EamA
| Identyfikatory | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EamA | |||||||||
| Symbol | EamA | ||||||||
| Pfam | PF00892 | ||||||||
| Klan Pfam | CL0184 | ||||||||
| InterPro | IPR000620 | ||||||||
| TCDB | 2.A.7 | ||||||||
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| systemu wypływu cysteiny i O-acetylo-L-seryny | |||||||
| Organizm | |||||||
| Symbol | eamA | ||||||
| Alt. symbolika | ydeD | ||||||
| RefSeq (Prot) | NP_416050.4 | ||||||
| UniProt | P31125 | ||||||
| Inne dane | |||||||
| Chromosom | genom: 1,62 - 1,62 Mb | ||||||
| |||||||
EamA (nazwa pochodzi od genu eksportu O-acetylo-seryny/cysteiny w E. coli ) jest domeną białkową występującą w wielu różnych białkach, w tym w białku PecM Erwinia chrysanthemi , które bierze udział w regulacji pektynazy , celulazy i niebieskiego pigmentu, Białko PagO Salmonella typhimurium (funkcja nieznana) i niektórzy członkowie transporterów nukleozydów-cukru z rodziny nośników substancji rozpuszczonych 35 (SLC35). Wielu członków tej rodziny nie ma znanej funkcji i przewiduje się, że są integralnymi białkami błonowymi , a wiele białek zawiera dwie kopie domeny.
Domena
EamA była wcześniej nazywana DUF6 (funkcja nieznana domeny) 6 i była jedną z pierwszych rodzin DUF, które pojawiły się w Pfam . Analiza filogenetyczna największego prawdopodobieństwa wskazuje, że ta rodzina zawiera cztery stabilne podrodziny o wysokich wartościach bootstrap: SLC35C / E, SLC35F, SLC35G (enzym kondensujący acylo-malonyl podobny do AMAC) i permeazy purynowe.
EamA HMM pokazuje strukturę dwóch domen EamA. Jednak wpisy dla UAA, Nuc_sug_transp i DUF914, które prawdopodobnie pochodziły z EamA, HMM obejmuje zduplikowaną strukturę jako pojedynczy HMM.
Funkcjonować
AMAC (enzym kondensujący acylo-malonyl) jest wymiennym, ale bardziej ogólnym terminem biochemicznym niż syntaza 3-ketoacylo-CoA FAE 1, która odnosiłaby się tylko do syntazy nr 1. Jednak struktura transbłonowa wskazuje, że AMAC są transporterami, a nie enzymami. W związku z tym sekwencje TMEM20, TMEM22 , AMAC1 i podobne do AMAC (AMAC1L1, AMAC1L2, AMAC1L3) zostały przemianowane na SLC35Gs w RefSeq dla człowieka i myszy (SLC35G1 – 6). Co więcej, EamA jest jedyną rodziną transporterów leków/metabolitów, która przekroczyła prokariota / eukariota , mimo że żadna z pierwotnych rodzin nie przekroczyła tej granicy. Wysoce zróżnicowana rodzina EamA Pfam została stworzona przez iteracyjne rozszerzanie oryginalnego zbioru danych.
Ewolucja
Zidentyfikowano prawdopodobną kolejność ewolucyjną ludzkich transporterów cukru nukleotydowego 5 + 5 TM. Dokonano tego poprzez szkolenie HMM na każdej połowie tych białek: EamA, TPT, DUF914, UAA i NST. Pierwszą metodą było skalowanie wielowymiarowe w IBM SPSS, gdzie jako dane wejściowe wykorzystano macierz miar podobieństwa parami z porównań HMM-HMM. Wynikiem był wykres, pokazujący wyraźny podział między domenami DMT-1 i DMT-2, gdzie EamA-1 i EamA-2 były wyraźnie pośrodku. Wynik ten można zinterpretować jako duplikat EamA i że inne rodziny reprezentują „rozbieżne” kopie EamA.
Zmierzono odległość (100-p) między połówkami domen, a rodziny posortowano według następujących odległości: EamA (najmniejsza odległość między połówkami domen), TPT, DUF914, UAA i NST (największa odległość między połówkami domen). Być może zaskakujące było to, że ta kolejność replikowała również odległość do EamA, tak że NST miał najwyższą „odległość” do EamA, UAA drugą co do wielkości i tak dalej. Należy rozważyć możliwość, że EamA (wcześniej DUF6) może być „artefaktem”, który utworzył „multipotentny” HMM poprzez iteracyjne rozszerzanie różnorodnych danych początkowych.
Podczas replikacji DNA okrągłych genomów bakteryjnych wiele białek bierze udział w syntezie nici wiodącej i fragmentów Okazaki na nici opóźnionej. Jeśli sekwencja zawiera odwrócone powtórzenie (palindrom) dłuższe niż 10 pz oraz odstępnik/wstawkę o długości mniejszej niż 75-150 par zasad, sekwencja może być dostępna dla SbcCD, białka, które hamuje propagację replikonów zawierających długie palindromowe sekwencje DNA . Może wystąpić parowanie zasad Watsona-Cricka palindromu i przerwa w sekwencji, stwarzając okazję do zapoczątkowania syntezy DNA w przeciwnym kierunku. Po tym może nastąpić spontaniczna zamiana nici i kontynuacja normalnej replikacji. Zjawisko to określa się mianem duplikacji tandemowej inwersji (TID). Wtedy być może doszło do degradacji trzeciego (odwróconego) egzemplarza, który znajdowałby się pośrodku. Odpowiedzialna może być delecja poślizgu nici (nielegalna rekombinacja). Obecność dwóch palindromów w regionalnej duplikacji może zwiększyć prawdopodobieństwo degradacji.
Konkretnym przykładem bioinformatycznym może być białko DUF606, o którym wiadomo, że występuje zarówno w sparowanych, jak i połączonych kopiach w genomach bakteryjnych, gdzie białko DUF606 (dostęp: ACL39356.1) z Arthrobacter chlorophenolicus A6 ma strukturę 5+5 TM i odpowiada 2 x DUF606 HMM w Pfam, a zatem wydaje się być zduplikowany. Po uzyskaniu sekwencji genomowej (1530600 – 1531700) białka z Arthrobacter okazuje się, że zawiera ona palindrom ( cgtggcggcg i gcaccgccgc ) w środku połówek domeny, chociaż może być za krótki i mieć za długi odstępnik aby móc zainicjować nowy TID.