Faza pucharowa Mistrzostw AFF 2020 była drugim i ostatnim etapem Mistrzostw AFF 2020, po fazie grupowej. Rozgrywany był od 22 grudnia 2021 do 1 stycznia 2022. Dwie najlepsze drużyny z każdej grupy (łącznie cztery) awansowały do fazy pucharowej, gdzie rywalizowały w dwumeczowym turnieju pojedynczej eliminacji rozpoczynającym się półfinałami i finałem .
Wszystkie remisy rozgrywane były na dwa mecze . Drużyna, która zdobyła więcej goli w dwumeczu w dwóch meczach, wygrała remis. zasady bramek na wyjeździe , ponieważ turniej odbywał się w scentralizowanym miejscu, jakim był Singapur . Jeśli łączny wynik był wyrównany na koniec normalnego czasu gry w rewanżu, dogrywka , a jeśli obie drużyny strzeliły taką samą liczbę bramek w dogrywce, o remisie decydowały rzuty karne .