które można znaleźć na platformach takich jak GitHub i SourceForge . Aby zapewnić taką funkcjonalność, dostosowaliśmy otwarty GForge . Dlatego w ramach NITRC każde narzędzie lub zasób ma opcję oferowania treści opisowych, a także korzystania z MediaWiki, CVS/SVN, śledzenia błędów, wiadomości i forów do dystrybucji informacji i pobierania. Umieszczony na serwerach NITRC i połączony z istniejącymi witrynami internetowymi, NITRC jest źródłem narzędzi i zasobów informatycznych do neuroobrazowania.
Uruchomiony w 2007 roku z elastycznym harmonogramem programowania, zespół NITRC nadal ustala priorytety i wdraża ulepszenia funkcjonalne i projektowe, aby strona internetowa była jeszcze bardziej dostępna. Podczas gdy zakres naukowy rozszerza się, rozszerzają się również usługi rozszerzone NITRC, które obejmują repozytorium obrazów wspierające udostępnianie danych obrazowych oraz usługę środowiska obliczeniowego na Amazon Marketplace , która wspiera wykonywanie złożonych analiz obliczeniowych danych obrazowych.
Usługi
Pakiet usług Neuroimaging Informatics Tools and Resources Clearinghouse (NITRC) obejmuje:
NITRC Resource Repository (NITRC-R) to środowisko współpracy typu „idź do”, które umożliwia ogólnoświatową dystrybucję, ulepszanie i wdrażanie narzędzi i zasobów neuroinformatycznych. Zakres naukowy NITRC-R obejmuje MR, PET/SPECT, CT, EEG/MEG, obrazowanie optyczne, neuroinformatykę kliniczną, genomikę obrazowania, a ostatnio neurobiologię obliczeniową.
NITRC Image Repository (NITRC-IR) , zbudowane na XNAT, to wyselekcjonowane repozytorium skanowanych obrazów DICOM i NIfTI, które można przeszukiwać według metadanych, takich jak diagnoza, ręczność, płeć lub grupa. Zestawy danych NITRC-IR obejmują: Functional Connectoms, Autism Brain Imaging Data Exchange (ABIDE), Sample, ADHD-200, Beijing Eyes Open Eyes Shut.
Środowisko obliczeniowe NITRC (NITRC-CE) to wirtualna usługa obliczeniowa dużych zbiorów danych, wstępnie skonfigurowana z popularnymi narzędziami do analizy oprogramowania do neuroobrazowania, umożliwiająca płatność zgodnie z rzeczywistym użyciem czasu obliczeniowego. Korzystając z AWS EC2 i wykorzystując NeuroDebian, NITRC-CE i NITRC-CE dla Cluster Compute Instances są dostępne za pośrednictwem AWS Marketplace. Dostępna jest również publiczna instancja maszyny Amazon (AMI).
Wyniki
Triada usług NITRC służy globalnej społeczności badawczej neuroinformatyki, a 64% jej użytkowników pochodzi ze Stanów Zjednoczonych, Chin, Niemiec, Wielkiej Brytanii i Kanady. Z ponad 3,2 milionami odsłon i 747 000 wizyt 335 200 unikalnych użytkowników, NITRC-R ułatwia dostęp do coraz większej liczby narzędzi i zasobów neuroinformatycznych (630). NITRC-IR oferuje 4800 przedmiotów, które można przeszukiwać w 9 projektach, aby promować ponowne wykorzystanie i integrację tych cennych wspólnych danych. Średnio 20 900 odwiedzin i 76 200 odsłon miesięcznie, oprogramowanie i dane z NITRC-R i NITRC-IR zostały pobrane ponad 1,3 miliona razy. NITRC-CE zapewnia uproszczone wdrażanie obliczeń w chmurze, które obsługuje FreeSurfer, FSL, AFNI i wiele innych zasobów oprogramowania. W rzeczywistych testach przetwarzania reprezentatywne obliczenie, które zajęłoby 24 godziny na komputerze stacjonarnym o dużej mocy, zajęło 25% czasu (8 godzin) przy koszcie zaledwie 4 USD. Test polegał na obliczeniu morfometrii opartej na wokselach (VBM) FSL na 64 osobach z CANDIShare uruchomionego na komputerze stacjonarnym Intel Xeon Mac 2,8 GHz w porównaniu z dużą instancją AWS (m1.large) przy użyciu równoległości SGE na 4 rdzeniach.
Uczestnicy
NITRC jest prowadzony przez University of Massachusetts Medical School w Worcester, MA; i jest zbudowany i obsługiwany we współpracy z TCG, Inc. z Waszyngtonu; Preuss Enterprises, Inc., Floryda; i The Paulson Venture, Kalifornia. NITRC-R i NITRC-IR są hostowane przez Centrum Badań nad Systemami Biologicznymi na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego. Obecni członkowie zespołu to: David Kennedy i Christian Haselgrove, UMMS; Nina Preuss, PMP, Preuss Enterprises Inc.; Matthew Travers i Al Crowley, TCG, Inc.; oraz Abby Paulson, The Paulson Venture.