Korporacja kodów genetycznych

Korporacja kodów genetycznych
Typ Prywatny
Przemysł Bioinformatyka i inżynieria
Założony 1988
Siedziba Ann Arbor, MI, Stany Zjednoczone
Kluczowi ludzie
Howarda Casha Prezesa i Dyrektora Generalnego
Produkty Narzędzia do analizy sekwencji DNA
Strona internetowa www .genecodes .com

Gene Codes Corporation to prywatna międzynarodowa firma z siedzibą w Ann Arbor w stanie Michigan , która specjalizuje się w oprogramowaniu bioinformatycznym do analizy sekwencji genetycznych . Jej sztandarowy produkt programowy, Sequencher, jest oprogramowaniem do sekwencjonowania używanym na całym świecie. Jego ukierunkowane wykorzystanie jest przez naukowców z laboratoriów akademickich i rządowych, a także firm biotechnologicznych i farmaceutycznych do składania sekwencji DNA.

Historia

Firma Gene Codes Corporation została założona w 1988 roku w Ann Arbor w stanie Michigan. W 1991 roku wydano oprogramowanie do składania i analizy sekwencji DNA, Sequencher. Do 1997 roku prawie każda duża firma farmaceutyczna i komercyjna firma zajmująca się genomiką na świecie została znormalizowana na Sequencher, podobnie jak większość laboratoriów w głównych ośrodkach akademickich. Sequencher 5.4 został wydany w 2015 roku.

sekwencer

Sequencher 5.1 ma możliwość wykonywania sekwencjonowania Sangera i sekwencjonowania nowej generacji. Posiada zaawansowane narzędzia pomagające w ogólnej analizie sekwencji oraz tworzeniu raportów będących dogłębną analizą zbioru danych klienta.

Analiza ogólna
  • Dopasowanie sekwencji odniesienia
  • Tabela wariancji
  • Rozbudowane możliwości importu i eksportu
  • Wyszukiwanie NCBI BLAST
Sekwencjonowanie Sangera
  • Importuj dane z dowolnego z głównych instrumentów CE
  • Oczyść surowe dane, przycinając wektory baz niskiej jakości
  • Wykonaj wyrównanie de novo lub montaż oparty na odniesieniach za pomocą elastycznego
  • Łatwo poruszaj się między wyrównanymi plikami danych, analizuj ślady lokalnie lub globalnie, aby znaleźć drugorzędne lub nie wywołane piki.
  • Błyskawicznie przechodź między wieloramkową translacją surowej sekwencji a mapami ograniczeń
  • Skonfiguruj szablony wielokrotnego użytku dla typowych projektów, umożliwiając wykorzystanie numeracji podstawowej i elementów z sekwencji odniesienia do opisywania nowych linii trasowania
  • Porównaj podobne projekty za pomocą tabeli wariancji
  • Zaawansowane, potężne narzędzia do wykrywania mutacji i SNP oraz odwoływania się do surowych danych w celu wyeliminowania artefaktów sekwencjonowania
  • Generuj raporty, które szybko i przejrzyście dokumentują wyniki badań
Sekwencjonowanie nowej generacji
  • Łatwo importuj odczyty NGS
  • Wybierz Maq lub GSNAP jako algorytm wyrównywania
  • Wyświetl wyniki za pomocą tabletu
  • Analiza SNP i badania metylacji

Nagrody

  • Międzynarodowe Towarzystwo Biologii Obliczeniowej uznaje Howarda Casha i Gene Codes Forensics za wyjątkowe zastosowanie biologii obliczeniowej do pomocy w identyfikacji ofiar katastrof. Prezes ISCB Michael Gribskov nazwał wkład Gene Codes „wyjątkowym, wartościowym i wykraczającym poza granice tego, czego można by się spodziewać”.
  • Ann Arbor IT Zone przyznaje firmie Gene Codes nagrodę Indestructible Award for Growth and Achievement.
  • Gene Codes otrzymuje nagrodę Merlanti za najlepsze praktyki w zakresie etyki biznesowej.
  • Firma Genome Technology czyni Howarda Casha Osobą Roku w plebiscycie All-Star Awards.
  • Gene Codes Corporation została uznana za jedną z Future 50 of Greater Detroit: „W uznaniu Twojego wyjątkowego wkładu w Metropolitan Detroit poprzez wzrost sprzedaży i zatrudnienia”.
  • Ernst & Young i The New Enterprise Forum mianują Howarda Casha, prezesa, dyrektora generalnego i założyciela Gene Codes, przedsiębiorcą roku.
  • Gene Codes zdobywa nagrodę Fast Track Award hrabstwa Washtenaw.
  • Sequencher otrzymuje nagrodę Best DNA Sequence Assembly Product od Biotechnology Software & Internet Journal.
  • Gene Codes otrzymuje nagrodę Michigan Leading Edge Technology Award w kategorii biotechnologii. Nagroda przyznawana jest za innowacje wprowadzone w Sequencher w wersji 3.0, ze szczególnym uwzględnieniem ulepszeń, które umożliwiły większą automatyzację procesów.
  • Gene Codes otrzymuje nagrodę Best Presentation of the Year przyznawaną przez Michigan Branch of the New Enterprise Forum: „W uznaniu innowacyjnego przedsięwzięcia biznesowego, które pomogło Gene Codes Corporation stać się modelową firmą przedsiębiorczą”.
  • Thomas D. Wu i Serban Nacu, Szybkie i tolerujące SNP wykrywanie złożonych wariantów i splicingu w krótkich odczytach, Bioinformatics 2010 26: 873-881
  • Heng Li, Jue Ruan i Richard Durbin, Mapowanie krótkich odczytów sekwencjonowania DNA i wariantów wywoływania przy użyciu wyników jakości mapowania, Genome Research 2008 18:1851-1858
  • Ian Milne, Micha Bayer, Linda Cardle, Paul Shaw, Gordon Stephen, Frank Wright i David Marshall, Wizualizacja montażu sekwencji następnej generacji na tablecie, BioInformatics 2010 26: 40-402

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Gene_Codes_Corporation&oldid=1061705176 ”