Ciemny proteom
Ciemny proteom definiuje się jako białka bez określonej trójwymiarowej struktury. Nie można go wykryć ani przeanalizować za pomocą modelowania homologicznego lub nie jest znana analityczna ocena ilościowa konformacji molekularnej. Ciemne białka składają się głównie z nieznanych niewiadomych
Historia i pochodzenie
Szacuje się, że około 14% proteomu archeonów i bakterii oraz aż 44–54% proteomu eukariontów i wirusów jest ciemne. Pochodzenie tych ciemnych białek jest niejasne. Duża część ciemnego proteomu jest pochodzenia wirusowego. Ciemne regiony białek są ciemne, ponieważ pochodzą od niezwykłych organizmów bez wystarczającej liczby bliskich krewnych w aktualnych bazach danych białek, aby zapewnić dane białko-białko dotyczące dopasowania sekwencji i określenia struktury.
Funkcjonować
Ciemne białka nie mają zastosowania do paradygmatu struktura-funkcja, którego przestrzegają wszystkie białka. Składają się głównie z białek wewnętrznie nieuporządkowanych (IDP), które są niezbędne do pewnych funkcji biologicznych, takich jak splicing, sygnalizacja transkrypcyjna i posttranslacyjna oraz sygnalizacja za pośrednictwem sieci białkowych. Procesy te są zwykle przeprowadzane wewnątrzkomórkowo, jednak ciemne białka są nadreprezentowane w macierzy zewnątrzkomórkowej i retikulum endoplazmatycznym. Ciemne białka zachowują się podobnie do polimerów i są zdolne do przyjmowania wielu, jeśli nie nieskończonych, form konformacyjnych dzięki zdolności adaptacyjnej łańcucha polipeptydowego. Wynika to z braku struktury, która zapewnia elastyczność i zwrotność, co pomaga w niektórych procesach rybosomalnych i komórkowych. Są również nadreprezentowane w niektórych tkankach wydzielniczych i środowisku zewnętrznym, co pomaga komórce w walce z trudnymi środowiskami komórkowymi. Funkcja nie ogranicza się tylko do sygnalizacji i obrony, choć nie jest w pełni zrozumiała. „Ciemne białka to w większości nieznane niewiadome”
Metody wykrywania
Obecnie tylko techniki obliczeniowe i analityczne, takie jak podczerwień (IR), dichroizm kołowy (CR), spektrometria mas (MS), eksperymenty na pojedynczych cząsteczkach , szerokokątne rozpraszanie promieni rentgenowskich , małokątowe rozpraszanie promieni rentgenowskich , szerokokątne rozpraszanie promieni (WAXS), magnetyczny rezonans jądrowy (NMR) i filtracja żelowa . Metodologia połączona z technikami jest zalecana, jeśli przy użyciu jednej metody brakuje pewnych punktów danych, uzupełnieniem tej luki może być metoda uzupełniająca.