sformatuj bazę danych

formatdb to wycofane narzędzie programowe, które było używane w bioinformatyce molekularnej do formatowania baz danych białek lub nukleotydów dla BLAST . Został on zastąpiony przez makeblastdb, a NCBI „stanowczo zachęca” użytkowników do zaprzestania korzystania z formatdb.

formatdb musi być użyty w celu sformatowania źródłowych baz danych białek lub nukleotydów, zanim te bazy danych będą mogły być przeszukiwane przez BLAST . Źródłowa baza danych może być w FASTA lub ASN.1 . Chociaż format FASTA jest najczęściej używany jako dane wejściowe do formatdb, użycie ASN.1 jest korzystne dla tych, którzy używają ASN.1 jako wspólnego źródła dla innych formatów, takich jak raport GenBank .

Odwrotność działania formatdb, wyodrębniania sekwencji z bazy danych sformatowanej metodą blast, można osiągnąć za pomocą programu fastacmd, który znajduje się w tym samym pakiecie.

W wersji BLAST+ formatdb został zastąpiony przez makeblastdb.

Linki zewnętrzne

• NCBI BLAST Database Format — opis formatu bazy danych BLAST wraz z przykładowym programem do zrzutu zawartości bazy danych.