InterMine
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | System hurtowni danych typu open source do integracji i analizy danych biologicznych. |
| Organizmy | urozmaicony |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://www.intertermine.org/ |
| Pobierz URL | https://github.com/intertermine/intertermine |
| Adres URL usługi internetowej | http://iodocs.apps.intertermine.org/ |
| Różnorodny | |
| Licencja | LGPL 2.1 |
| Częstotliwość udostępniania danych |
Kwartalny |
| Wersja | 1.6.6 |
| Obiekty z zakładkami |
Tak |
InterMine to system hurtowni danych typu open source , licencjonowany na licencji LGPL 2.1 . InterMine służy do tworzenia baz danych danych biologicznych, do których dostęp uzyskuje się za pomocą zaawansowanych narzędzi internetowych. InterMine może być używany do tworzenia baz danych z jednego zestawu danych lub może integrować wiele źródeł danych. Zapewniona jest obsługa kilku popularnych formatów biologicznych i istnieje struktura umożliwiająca dodawanie innych danych. InterMine zawiera przyjazny dla użytkownika interfejs sieciowy, który działa „od razu po wyjęciu z pudełka” i można go łatwo dostosować.
InterMine ułatwia integrację wielu źródeł danych w jednej hurtowni danych. Ma podstawowy model danych oparty na ontologii sekwencji i obsługuje kilka formatów danych biologicznych, umożliwiając administratorom konfigurowanie, które organizmy lub pliki danych są wymagane. Łatwo jest rozszerzyć model danych i zintegrować inne dane, korzystając z interfejsu API usługi sieciowej, klientów w siedmiu różnych językach oraz formatu XML ułatwiającego import danych niestandardowych.
Jako aktywny projekt open source, InterMine prowadzi listę mailingową programistów oraz dokładną dokumentację programistów i użytkowników .
Obsługiwane formaty danych
- Czado
- GFF3
- SZYBKO
- Pliki skojarzeń GO i genów
- UniProt XML
- PSI XML (interakcje białek, Protein Structure Initiative )
- Ortologi InParanoid
- zespół
Klienci
minimalnym wysiłku i są dostępni dla języków perl , python , ruby , javascript , Java i R. Dane można również wyszukiwać za pośrednictwem natywnej aplikacji na Androida .
Aplikacja internetowa
Aplikacja internetowa InterMine umożliwia tworzenie niestandardowych zapytań bioinformatycznych, zawiera szablony zapytań (formularze internetowe do uruchamiania zapytań w puszkach). Użytkownicy mogą przesyłać i operować na listach danych. Istnieje możliwość konfigurowania/tworzenia widżetów do analizy list z wykresami i statystykami wzbogacania.
Użytkownik z uprawnieniami administratora może w dowolnym momencie publikować nowe zapytania szablonowe, zmieniać strony raportów i tworzyć publiczne listy bez żadnego programowania. Wiele aspektów aplikacji internetowej można skonfigurować i oznaczyć marką.
Bieżące projekty (lista niepełna)
Aktualną listę projektów można przeglądać w Rejestrze InterMine
- Ogólna baza danych organizmów modelowych
- modENCODE Zarchiwizowane 27.12.2010 w Wayback Machine
- FlyMine
- HumanMine
- Kopalnia szczurów
- Kopalnia drożdży
- CelMine
- MitoMiner [ stały martwy link ]
- MyszMine
- Kopalnia danio pręgowanego
- WormMine
- INDYGO
- ThaleMine
- CelMine
- FitoMine
- MedycynaMine
- BydłoMine
- HymenopteraMine
- Kopalnia soi
- Kopalnia Fasoli
- Kopalnia Ciecierzycy
- Kopalnia roślin strączkowych
- Kopalnia orzeszków ziemnych
- Shaare
- Pszenica3Bkopalnia
- PlanMine
- Kopalnia winogron
- Powtórz DB
- XenMine
- CHOM Moje