Lista narzędzi do przewidywania lokalizacji subkomórkowej białek
Ta lista narzędzi do przewidywania lokalizacji subkomórkowej białek obejmuje oprogramowanie, bazy danych i usługi internetowe, które są używane do przewidywania lokalizacji subkomórkowej białek .
Uwzględniono niektóre narzędzia, które są powszechnie używane do wnioskowania o lokalizacji na podstawie przewidywanych właściwości strukturalnych, takich jak peptyd sygnałowy lub helisy transbłonowe , a te narzędzia generują raczej przewidywania tych cech niż określone lokalizacje. Te programy związane z przewidywaniem struktury białek mogą również pojawiać się na listach oprogramowania do przewidywania struktury białek .
Narzędzia
- Opisy zaczerpnięte z wpisu w rejestrze https://bio.tools/ (wykorzystywane na licencji CC-BY) są oznaczone linkiem
| Nazwa | Opis | Bibliografia | Adres URL | Rok |
|---|---|---|---|---|
| AAIdexLoc | Algorytm oparty na uczeniu maszynowym, który wykorzystuje indeks aminokwasowy do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białka na podstawie jego sekwencji. ( wpis bio.tools ) | http://aaindexloc.bii.a-star.edu.sg/ | 2008 | |
| APSLAP | Przewidywanie lokalizacji subkomórkowej białka apoptozy | 2013 | ||
| AtSubP | Bardzo dokładne narzędzie do przewidywania lokalizacji subkomórkowej do opisywania proteomu Arabidopsis thaliana. ( wpis bio.tools ) | http://bioinfo3.noble.org/AtSubP/ | 2010 | |
| BaCelLo | BaCelLo jest predyktorem subkomórkowej lokalizacji białek u eukariontów. ( wpis bio.tools ) | http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello/index.htm | 2006 | |
| PASEK+ | BAR+ to serwer do strukturalnej i funkcjonalnej adnotacji sekwencji białek ( wpis bio.tools ) | http://bar.biocomp.unibo.it/bar2.0/ | 2011 | |
| BAR | BAR 3.0 jest serwerem do adnotacji sekwencji białek w oparciu o wielkoskalową analizę porównawczą całego UniProt. Z BAR 3.0 i sekwencją, którą możesz opisać, jeśli to możliwe: funkcja (Gene Ontology), struktura (Protein Data Bank), domeny białkowe (Pfam). Również jeśli Twoja sekwencja mieści się w klastrze z szablonem strukturalnym/niektórymi szablonami strukturalnymi, zapewniamy wyrównanie do szablonu/szablonów opartych na Cluster-HMM (profil HMM), który umożliwia bezpośrednie obliczenie modelu 3D. Cluster HMM są dostępne do pobrania. ( wpis bio.tools ) | https://bar.biocomp.unibo.it/bar3/ | 2017 | |
| BASys | BASys (Bacterial Annotation System) to narzędzie do automatycznej adnotacji bakteryjnych sekwencji genomowych (chromosomalnych i plazmidowych), w tym nazw genów/białek, funkcji GO, funkcji COG, możliwych paralogów i ortologów, mas cząsteczkowych, punktów izoelektrycznych, struktur operonów, lokalizacji subkomórkowej, peptydy sygnałowe, regiony transbłonowe, struktury drugorzędowe, struktury 3-D, reakcje i szlaki. ( wpis bio.tools ) | http://basys.ca | 2005 | |
| BOMP | Predyktor białka zewnętrznej błony beczki beta (BOMP) pobiera jedną lub więcej sekwencji polipeptydowych sformatowanych w fasta z bakterii Gram-ujemnych jako dane wejściowe i przewiduje, czy są one integralnymi białkami błony zewnętrznej beczki beta. ( wpis bio.tools ) | http://www.bioinfo.no/tools/bomp | 2004 | |
| BPRZEŚLIJ | Bayesowskie przewidywanie topologii białek błonowych (BPROMPT) wykorzystuje Bayesowską sieć przekonań do łączenia wyników innych metod przewidywania białek błonowych dla sekwencji białek. ( wpis bio.tools ) | http://www.ddg-pharmfac.net/bprompt/BPROMPT/BPROMPT.html | 2003 | |
| BUSCA | BUSCA (Bologna Unified Subcellular Component Annotator) to serwer sieciowy do przewidywania lokalizacji białek w komórkach. BUSCA integruje różne narzędzia do przewidywania cech białek związanych z lokalizacją, a także narzędzia do rozróżniania lokalizacji subkomórkowej białek globularnych i błonowych. ( wpis bio.tools ) | https://busca.biocomp.unibo.it/ | 2018 | |
| Cell-PLoc | Pakiet serwerów sieciowych do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białek w różnych organizmach. | 2008 | ||
| WIOLONCZELA | CELLO wykorzystuje dwupoziomowy system maszyny wektorów nośnych do przypisywania lokalizacji zarówno białkom prokariotycznym, jak i eukariotycznym. | 2006 | ||
| KlubSub-P | ClubSub-P to baza danych przewidywań lokalizacji subkomórkowej (SCL) opartych na klastrach dla bakterii Archaea i Gram-ujemnych. | 2011 | ||
| CoBaltDB | CoBaltDB to nowatorska, potężna platforma, która zapewnia łatwy dostęp do wyników wielu narzędzi lokalizacyjnych i wsparcie dla przewidywania lokalizacji białek prokariotycznych. | 2010 | ||
| ComiR | ComiR to narzędzie internetowe do kombinatorycznego przewidywania celu mikroRNA (miRNA). Biorąc pod uwagę informacyjne RNA (mRNA) w genomach ludzi, myszy, much lub robaków, ComiR przewiduje, czy dany mRNA jest celem zestawu miRNA. ( wpis bio.tools ) | http://www.benoslab.pitt.edu/comir/ | 2013 | |
| uprawPAL | Portal danych umożliwiający dostęp do kompendium danych na temat lokalizacji subkomórkowych białek roślin uprawnych. ( wpis bio.tools ) | http://crop-pal.org/ | 2016 | |
| Filtr DAS-TM | DAS (Dense Alignment Surface) opiera się na wykresach punktowych o niskiej ostrości sekwencji zapytania względem zestawu sekwencji bibliotecznych - niehomologicznych białek błonowych - przy użyciu wcześniej opracowanej, specjalnej macierzy punktacji. Metoda zapewnia wysoce precyzyjny profil hydrofobowości dla zapytania, z którego można uzyskać lokalizację potencjalnych segmentów transbłonowych. Nowością algorytmu DAS-TMfilter jest drugi cykl predykcyjny do przewidywania segmentów TM w sekwencjach biblioteki TM. ( wpis bio.tools ) | http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html | 2002 | |
| DeepLoc | Przewidywanie subkomórkowej lokalizacji białek eukariotycznych przy użyciu głębokiego uczenia ( wpis bio.tools ) | http://www.cbs.dtu.dk/services/DeepLoc/ | 2017 | |
| Lekka Uwaga | Architektura głębokiego uczenia się do przewidywania lokalizacji subkomórkowej eukariotów i serwer WWW, który przewiduje 10 lokalizacji dla dowolnej liczby sekwencji, które można przesłać jako .fasta lub skopiować i wkleić ( wpis bio.tools ) | https://github.com/HannesStark/protein-localization | 2021 | |
| DIANA-microT v5.0 | Serwer WWW, który przewiduje cele dla miRNA i dostarcza informacji funkcjonalnych na temat przewidywanej interakcji miRNA: gen docelowy z różnych zasobów biologicznych online. Aktualizacje umożliwiają powiązanie miRNA z chorobami poprzez analizę bibliograficzną i połączenie z przeglądarką genomu UCSC. Aktualizacje obejmują zaawansowane przepływy pracy. ( wpis bio.tools ) | http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=MicroT_CDS/index | 2013 | |
| Bank Leków | DrugBank jest unikalnym zasobem bioinformatycznym/cheminformatycznym, który łączy szczegółowe dane dotyczące leków (tj. chemicznych) z kompleksowymi informacjami na temat celów leków (tj. białek). Baza danych zawiera ponad 4100 wpisów leków, w tym ponad 800 zatwierdzonych przez FDA leków małocząsteczkowych i leków biotechnologicznych, a także >3200 leków eksperymentalnych. Ponadto z tymi wpisami leków powiązanych jest >14 000 docelowych sekwencji białek lub leków. ( wpis bio.tools ) | http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/index.html | 2006 | |
| Indeks E.Coli | Wyczerpujący przewodnik po informacjach dotyczących E. coli; dom Echobase: baza danych genów E. coli scharakteryzowanych od czasu ukończenia genomu. ( wpis bio.tools ) | http://www.york.ac.uk/res/thomas/ | 2009 | |
| ePlant | Zestaw ogólnoświatowych narzędzi internetowych typu open source do wizualizacji wielkoskalowych zestawów danych z organizmu modelowego Arabidopsis thaliana. Można go zastosować do dowolnego organizmu modelowego. Obecnie ma 3 moduły: eksplorator zachowania sekwencji, który obejmuje relacje homologii i dane polimorfizmu pojedynczego nukleotydu, eksplorator modeli struktury białek, eksplorator sieci interakcji molekularnych, eksplorator lokalizacji subkomórkowej produktu genu oraz eksplorator wzorców ekspresji genów. ( wpis bio.tools ) | http://bar.utoronto.ca/eplant/ | 2011 | |
| ESLpred | ESLpred to narzędzie do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białek za pomocą maszyn wektorów nośnych. Prognozy opierają się na składzie dipeptydów i aminokwasów oraz właściwościach fizykochemicznych. ( wpis bio.tools ) | http://www.imtech.res.in/raghava/eslpred/ | 2004 | |
| Euk-mPLoc 2.0 | Przewidywanie subkomórkowej lokalizacji białek eukariotycznych z pojedynczym i wieloma miejscami. | 2010 | ||
| UDERZYĆ | Kompleksowa iw pełni wyselekcjonowana baza danych dla składników ziołowych? Cele (TRAFIENIE). Te ziołowe składniki z informacją o docelowym białku zostały starannie wyselekcjonowane. Informacje o celu molekularnym obejmują te białka, które są bezpośrednio/pośrednio aktywowane/hamowane, białka wiążące i enzymy, których substratami lub produktami są te związki. Te geny regulowane w górę/w dół są również objęte traktowaniem poszczególnych składników. Dodatkowo, warunki doświadczalne, obserwowana bioaktywność i różne referencje są również podane dla odniesienia użytkownika. Bazę danych można przeszukiwać za pomocą wyszukiwania słów kluczowych lub wyszukiwania podobieństw. Utworzono powiązania krzyżowe z TTD, DrugBank, KEGG, PDB, Uniprot, Pfam, NCBI, TCM-ID i innymi bazami danych. ( wpis bio.tools ) | http://lifecenter.sgst.cn/hit/ | 2011 | |
| HMMTOP | Przewidywanie helis transbłonowych i topologia białek. ( wpis bio.tools ) | http://www.enzim.hu/hmmtop/ | 2001 | |
| HSLpred | Pozwala przewidywać subkomórkową lokalizację białek ludzkich. Jest to oparte na różnych typach składu reszt białek przy użyciu techniki SVM. ( wpis bio.tools ) | http://www.imtech.res.in/raghava/hslpred/ | 2005 | |
| idCel | idTarget to serwer sieciowy do identyfikowania celów biomolekularnych małych cząsteczek chemicznych z solidnymi funkcjami punktacji i metodą dokowania typu „dziel i zwyciężaj”. idTarget sprawdza struktury białek w PDB. ( wpis bio.tools ) | http://idtarget.rcas.sinica.edu.tw | 2012 | |
| iLoc-Cell | Predyktor lokalizacji subkomórkowych ludzkich białek z wieloma miejscami. ( wpis bio.tools ) | http://www.jci-bioinfo.cn/iLoc-Hum | 2012 | |
| ZnajPredsite | Oparte na wiedzy podejście do przewidywania miejsca (miejsc) lokalizacji zarówno pojedynczych, jak i wielu zlokalizowanych białek dla wszystkich eukariontów. | 2009 | ||
| lncRNAdb | Baza danych lncRNAdb zawiera obszerną listę długich niekodujących RNA (lncRNA), które, jak wykazano, mają funkcje biologiczne u eukariontów lub są z nimi związane, a także informacyjne RNA pełniące funkcje regulacyjne. Każdy wpis zawiera informacje referencyjne na temat RNA, w tym sekwencje, informacje strukturalne, kontekst genomowy, ekspresję, lokalizację subkomórkową, konserwację, dowody funkcjonalne i inne istotne informacje. lncRNAdb można przeszukiwać, przeszukując opublikowane nazwy i aliasy RNA, sekwencje, gatunki i powiązane geny kodujące białka, a także terminy zawarte w adnotacjach, takie jak tkanki, w których dochodzi do ekspresji transkryptów i powiązane choroby. Ponadto lncRNAdb jest połączone z przeglądarką genomu UCSC w celu wizualizacji i bazą danych Noncoding RNA Expression Database (NRED) w celu uzyskania informacji o ekspresji z różnych źródeł. ( wpis bio.tools ) | http://arquivo.pt/wayback/20160516021755/http://www.lncrnadb.org/ | 2011 | |
| Loc3D | LOC3D to baza danych przewidywanej lokalizacji subkomórkowej dla białek eukariotycznych o znanej trójwymiarowej (3D) strukturze i zawiera narzędzia do przewidywania lokalizacji subkomórkowej dla przedstawionych sekwencji białkowych. ( wpis bio.tools ) | http://cubic.bioc.columbia.edu/db/LOC3d/ | 2005 | |
| ZNAJDŹ | LOCATE to wyselekcjonowana baza danych zawierająca dane opisujące organizację błon i lokalizację subkomórkową białek mysich. ( wpis bio.tools ) | https://web.archive.org/web/20171231015119/http://locate.imb.uq.edu.au/ | 2006 | |
| LocDB | LocDB to ręcznie tworzona baza danych z adnotacjami eksperymentalnymi dla subkomórkowych lokalizacji białek u Homo sapiens (HS, człowiek) i Arabidopsis thaliana (AT, rzeżucha). Każdy wpis w bazie danych zawiera lokalizację uzyskaną eksperymentalnie w terminologii ontologii genetycznej (GO), eksperymentalną adnotację lokalizacji, przewidywania lokalizacji za pomocą najnowocześniejszych metod oraz, jeśli są dostępne, rodzaj informacji eksperymentalnych. LocDB można przeszukiwać według słowa kluczowego, nazwy białka i przedziału subkomórkowego, a także identyfikatorów z zasobów UniProt, Ensembl i TAIR. ( wpis bio.tools ) | http://www.rostlab.org/services/locDB/ | 2011 | |
| LOCcel | LOCtarget to narzędzie do przewidywania i baza danych wstępnie obliczonych prognoz dotyczących subkomórkowej lokalizacji białek eukariotycznych i prokariotycznych. Do prognozowania stosuje się kilka metod, w tym analizę tekstu słów kluczowych SWISS-PROT, sygnałów lokalizacji jądrowej oraz wykorzystanie sieci neuronowych. ( wpis bio.tools ) | http://www.rostlab.org/services/LOCtarget/ | 2004 | |
| LOCtree | Przewidywanie oparte na naśladowaniu komórkowego mechanizmu sortowania przy użyciu hierarchicznej implementacji maszyn wektorów nośnych . LOCtree to kompleksowy predyktor zawierający prognozy oparte na PROSITE /PFAM oraz słowach kluczowych SwissProt . | 2005 | ||
| LocTree2 | Ramy do przewidywania lokalizacji w trzech domenach życia, w tym w białkach kulistych i błonowych (3 klasy dla archeonów; 6 dla bakterii i 18 dla eukariontów). Powstała metoda, LocTree2, działa dobrze nawet w przypadku fragmentów białek. Wykorzystuje hierarchiczny system maszyn wektorów nośnych, który imituje kaskadowy mechanizm sortowania komórkowego. Metoda osiąga wysoki poziom trwałej wydajności (eukaryota: Q18=65%, bakterie: Q6=84%). LocTree2 dokładnie rozróżnia również białka błonowe i niebłonowe. W naszych rękach wypadł korzystnie w porównaniu z najlepszymi metodami podczas testowania na nowych danych ( wpis bio.tools ) | https://rostlab.org/owiki/index.php/Loctree2 | 2012 | |
| LocTree3 | Przewidywanie lokalizacji subkomórkowej białek w 18 klasach dla eukariontów, 6 dla bakterii i 3 dla archeonów ( wpis w bio.tools ) | https://rostlab.org/services/loctree3/ | 2014 | |
| MARSPred | Metoda przewidywania  rozróżniania mitochondrialnych AARS i cytozolowych AARS. ( wpis bio.tools ) | http://www.imtech.res.in/raghava/marspred/ | 2012 | |
| MDLoc | Białkowy predyktor lokalizacji subkomórkowej oparty na zależnościach. ( wpis bio.tools ) | http://128.4.31.235/ | 2015 | |
| MemLoci | Predyktor dla subkomórkowej lokalizacji białek związanych lub wstawianych do błon eukariontów. ( wpis bio.tools ) | https://mu2py.biocomp.unibo.it/memloci | 2011 | |
| MemPype | Przewidywanie topologii i subkomórkowej lokalizacji białek błonowych eukariotów. ( wpis bio.tools ) | https://mu2py.biocomp.unibo.it/mempype | 2011 | |
| MetaLocGram N | Predyktor meta-subkomórkowej lokalizacji białka Gram-ujemnego. MetaLocGramN jest bramą do wielu podstawowych metod przewidywania (różne typy: peptyd sygnałowy, beczka beta, helisy transbłonowe i predyktory lokalizacji subkomórkowej). W autorskim teście porównawczym MetaLocGramN wypadł lepiej w porównaniu z innymi metodami predykcyjnymi SCL, ponieważ średni współczynnik korelacji Matthewsa osiągnął 0,806, co zwiększyło zdolność predykcyjną o 12% (w porównaniu z PSORTb3). MetaLocGramN może być uruchamiany przez SOAP . | 2012 | ||
| Mir Z | MirZ to serwer WWW służący do oceny i analizy miRNA. Integruje dwa zasoby miRNA: atlas ekspresji miRNA smiRNAdb oraz algorytm przewidywania celu miRNA E1MMo. ( wpis bio.tools ) | http://www.mirz.unibas.ch | 2009 | |
| MitPred | Serwer sieciowy specjalnie przeszkolony do przewidywania białek, które są przeznaczone do zlokalizowania w mitochondriach, w szczególności u drożdży i zwierząt. ( wpis bio.tools ) | http://www.imtech.res.in/raghava/mitpred/ | 2006 | |
| MultiLoc | Silnik przewidywania oparty na SVM dla szerokiego zakresu lokalizacji subkomórkowych. | 2006 | ||
| Mycosub | Ten serwer sieciowy wykorzystano do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białek prątków w oparciu o optymalny skład tripeptydów. ( wpis bio.tools ) | http://lin.uestc.edu.cn/server/Mycosub | 2015 | |
| NetNES | Przewidywanie bogatych w leucynę sygnałów eksportu jądrowego (NES) w białkach eukariotycznych ( wpis bio.tools ) | http://cbs.dtu.dk/services/NetNES/ | 2004 | |
| ngLOC | ngLOC to klasyfikator bayesowski oparty na n-gramach, który przewiduje subkomórkową lokalizację białek zarówno u prokariotów, jak i eukariontów. Ogólna dokładność przewidywania waha się od 85,3% do 91,4% w zależności od gatunku. ( wpis bio.tools ) | http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html | 2007 | |
| OBCOL | Oprogramowanie, które zaprojektowaliśmy do przeprowadzania analizy kolokalizacji opartej na organellach z mikroskopii multi-fluoroforowej do obrazowania komórek 2D, 3D i 4D. ( wpis bio.tools ) | http://obcol.imb.uq.edu.au/ | 2009 | |
| PA-SUB | PA-SUB (Proteome Analyst Specialized Subcellular Localization Server) może służyć do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białek przy użyciu uznanych technik uczenia maszynowego. ( wpis bio.tools ) | http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/Sub/ | 2004 | |
| PharmMapper | PharmMapper to serwer sieciowy, który identyfikuje potencjalne cele leków z PharmTargetDB dla danej cząsteczki wejściowej. Potencjalne cele są identyfikowane na podstawie przewidywania przestrzennego rozmieszczenia cech niezbędnych do interakcji danej cząsteczki z celem. ( wpis bio.tools ) | http://59.78.96.61/pharmmapper | 2010 | |
| PlantLoc | PlantLoc to serwer sieciowy do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białek roślinnych na podstawie motywu substancjalności. ( wpis bio.tools ) | http://cal.tongji.edu.cn/PlantLoc/ | 2013 | |
| PRED-TMBB | PRED-TMBB to narzędzie, które pobiera sekwencję białka bakterii Gram-ujemnych jako dane wejściowe i przewiduje nici transbłonowe oraz prawdopodobieństwo, że jest to białko beta-baryłkowe błony zewnętrznej. Użytkownik ma do wyboru trzy różne metody dekodowania. ( wpis bio.tools ) | http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/ | 2004 | |
| Przewiduj NLS | Przewidywanie i analiza sygnałów lokalizacji jądrowej ( wpis bio.tools ) | https://www.rostlab.org/owiki/index.php/PredictNLS | 2000 | |
| PredictProtein Open | Przewidywanie różnych aspektów struktury i funkcji białek. Użytkownik może przesłać zapytanie do serwera bez rejestracji. ( wpis bio.tools ) | http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/ | 2014 | |
| Pakiet PREP | Pakiet PREP (Predictive RNA Editors for Plants) przewiduje miejsca edycji RNA w oparciu o zasadę, że edycja organelli roślinnych zwiększa ochronę białek u różnych gatunków. Uwzględniono predyktory genów mitochondrialnych, genów chloroplastowych i dopasowania wprowadzone przez użytkownika. ( wpis bio.tools ) | http://prep.unl.edu/ | 2009 | |
| ProLoc GO | ProLoc-GO to wydajna metoda oparta na sekwencjach, polegająca na eksploracji informacyjnych terminów ontologii genów w celu przewidywania lokalizacji białek w komórkach. ( wpis bio.tools ) | http://140.113.239.45/prolocgo/ | 2008 | |
| ProLoc | Klasyfikator oparty na ewolucyjnej maszynie wektorów nośnych (ESVM) z automatycznym wyborem z dużego zestawu cech składu fizykochemicznego (PCC) w celu zaprojektowania dokładnego systemu do przewidywania lokalizacji podjądrowej białka. ( wpis bio.tools ) | http://140.113.239.45/proloc/ | 2007 | |
| protegen | Protegen to internetowa baza danych i system analityczny, który gromadzi, przechowuje i analizuje antygeny ochronne. Protegen zawiera podstawowe informacje o antygenach i dowody eksperymentalne zebrane z recenzowanych artykułów. Zawiera również szczegółowe informacje o genach/białkach (np. sekwencje DNA i białek oraz klasyfikacja COG). Różne cechy antygenu, takie jak masa białka i pI oraz subkomórkowe lokalizacje białek bakteryjnych są wstępnie obliczane. ( wpis bio.tools ) | http://www.violinet.org/protegen | 2011 | |
| Analityk proteomu | Proteome Analyst to wysokowydajne narzędzie do przewidywania właściwości każdego białka w proteomie. Użytkownik dostarcza proteom w formacie fasta, a system wykorzystuje Psi-blast, Psipred i Modeller do przewidywania funkcji białek i lokalizacji subkomórkowej. Proteome Analyst wykorzystuje klasyfikatory uczące się maszynowo do przewidywania takich rzeczy, jak funkcja molekularna GO. Dostarczone przez użytkownika dane treningowe mogą być również używane do tworzenia niestandardowych klasyfikatorów. ( wpis bio.tools ) | http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/ | 2004 | |
| ProTox | ProTox to serwer sieciowy do przewidywania in silico toksyczności doustnej małych cząsteczek u gryzoni. ( wpis bio.tools ) | http://tox.charite.de/tox | 2018 | |
| PSLpred | Metoda subkomórkowej lokalizacji białek należy do genomów prokariotycznych. ( wpis bio.tools ) | http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/ | 2005 | |
| PSORTb | PSORTb (od „bakteryjnego” PSORT) to wysoce precyzyjna metoda przewidywania lokalizacji białek bakteryjnych. PSORTb pozostaje najdokładniejszym predyktorem lokalizacji subkomórkowej białek bakteryjnych (SCL) od czasu jego pierwszego udostępnienia w 2003 r. Wersja PSORTb poprawiła pamięć, wyższy proteom -pokrycie prognozy skali i nowe udoskonalone podkategorie lokalizacji. Jest to pierwszy predyktor SCL przeznaczony specjalnie dla wszystkich prokariotów, w tym archeonów i bakterii o nietypowych topologiach błony/ściany komórkowej. ( wpis bio.tools ) | http://www.psort.org/psortb/ | 2010 | |
| PSORTdb | PSORTdb (część rodziny PSORT) to baza danych lokalizacji subkomórkowych białek dla bakterii i archeonów, która zawiera zarówno informacje określone w eksperymentach laboratoryjnych (zestaw danych ePSORTdb), jak i przewidywania obliczeniowe (zbiór danych cPSORTdb). ( wpis bio.tools ) | http://db.psort.org | 2010 | |
| psRobot | psRobot to internetowe narzędzie do metaanalizy małego RNA roślin. psRobot oblicza przewidywanie małego RNA w pętli macierzystej, które dopasowuje przesłane przez użytkownika sekwencje do wybranego genomu, wyodrębnia ich przewidywane prekursory i przewiduje, czy prekursory mogą się zwijać w strukturę drugorzędową w kształcie pętli macierzystej. psRobot oblicza również przewidywanie małych celów RNA, które przewiduje możliwe cele dostarczonych przez użytkownika małych sekwencji RNA z wybranej biblioteki transkryptów. ( wpis bio.tools ) | http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/ | 2012 | |
| pCEL | Projekt pTARGET przewiduje subkomórkową lokalizację białek eukariotycznych na podstawie wzorców występowania domen funkcjonalnych białek specyficznych dla lokalizacji oraz różnic w składzie aminokwasów w białkach z dziewięciu różnych lokalizacji subkomórkowych. ( wpis bio.tools ) | http://bioinformatics.albany.edu/~ptarget | 2006 | |
| RegPhos | RegPhos to baza danych do eksploracji sieci fosforylacji związanej z wprowadzeniem genów/białek. Uwzględniono również informacje o lokalizacji subkomórkowej. ( wpis bio.tools ) | http://regphos.mbc.nctu.edu.tw/ | 2011 | |
| RepTar | RepTar to baza danych przewidywań docelowych miRNA, oparta na algorytmie RepTar, który jest niezależny od ewolucyjnych względów konserwatorskich i nie ogranicza się do miejsc parowania nasion. ( wpis bio.tools ) | http://reptar.ekmd.huji.ac.il | 2011 | |
| drapieżnik RNA | RNApredator to serwer WWW do przewidywania bakteryjnych celów sRNA. Użytkownik może wybierać z dużego wyboru genomów. Uwzględnia się dostępność celu dla sRNA. ( wpis bio.tools ) | http://rna.tbi.univie.ac.at/RNApredator | 2011 | |
| S-PSorter | Nowatorskie podejście do konstrukcji klasyfikatora opartego na strukturze komórkowej do przewidywania subkomórkowej lokalizacji białek na podstawie obrazu poprzez wykorzystanie wcześniejszych informacji o strukturze biologicznej. ( wpis bio.tools ) | https://github.com/shaoweinuaa/S-PSorter | 2016 | |
| SChlor | Przewidywanie lokalizacji białek podchloroplastynowych. ( wpis bio.tools ) | http://schloro.biocomp.unibo.it | 2017 | |
| KLAP | Adaptacyjna metoda wzmacniania do przewidywania lokalizacji subchloroplastów białek roślinnych. | 2013 | ||
| SCLPred | Przewidywanie lokalizacji subkomórkowej białka SCLpred za pomocą sieci neuronowych N-do-1. | 2011 | ||
| SCLpred-EMS | Przewidywanie lokalizacji subkomórkowej systemu błony wewnętrznej i białek szlaku wydzielniczego za pomocą głębokich konwolucyjnych sieci neuronowych N-do-1 | http://distilldeep.ucd.ie/SCLpred2/ | 2020 | |
| SCLpred-MEM | Przewidywanie lokalizacji subkomórkowej białek błonowych za pomocą głębokich splotowych sieci neuronowych N-do-1 | http://distilldeep.ucd.ie/SCLpred-MEM/ | 2021 | |
| Sekret P | Prognozy nieklasycznego (tj. nie wyzwalanego peptydem sygnałowym) wydzielania białek ( wpis bio.tools ) | http://cbs.dtu.dk/services/SecretomeP/ | 2005 | |
| SemiBiomarker | Nowy częściowo nadzorowany protokół, który może wykorzystywać nieznakowane dane dotyczące białek nowotworowych w konstrukcji modelu za pomocą iteracyjnej i przyrostowej strategii szkoleniowej. Może to skutkować lepszą dokładnością i czułością wykrywania subkomórkowych różnic lokalizacji. ( wpis bio.tools ) | http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/SemiBiomarker/ | 2015 | |
| SherLoc | Predyktor oparty na SVM łączący MultiLoc z funkcjami tekstowymi pochodzącymi z abstraktów PubMed. | 2007 | ||
| SUBA3 | Subkomórkowa baza danych lokalizacji białek Arabidopsis z interfejsem wyszukiwania online. ( wpis bio.tools ) | http://suba3.plantenergy.uwa.edu.au/ | 2014 | |
| SubChlo | System obliczeniowy do przewidywania lokalizacji subchloroplastów białek na podstawie ich sekwencji pierwszorzędowej. Może zlokalizować białko, którego lokalizacją subkomórkową jest chloroplast, w jednej z czterech części: otoczki (składającej się z błony zewnętrznej i błony wewnętrznej), światła tylakoidu, zrębu i błony tylakoidu. ( wpis bio.tools ) | http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/subchlo/ | 2009 | |
| SuperPred | Serwer internetowy SuperPred porównuje strukturalny odcisk palca cząsteczki wejściowej z bazą danych leków połączonych z celami leków i szlakami, na które mają wpływ. Ponieważ efekt biologiczny jest dobrze przewidywalny, jeśli podobieństwo strukturalne jest wystarczające, serwer sieciowy umożliwia prognozowanie obszaru wskazań medycznych nowych związków i znajdowanie nowych tropów dla znanych celów. Takie informacje mogą być przydatne w klasyfikacji leków i przewidywaniu celów. ( wpis bio.tools ) | http://bioinformatics.charite.de/superpred | 2008 | |
| Supercel | Zasoby internetowe do analizy interakcji lek-cel. Integruje informacje związane z lekami, powiązane ze wskazaniami medycznymi, działaniami niepożądanymi leków, metabolizmem leków, szlakami i warunkami Ontologii Genetycznej (GO) dla białek docelowych. ( wpis bio.tools ) | http://bioinformatics.charite.de/supertarget/ | 2012 | |
| SwissTargetPrediction | SwissTargetPrediction to serwer sieciowy do przewidywania celu bioaktywnych małych cząsteczek. Ta strona internetowa pozwala przewidzieć cele małej cząsteczki. Wykorzystując kombinację miar podobieństwa 2D i 3D, porównuje badaną cząsteczkę z biblioteką 280 000 związków aktywnych wobec ponad 2000 celów 5 różnych organizmów. ( wpis bio.tools ) | http://www.swisstargetprediction.ch | 2014 | |
| T3DB | Baza danych Toxin and Toxin-Target (T3DB) jest unikalnym zasobem bioinformatycznym, który gromadzi wyczerpujące informacje o powszechnych lub wszechobecnych toksynach i ich docelowych toksynach. Każdy rekord T3DB (ToxCard) zawiera ponad 80 pól danych dostarczających szczegółowych informacji na temat właściwości chemicznych i deskryptorów, wartości toksyczności, sekwencji białek i genów (zarówno dla celów, jak i toksyn), danych interakcji molekularnych i komórkowych, danych toksykologicznych, informacji mechanistycznych i referencji. Informacje te zostały ręcznie wyodrębnione i ręcznie zweryfikowane z wielu źródeł, w tym innych elektronicznych baz danych, dokumentów rządowych, podręczników i czasopism naukowych. Kluczowym celem T3DB jest zapewnienie ?głębokości? na szerokość? ze szczegółowymi opisami, mechanizmami działania oraz informacjami na temat toksyn i ich celów. Potencjalne zastosowania T3DB obejmują metabolomikę kliniczną, przewidywanie docelowych toksyn, przewidywanie toksyczności i edukację toksykologiczną. ( wpis bio.tools ) | http://www.t3db.org | 2010 | |
| TALENT | Aktywator transkrypcji podobny do (TAL) Effector-Nucleotide Targeter 2.0 (TALE-NT) to zestaw narzędzi internetowych, które umożliwiają niestandardowe projektowanie macierzy powtórzeń efektorów TAL dla pożądanych celów i przewidywanie miejsc wiązania efektorów TAL. ( wpis bio.tools ) | https://boglab.plp.iastate.edu/ | 2012 | |
| TarFisDock | Target Fishing Dock (TarFisDock) to serwer internetowy, który umieszcza małe cząsteczki ze strukturami białkowymi w bazie danych Potential Drug Target Database (PDTD) w celu odkrycia nowych celów dla leków. ( wpis bio.tools ) | http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/ | 2006 | |
| Docelowy RNA | TargetRNA to internetowe narzędzie do identyfikacji celów mRNA małych niekodujących RNA u gatunków bakterii. ( wpis bio.tools ) | http://cs.wellesley.edu/~btjaden/TargetRNA2/ | 2008 | |
| Cel Str | Przewidywanie N-końcowych sygnałów sortujących. | 2000 | ||
| Cele TDR | Baza danych badań nad chorobami tropikalnymi (TDR): Zaprojektowana i opracowana w celu ułatwienia szybkiej identyfikacji i ustalania priorytetów celów molekularnych w opracowywaniu leków, koncentrując się na patogenach odpowiedzialnych za zaniedbywane choroby człowieka. Baza danych integruje informacje genomowe specyficzne dla patogenu z danymi funkcjonalnymi genów zebranymi z różnych źródeł, w tym z literatury. Informacje można przeglądać i wyszukiwać. ( wpis bio.tools ) | http://tdrtargets.org/ | 2012 | |
| TetraMito | Oparty na sekwencjach predyktor do identyfikacji lokalizacji białek w subochondriach. ( wpis bio.tools ) | http://lin.uestc.edu.cn/server/TetraMito | 2013 | |
| TMBETA-NET | Narzędzie, które przewiduje transbłonowe nici beta w białku błony zewnętrznej na podstawie jego sekwencji aminokwasowej. ( wpis bio.tools ) | http://psfs.cbrc.jp/tmbeta-net/ | 2005 | |
| TMHMM | Przewidywanie helis transbłonowych w celu identyfikacji białek transbłonowych . | 2001 | ||
| TMPred | Program TMpred przewiduje obszary obejmujące błonę i ich orientację. Algorytm opiera się na analizie statystycznej TMbase, bazy danych naturalnie występujących białek transbłonowych ( wejście bio.tools ) | http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html | 1993 | |
| TPpred 1.0 | Przewidywanie peptydów celujących w organelle ( wpis bio.tools ) | http://tppred.biocomp.unibo.it/tppred/default/index | 2013 | |
| TPpred 2.0 | Przewidywanie peptydów kierujących do mitochondriów ( wpis bio.tools ) | https://tppred3.biocomp.unibo.it | 2015 | |
| TPpred 3.0 | Wykrywanie peptydów celujących w organelle i przewidywanie miejsca cięcia ( wpis bio.tools ) | http://tppred3.biocomp.unibo.it/tppred3 | 2015 | |
| TTD | Baza danych celów terapeutycznych (TTD) została opracowana w celu dostarczania informacji o celach terapeutycznych i odpowiadających im lekach. TTD zawiera informacje o udanych próbach klinicznych i celach badawczych, zatwierdzonych, próbach klinicznych i eksperymentalnych lekach powiązanych z ich głównymi celami, nowe sposoby dostępu do danych według sposobu działania leku, rekurencyjne wyszukiwanie powiązanych celów lub leków, cel podobieństwa i wyszukiwanie leków, niestandardowe i pełne pobieranie danych oraz znormalizowany identyfikator celu. ( wpis bio.tools ) | http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/ | 2010 | |
| UM-PPS | University of Minnesota Pathway Prediction System (UM-PPS) to narzędzie internetowe, które rozpoznaje grupy funkcyjne w związkach organicznych, które są potencjalnymi celami reakcji katabolicznych drobnoustrojów i przewiduje transformacje tych grup w oparciu o zasady biotransformacji. Dokonywane są prognozy wielopoziomowe. ( wpis bio.tools ) | http://eawag-bbd.ethz.ch/predict/aboutPPS.html | 2008 | |
| WOLF PSORT | WoLF PSORT jest rozszerzeniem programu PSORT II do predykcji subkomórkowej lokalizacji białek. ( wpis bio.tools ) | https://wolfsport.hgc.jp/ | 2007 | |
| YLoc | YLoc to serwer WWW do przewidywania lokalizacji subkomórkowej. Prognozy są wyjaśnione, a właściwości biologiczne użyte do prognozy są podświetlone. Ponadto oszacowania ufności oceniają wiarygodność poszczególnych prognoz. ( wpis bio.tools ) | http://www.multiloc.org/YLoc | 2010 | |
| Cynkowe narzędzia palcowe | Zinc Finger Tools zapewnia kilka narzędzi do wybierania miejsc docelowych białek palca cynkowego i do projektowania białek, które będą do nich kierowane. ( wpis bio.tools ) | http://www.scripps.edu/mb/barbas/zfdesign/zfdesignhome.php | 2006 |