Gary Siuzdak

Gary Siuzdak
Urodzić się	29 grudnia 1961
Kariera naukowa
Pola	Chemia analityczna, Metabolomika

Gary Siuzdak to amerykański chemik najbardziej znany ze swojej pracy w dziedzinie metabolomiki , metabolomiki aktywności (nazwa ukuta w 2019 r.) i spektrometrii mas. Jego laboratorium odkryło kwas indolo-3-propionowy jako metabolit pochodzący z bakterii jelitowych w 2009 roku. Obecnie jest profesorem i dyrektorem Centrum Metabolomiki i Spektrometrii Mas w Scripps Research w La Jolla w Kalifornii. Siuzdak wniósł również wkład w analizę wirusów, dynamikę strukturalną wirusów, a także rozwój technologii obrazowania spektrometrii mas przy użyciu powierzchni nanostrukturalnych. Laboratorium Siuzdak odpowiada również za stworzenie narzędzi badawczych XCMS , METLIN , METLIN Neutral Loss oraz Q-MRM. Od stycznia 2021 r. XCMS / METLIN ma ponad 50 000 zarejestrowanych użytkowników.

Siuzdak studiował chemię (licencjat) i matematykę stosowaną (licencjat) w Rhode Island College. Następnie udał się do Dartmouth College na pracę dyplomową, gdzie zbudował swój pierwszy spektrometr mas do przeprowadzania eksperymentów ze spektrometrią mas z jonizacją wielofotonową i od czasu do czasu rywalizował w trójboju siłowym. W Dartmouth uzyskał stopień doktora chemii fizycznej (29 marca 1990), a 1 kwietnia 1990 rozpoczął pracę w Scripps Research. W 2017 roku Siuzdak otrzymał tytuł doktora honoris causa (wraz z Emmanuelle Charpentier ) Uniwersytetu w Umeå za pracę w dziedzinie metabolomiki . Siuzdak ma setki artykułów i jest autorem dwóch książek: Spektrometria mas dla biotechnologii (1996) i The Expanding Role of Mass Spectrometry in Biotechnology (2003) oraz The Expanding Role of Mass Spectrometry in Biotechnology, wyd. 2. (2006).

Godne uwagi badania

Od 1994 roku do chwili obecnej pracownia Siuzdaka zajmuje się metabolomiką aktywności . przy użyciu chromatografii cieczowej opartej na spektrometrii mas metabolomiki do identyfikacji metabolitów, które zmieniają fenotyp. Jego początkowe wysiłki z Richardem Lernerem wykorzystywały spektrometrię mas z chromatografią cieczową do przeprowadzania eksperymentów metabolomicznych na płynie mózgowo-rdzeniowym zwierząt pozbawionych snu. cis-9,10-oktadecenoamid , nowy hormon lipidowy (znany również jako oleamid ), zaobserwowano i wykazano, że ma właściwości nasenne. Ta praca jest jednym z najwcześniejszych tego typu eksperymentów łączących chromatografię cieczową ze spektrometrią mas i metabolomikę w celu identyfikacji aktywnych metabolitów. W innym znaczącym metabolomicznym dotyczącym aktywności z udziałem Oscara Yanesa (Hiszpania) zidentyfikowano neuroprotektynę D1 jako metabolit promujący różnicowanie komórek macierzystych.

W 1996 roku przeprowadzono analizę całego wirusa za pomocą spektrometru mas z jonizacją przez elektrorozpylanie, w którym wirus został zebrany i pomyślnie przetestowany pod kątem żywotności. Później on i jego współpracownicy dostarczyli pierwszego przykładu całego nienaruszonego wirusa (wirusa mozaiki tytoniu) mierzonego masowo za pomocą spektrometru masowego z wykrywaniem ładunków, instrumentu zaprojektowanego przez Henry'ego Bennera i Stephena Fuerstenau z Lawrence Berkeley National Labs.

W 1999 r. laboratorium Siuzdak opisał zastosowanie nanostruktur do wzmocnienia desorpcji/jonizacji na porowatym krzemie małych cząsteczek ( DIOS ), co jest również znane jako pierwszy powierzchniowy przykład wspomaganej powierzchniowo laserowej desorpcji/jonizacji spektrometrii mas (SALDI- SM). Technologia ta została następnie rozszerzona przy użyciu fluorowanych cząsteczek inicjatora stosowanych w porowatym krzemie i została opisana jako spektrometria mas inicjatora Na nostruktury (NIMS).

W 2005 roku laboratorium Siuzdak było zaangażowane w identyfikację rozregulowanych pików metabolicznych z zestawów danych spektrometrii mas chromatografii cieczowej , aby rozwiązać problem wyrównania czasu retencji, opracowali pierwszy algorytm, który pozwolił na nieliniowe wyrównanie danych metabolomicznych o nazwie XCMS .

Od początku XXI wieku do chwili obecnej laboratorium Siuzdak tworzyło i rozwija bazę danych tandemowej spektrometrii mas o nazwie METLIN . METLIN składa się wyłącznie z danych eksperymentalnych generowanych za pomocą oprzyrządowania tandemowej spektrometrii mas o wysokiej rozdzielczości, wszystkie dane pochodzą ze standardów molekularnych. METLIN (stan na sierpień 2022) ma ponad 870 000 standardów molekularnych z danymi eksperymentalnej tandemowej spektrometrii mas. METLIN jest wyjątkowy ze względu na swój rozmiar, ponieważ inne bazy danych są o rząd wielkości mniejsze, a także jest wyjątkowy, ponieważ wszystkie dane tandemowej spektrometrii mas METLIN były systematycznie generowane przy wielu energiach zderzeń oraz w trybach jonizacji dodatniej i ujemnej.

W 2020 r. laboratorium Siuzdak, opierając się na współpracy z Xavi Domingo i METLIN , opracowało ulepszoną fragmentację/adnotację w źródle (EISA), aby ułatwić fragmentację, identyfikację i kwantyfikację (poprzez Q-MRM) cząsteczek bez użycia masy tandemowej spektrometria.

Linki zewnętrzne

• Siuzdak Lab w Scripps Research