lider ykkC-yxkD
| Lider ykkC-yxkD | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji ykkC-yxkD
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | ykkC-yxkD |
| Rfam | RF00442 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg; przełącznik rybny |
| Domeny | Bakteria |
| WIĘC | SO: 0000233 |
| Struktury PDB | PDBe |
Lider ykkC/yxkD to konserwatywna struktura RNA występująca powyżej genów ykkC i yxkD u Bacillus subtilis i pokrewnych genów u innych bakterii. Funkcja tej rodziny jest niejasna od wielu lat, chociaż sugerowano, że może działać w celu włączania pomp wypływowych i systemów detoksykacji w odpowiedzi na szkodliwe cząsteczki środowiskowe. Sekwencja Thermoanaerobacter tengcongensis AE013027 pokrywa się z sekwencją ryboprzełącznika purynowego, co sugeruje, że te dwie przełączniki rybne mogą działać w połączeniu, regulując gen znajdujący się powyżej, który koduje TTE0584 (Q8RC62) , członka rodziny permeaz .
Nelson i in. wykazało, że ten ryboswitch wyczuwa guanidynę i reaguje na nią, i przemianowano go na guanidynę-I ryboswitch . Ponadto wykazali, że bakterie są zdolne do endogennego wytwarzania guanidyny, a przełącznik ryboprzełącznikowy kontroluje geny, których produkty biorą udział w modyfikacji lub wypompowywaniu guanidyny jako związku toksycznego z bakterii. Określono również struktury krystaliczne związanego z ligandem ryboprzełącznika.
Motyw RNA mini-ykkC jest domniemanym elementem regulatorowym cis , który najwyraźniej reguluje geny podobne do tych regulowanych przez ryboprzełącznik guanidyny-I ( lider ykkC/yxkD). Jednak motyw RNA mini-ykkC ma prostszą strukturę i ma mniej wysoce konserwatywnych nukleotydowych niż lider ykkC-yxkD. Mimo to każda z jego dwóch struktur łodyżkowo-pętlowych bezpośrednio wiąże wolną guanidynę. Dlatego motyw RNA mini-ykkC reprezentuje odrębną klasę RNA wykrywających guanidynę zwanych ryboprzełącznikami guanidyny II . Określono również jego strukturę krystaliczną.
Motyw RNA ykkC -III jest odrębnym kandydującym cis -regulatorowym RNA, który wydaje się regulować geny związane z poprzednimi motywami. Chociaż struktura ykkC -III nie przypomina RNA ykkC / yxkD, oba mają złożoność struktury, która doprowadziła do wniosku, że reprezentują przełączniki rybne. Motyw ykkC -III ma w sobie sztywno konserwowaną sekwencję ACGA, która przypomina mniej sztywno konserwowaną sekwencję ACGA lub ACGG występującą w RNA mini- ykkC , ale nie wiadomo, czy ta obserwacja dotyczy związku biologicznego. Przedstawiono walidację biochemiczną, która wykazała, że motyw ten należy do trzeciej klasy ryboprzełączników guanidynowych, tzw Ryboprzełącznik guanidyny III .
Linki zewnętrzne
- Strona lidera ykkC-yxkD w firmie Rfam
- Strona dla RNA ykkC-III w Rfam