Genom juty
Konsorcjum naukowców z Bangladeszu z powodzeniem rozszyfrowało szkic sekwencjonowania genomu juty . Konsorcjum składało się z Dhaka University , Bangladesh Jute Research Institute i firmy programistycznej DataSoft Systems Bangladesh Ltd. we współpracy z Center for Chemical Biology, University of Science Malaysia i University of Hawaii w Manoa w USA. 16 czerwca 2010 r. Premier Bangladeszu Szejk Hasina ujawnił w parlamencie, że badacze z Bangladeszu pomyślnie wykonali projekt sekwencjonowania genomu juty, który przyczyni się do ulepszenia włókna juty. Bangladesz jest drugim krajem po Malezji wśród krajów rozwijających się pod względem tego rodzaju osiągnięć.
Historia
Wszystko zaczęło się w lutym 2008 roku, kiedy Maqsudul Alam zwrócił się do profesora Ahmada Shamsula Islama , koordynatora GNOBB (Global Network of Bangladeshi Biotechnologists) w sprawie możliwości sekwencjonowania genomu juty. Społeczność naukowa Bangladeszu, która już rozważała możliwość sekwencjonowania genomu juty, odpowiedziała na tę ofertę, co rozpoczęło proces. Cały proces rozpoczął się od wielu długich telekonferencji między dr Alamem a biologami molekularnymi roślin , profesorami Haseena Khan i Zeba Islam Seraj z Wydziału Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu w Dhace . Nawiązali kontakt z University of Hawaii w USA i University of Science Malaysia w celu uzyskania wsparcia technicznego i przygotowali propozycję projektu w celu zebrania funduszy z różnych instytucji. Na początku było wiele zapewnień, ale rzeczywistość była inna. Na początkowym etapie Genome Research Center USA i University of Science Malaysia udzieliły pomocy technicznej w zebraniu danych badawczych na temat juty z całego świata. Do analizy ogromnej ilości danych potrzebny był superkomputer. Nadal istniała potrzeba finansowania badań terenowych. Zespół „Swapnajatra” jest sfrustrowany brakiem odpowiedniego wsparcia. Trudno było utrzymać zaangażowanie członków zespołu. W 2009 roku The Daily Prothom Alo opublikował artykuł o badaniach, które zmieniły wszystko. Minister rolnictwa Matia Chowdhury przedstawiła dr Maqsudula Alama premierowi Szejkowi Hasinie i zapewniła o dalszym wsparciu. W ten sposób zespół "Swapnajatra" odzyskał pewność siebie i kontynuował pracę.
Zasoby
Genomowy DNA (gDNA) z Tossa Jute ( Corchorus olitorius O-4) wykorzystano w wysokoprzepustowych platformach sekwencjonowania nowej generacji (NGS), w tym 454 GS FLX, Illumina/Solexa i SOLiD. Do wstępnego montażu wykorzystano ponad 50-krotny zasięg (ponad 100 miliardów A, C, G i T) danych sekwencjonowania genomu juty. Do zebrania i przeanalizowania surowych danych wykorzystano kilka otwartych i komercyjnych potoków składania genomu i adnotacji. Aby zweryfikować projekt genomu, przeprowadzono również analizę transkryptomu . Do analizy danych wykorzystywane są różne zasoby obliczeniowe, od wysokowydajnych serwerów klastrowych po serwery firmy Dell Zastosowano Silicon Graphics SGI Altix-350 i 450.