CyberCell
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Baza danych dostarczająca ilościowych danych genomicznych, proteomicznych i metabolomicznych E. coli. |
| Przechwycone typy danych |
Dane dotyczące genów i białek; informacje funkcjonalne lub ontologiczne; pozycja genu i lokalizacja białka; poziomy ekspresji białek, metabolitów i RNA; informacje o interakcjach białek i stechiometrii białek; stałe szybkości enzymu; struktury, reakcje i szlaki metabolitów; listy kofaktorów i ligandów; inne dane molekularne. |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Alberty |
| Laboratorium | Davida S. Wisharta |
| Podstawowy | |
| dostęp do cytowań | |
| Strona internetowa | http://ccdb.wishartlab.com/CCDB/ |
| Różnorodny | |
| Częstotliwość udostępniania danych |
Ostatnia aktualizacja w 2006 r |
CyberCell (CCDB) jest ogólnodostępną, dostępną przez Internet bazą danych, która zawiera ilościowe dane genomiczne , proteomiczne i metabolomiczne dotyczące Escherichia coli. Escherichia coli (szczep K12) jest prawdopodobnie najlepiej zbadaną bakterią na planecie i była organizmem z wyboru w kilku międzynarodowych próbach symulacji komórek. Te wysiłki w zakresie symulacji komórek wymagają aktualnych zasobów dostępnych w Internecie, które dostarczają kompleksowych, nieredundantnych i ilościowych danych na temat tej bakterii. Celem CCDB jest ułatwienie gromadzenia, weryfikacji, koordynacji i przechowywania kluczowych informacji wymaganych do symulacji E. coli in silico.
Treść
CCDB zawiera cztery różne bazy danych, które można przeglądać, dostarczając odpowiednio informacji o genach/białkach (CCDB), danych o strukturze białek 3D (CC3D), informacjach o tRNA i rRNA (CCRD) oraz danych o metabolitach (CCMD). Dane zostały zebrane lub wygenerowane przy użyciu różnych źródeł i narzędzi, w tym podręczników, opublikowanych artykułów naukowych, elektronicznych baz danych, własnego oprogramowania oraz programów internetowych. Każda baza danych istnieje jako łatwo formatowalna, łatwa do przeglądania tabela synoptyczna, która pozwala użytkownikom swobodnie przewijać różne bazy danych. Szczegółowe informacje na temat każdego genu, białka, RNA, struktury 3D lub metabolitu można uzyskać, klikając „ColiCard” w lewej kolumnie. Każda karta zawiera ponad 60 pól dotyczących wszystkich aspektów sekwencji, funkcji lub struktury danej cząsteczki, a także hiperłącza do innych źródeł informacji, takich jak EcoGene i EcoCyc, streszczenia naukowe i interaktywne aplety do przeglądania struktur lub map chromosomów. Jedną z bardziej atrakcyjnych cech CCDB jest możliwość obsługi wyszukiwania i sortowania bazy danych. Oferuje narzędzia do lokalnego wyszukiwania BLAST , wyszukiwania tekstu boolowskiego , wyszukiwania struktury chemicznej i ekstrakcji relacyjnej bazy danych . Wyniki tego ostatniego można eksportować w różnych formatach, w tym w formacie HTML , Excel i okrągłym aplecie chromosomów . Jedną z najpopularniejszych funkcji CCDB jest „E. coli Statistics” (dostępne za pośrednictwem łącza „Stats” na górze strony głównej CCDB). Ten link zawiera bogate źródło informacji o zawartości, wymiarach i właściwościach fizyko-chemicznych komórki E. coli.
Adnotacja społeczności
W celu ułatwienia poprawiania i przesyłania danych baza danych CyberCell umożliwia użytkownikom elektroniczną edycję lub aktualizację „ColiCards”. Modyfikacje te są dodawane na stałe dopiero po ich przejrzeniu i zaakceptowaniu przez archiwistę. Oprócz modyfikacji dokonywanych przez użytkowników, CCDB na bieżąco wykonuje również zautomatyzowane operacje samoaktualizacji, dzięki czemu baza danych jest aktualna.
Zakres i dostęp
Wszystkie dane w CCDB są niezastrzeżone lub pochodzą z niezastrzeżonego źródła. Jest ogólnodostępny i dostępny dla każdego. Ponadto prawie każdy element danych jest w pełni identyfikowalny i ma wyraźne odniesienie do oryginalnego źródła. Dane CCDB są dostępne za pośrednictwem publicznego interfejsu internetowego i plików do pobrania.