Genetyczny panel referencyjny Drosophila

Drosophila Genetic Reference Panel (DGRP) to zestaw linii Drosophila melanogaster pochodzących z krzyżowanej populacji w Raleigh w Północnej Karolinie . Założyciele tych rodów zostali zebrani z Raleigh State Farmer's Market . Zestaw składa się z 205 w pełni zsekwencjonowanych linii, które zostały wyhodowane niemal do homozygotyczności . Podstawowym celem DGRP jest zapewnienie wspólnego zestawu szczepów do ilościowych badań genetycznych Drosophila . Każdy naukowiec korzystający z łączy z DGRP będzie miał dostęp do danych innych badaczy, które będą przechowywane w ogólnodostępnej bazie danych. Pozwala to na przeprowadzanie analiz w różnych badaniach bez martwienia się o komplikacje wynikające z różnych laboratoriów wykorzystujących genomowo różne linie muszek owocowych.

Cele

Linie te są przydatne do wykonywania map QTL , ponieważ każda linia jest w pełni zsekwencjonowana. Pozwala to na mapowania asocjacyjnego , które szuka regionów genomowych skorelowanych z fenotypem. Gdy laboratoria stworzą mapy QTL , pojawi się kompleksowy obraz genomu Drosophila z niespotykaną dotąd rozdzielczością. Obecnie naukowcy badają dziesiątki cech ilościowych , w tym długowieczność , fototaksję , zachowania godowe , morfologię skrzydeł i preferencje dotyczące miejsca składania jaj.

Bieżące zastosowania

Pilotażowy dowód koncepcji i rozwoju DGRP pochodził z laboratorium Trudy Mackay w Raleigh w Północnej Karolinie. Sekwencjonowanie zostało przeprowadzone przez Baylor College of Medicine Sequencing Center we współpracy z Richardem Gibbsem i Stephenem Richardsem.

Wstępne dane dotyczące sekwencji można uzyskać z publicznej bazy danych prowadzonej przez Baylor College of Medicine w Texas Medical Center . Surowe dane sekwencjonowania z projektu można znaleźć w archiwum odczytu sekwencji NCBI.

Konkretne badania

Wstępne dane zostały przedstawione w Genetics Society of America w Bostonie , Massachusetts . Badanie bada zachowanie Drosophila podczas snu , aby odkryć odpowiedzialne za to geny. Dane sugerują, że co najmniej 998 genów jest odpowiedzialnych za niektóre mierzalne zmienności, w tym geny kandydujące CrebB-17A , rutabaga , Shaker i gen kodujący receptor naskórkowego czynnika wzrostu, wszystkie zostały zaangażowane w inne badania jako zaangażowane w zachowanie podczas snu .

Naukowcy odkryli również genotyp poprzez interakcję z dietą, który napędza zmienność fenotypową. Niedawno opublikowane dane wskazują, że interakcja między genomem muchy a jej środowiskiem odgrywa istotną rolę w określaniu fenotypu. Sugeruje to, że niektóre osoby są otyłe na diecie wysokotłuszczowej, ale są w stanie zachować szczuplejszy fenotyp na diecie bogatej w cukier.