CodonCode Aligner
| Deweloperzy | Firma CodonCode |
|---|---|
| Wersja stabilna | 4.2.5 / 2013 |
| System operacyjny | Mac OS X, Windows |
| Typ | Bioinformatyka |
| Licencja | handlowy; bezpłatny do ograniczonego użytku (śledzenie przeglądania i edycji) |
| Strona internetowa | http://www.codoncode.com/aligner |
CodonCode Aligner to komercyjna aplikacja do składania sekwencji DNA , dopasowywania sekwencji i edycji w systemach Mac OS X i Windows .
Cechy
Funkcje obejmują edycję chromatogramu , przycinanie końców i przycinanie wektorów, składanie sekwencji i edytowanie kontigów, dopasowywanie cDNA do szablonów genomowych, dopasowywanie i edytowanie sekwencji, dopasowywanie kontigów do siebie za pomocą ClustalW , MUSCLE lub wbudowanych algorytmów, wykrywanie mutacji, w tym wykrywanie heterozygotycznego polimorfizmu pojedynczego nukleotydu , analiza heterozygotycznych insercji i delecji, rozpoczęcie wyszukiwania online BLAST , analiza restrykcyjna (wyszukiwanie i przeglądanie miejsc cięcia restrykcyjnego), wyostrzanie śladów i obsługa Phred , Phrap , ClustalW i MUSCLE .
Historia
Pierwsza wersja beta CodonCode Aligner została wydana w kwietniu 2003 r., A następnie pierwsza pełna wersja w czerwcu 2003 r. Główne aktualizacje zostały wydane w latach 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 i 2008.
W kwietniu 2009 roku CodonCode Aligner był cytowany w ponad 400 publikacjach naukowych. Cytaty obejmują szeroki zakres obszarów badań biomedycznych, w tym badania nad HIV, biogeografię i biologię środowiska, badania metylacji DNA, choroby genetyczne, mikrobiologię kliniczną oraz badania nad ewolucją i filogenetyką.