Kanałowanie podłoża
Kanałowanie substratu to przechodzenie pośredniego produktu metabolicznego jednego enzymu bezpośrednio do innego enzymu lub miejsca aktywnego bez jego uwalniania do roztworu. Kiedy kilka kolejnych enzymów szlaku metabolicznego kieruje między sobą substraty, nazywa się to metabolonem . Kanałowanie może sprawić, że szlak metaboliczny będzie szybszy i wydajniejszy niż byłby, gdyby enzymy były losowo rozmieszczone w cytosolu lub zapobiegać uwalnianiu niestabilnych półproduktów. Może również chronić półprodukt przed zużyciem przez konkurencyjne reakcje katalizowane przez inne enzymy.
Channeling może zachodzić na kilka sposobów. Jedną z możliwości, która występuje w kompleksie dehydrogenazy pirogronianowej , jest przyłączenie substratu do elastycznego ramienia, które porusza się między kilkoma miejscami aktywnymi (mało prawdopodobne). Inną możliwością jest połączenie dwóch miejsc aktywnych tunelem przez białko i substrat poruszający się przez tunel; widać to w syntazie tryptofanu . Trzecią możliwością jest naładowany obszar na powierzchni enzymu działający jako ścieżka lub „autostrada elektrostatyczna” prowadząca substrat o przeciwnym ładunku z jednego miejsca aktywnego do drugiego. Jest to widoczne w bifunkcjonalnym enzymie reduktaza dihydrofolianowa - syntaza tymidylanowa . Donoszono również o kierowaniu aminoacylo-tRNA do syntezy białek in vivo.
Obecność kanału w strukturze enzymu jest dość powszechną cechą, ponieważ ponad 68% enzymów ma kanały dostępu do miejsca aktywnego. Kanały enzymatyczne można zidentyfikować i scharakteryzować za pomocą MOLEonline .