Koło spiralne

Przykład sekwencji aminokwasowej wykreślonej na spiralnym kole. Reszty alifatyczne są pokazane jako niebieskie kwadraty, reszty polarne lub naładowane ujemnie jako czerwone romby, a reszty naładowane dodatnio jako czarne ośmiokąty.

Koło helikalne to rodzaj wykresu lub reprezentacji wizualnej używanej do zilustrowania właściwości helis alfa w białkach .

Sekwencje aminokwasów , które tworzą region helikalny struktury drugorzędowej białka, są wykreślane w sposób rotacyjny , gdzie kąt rotacji między kolejnymi aminokwasami wynosi 100°, tak aby ostateczna reprezentacja była skierowana w dół osi helikalnej.

Polaryzacja i charakterystyka

Wykres pokazuje, czy aminokwasy hydrofobowe są skoncentrowane po jednej stronie helisy, zwykle z aminokwasami polarnymi lub hydrofilowymi po drugiej. Ten układ jest powszechny w helisach alfa w białkach kulistych , gdzie jedna strona helisy jest zorientowana w stronę hydrofobowego rdzenia , a jedna strona jest skierowana w stronę powierzchni wystawionej na działanie rozpuszczalnika . Specyficzne wzory charakterystyczne dla fałdów białkowych i motywów dokowania białek ujawniają się również, jak w przypadku identyfikacji regionów dimeryzacji zamka leucynowego i zwojów cewek . Ten diagram projekcji jest często nazywany i „kołem Edmundsona” od nazwiska jego wynalazcy.

Rysowanie spiralnych kół

Koła spiralne można rysować za pomocą różnych pakietów oprogramowania, w tym helixvis w R , heliquest w R lub za pośrednictwem serwera HELIQUEST.

Dalsza lektura

  •   Góra DM (2004). Bioinformatyka: analiza sekwencji i genomu (wyd. 2). Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-712-1 .

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Helical_wheel&oldid=1130586264 ”