HLA-NET
HLA-NET to sieć ukierunkowana na badanie ludzkiego antygenu leukocytarnego (HLA) z populacyjnego punktu widzenia. Sieć została zainicjowana przez COST Action BM0803 w styczniu 2009 roku. Obecnie działania HLA-NET są koordynowane przez podkomitet komitetu naukowego Europejskiej Federacji Immunogenetyki .
Projekt
W ramach projektu HLA-NET zdefiniowano wytyczne dotyczące opisu typowania HLA dotyczące zarówno charakterystyki próbki (w tym informacji antropologicznych), jak i raportowania danych dotyczących typowania (w tym szczegółów technicznych pozwalających uniknąć nadużyć w przyszłości). Wytyczne zawierają również zasady walidacji próbek i sugerują minimalne wymagania dotyczące analizy danych. Portal HLA-NET zapewnia interfejs do oprogramowania wdrażającego te wytyczne.
System genetyczny
Struktura regionu HLA
Znaczenie medyczne
Specyfika danych HLA
Wytyczne HLA-NET
Opis populacji
Opublikowano główne zalecenia HLA-NET dotyczące charakterystyki populacji. Przede wszystkim należy zastąpić przestarzałe i pozbawione znaczenia terminy rasowe/etniczne akceptowalną terminologią opisującą populacje (tj. kryteria geograficzne i kulturowe). Elektroniczny kwestionariusz populacyjny do badań terenowych dostępny jest na portalu HLA-NET.
Pozyskiwanie i raportowanie danych
W ramach projektu HLA-NET zdefiniowano standardy tworzenia wysokiej jakości danych do genotypowania HLA oraz zaproponowano wytyczne dotyczące zgłaszania niejasności typowania. Opublikowano najlepszy odpowiedni format dla optymalnych oszacowań częstotliwości alleli i haplotypów HLA, oparty na liście par alleli, które odpowiadają za informacje o genotypowaniu. Można również zastosować inne formaty, które pozwalają wyrazić niejasności bez upraszczania danych.
Walidacja zbiorów danych
Próbki służą do oszacowania częstości występowania alleli w populacjach. W przypadku loci HLA obecność niejednoznaczności i domniemanych niewykrytych alleli podobnych do recesywnych wymaga założenia Hardy'ego-Weinberga . HLA-NET wyraźnie żąda, aby oszacowania częstotliwości dla alleli lub haplotypów zostały zweryfikowane poprzez sprawdzenie ich zgodności z oczekiwaniami Hardy'ego-Weinberga. Jeśli równowaga Hardy'ego-Weinberga zostanie odrzucona, to częstości nie można uznać za reprezentatywne dla populacji. Należy szukać przyczyn odchyleń i, jeśli to możliwe, zająć się nimi. W każdym razie częstotliwości inne niż Hardy-Weinberg nigdy nie powinny być używane jako prawidłowe oszacowania populacji.
Analiza danych
Wyniki HLA-NET
Oprócz powyższych wytycznych, sieć HLA-NET wniosła wkład w następujących obszarach:
Mapa HLA Europy
Najbardziej szczegółowa mapa rozmieszczenia HLA w regionie paneuropejskim jest wynikiem współpracy z AHPD – Analysis of HLA Populations Data – komponentem International Histocompatibility Workshops. Oprócz dobrze znanych ogólnoeuropejskich gradientów, pierwotnie opisanych przez Cavalli-Sforza , pojawiają się lokalne zróżnicowania, w szczególności Alpy wydają się być genetyczną barierą dla przepływu genów w całej Europie.
Użyteczność danych rejestru
Rejestry zawierają umiarkowane lub duże zbiory danych, ale rekrutacja często nie jest prowadzona w taki sposób, aby dane rejestrowe można było uznać za reprezentatywne dla populacji. Jednak pod pewnymi warunkami można ocenić, czy dany rejestr może być wykorzystany jako próba populacyjna, czy też nie. Trwają prace nad sformalizowaniem ograniczeń i procedur wymaganych do wykorzystywania danych rejestrowych jako zastępczych dla próbek populacyjnych.
