Krytyczna ocena przewidywania interakcji
Critical Assessment of PREdiction of Interactions (CAPRI) to ogólnospołeczny eksperyment modelowania struktury molekularnej kompleksów białkowych , znany również jako dokowanie białko-białko .
CAPRI to trwająca seria wydarzeń, podczas których badacze z całej społeczności próbują zadokować te same białka, zgodnie z zaleceniami oceniających. Rundy odbywają się mniej więcej co pół roku. Każda runda zawiera od jednego do sześciu docelowych kompleksów białkowo-białkowych, których struktury zostały niedawno określone eksperymentalnie. Współrzędne i są przechowywane prywatnie przez rzeczoznawców, przy współpracy biologów strukturalnych , którzy je określili. Eksperyment CAPRI jest podwójnie ślepy w tym sensie, że zgłaszający nie znają rozwiązanej struktury, a oceniający nie znają zgodności między zgłoszeniem a tożsamością jego twórcy.
Zobacz też
- Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) — podobne ćwiczenie z zakresu przewidywania struktury białek
- Krytyczna ocena adnotacji funkcjonalnych (CAFA)
Linki zewnętrzne
- Oficjalna strona internetowa
- CAPRI czyli: Jaki jest stan dokowania białko-białko? Zarchiwizowane 12.11.2011 w Wayback Machine
Lista serwerów predykcji uczestniczących w CAPRI
- ClusPro
- GRAM-X
- FireDock
- HADDOCK zarchiwizowany 29.01.2020 w Wayback Machine — dokowanie białko-białko oparte na dużej niejednoznaczności
- pyDockWEB — strukturalne przewidywanie interakcji białko-białko
- PatchDock
- SmoothDock
- 3D-Garden — globalny i powściągliwy węzeł eksploracji dokowania
- SwarmDock
- DOK/CIASTO
- SPIDER - Ocena interakcji białko-białko