Lista znaczników Y-STR

Poniższa lista markerów Y-STR jest powszechnie stosowana w kryminalistycznych i genealogicznych testach DNA .

DYS454 jest najmniej zróżnicowanym, a marker wielu kopii DYS464 jest najbardziej zróżnicowanym markerem Y-STR .

Położenie na chromosomie Y ponumerowanych markerów Y-STR można z grubsza określić za pomocą lokalizacji cytogenetycznej . Na przykład DYS449 znajduje się na Yp11.2 - co oznacza chromosom Y, małe ramię, prążek 1, podpasmo 1, podpasmo 2 - DYS449.

kryminalistyczne zwykle używają zestawów PowerPlex Y (Promega Corporation) i Yfiler (Applied Biosystems), które badają odpowiednio 12 lub 17 Y-STR. Genealogiczne laboratoria testujące DNA badają do 700 Y-STR.

Wskaźniki mutacji

Wskaźniki mutacji to wskaźniki na pokolenie, jak oszacował Chandler (2006). Podane szacowane błędy wynoszą zazwyczaj +/- 15-20%. rodowodów są również dostępne w referencyjnej bazie danych haplotypów chromosomu Y.

Wydaje się, że niektóre markery trinukleotydowe mogą mieć znacznie wyższe wskaźniki mutacji przy niektórych długościach powtórzeń niż przy innych. Na przykład zmienność trinukleotydu DYS388 jest na ogół bardzo powolna w większości haplogrup, gdy przyjmuje wartości 11-13. haplogrupie J występuje znacznie większa zmienność i szybsze mutacje , gdzie zazwyczaj ma wartości 14-18. Podobnie trinukleotyd DYS392 jest określany jako „szybki” w haplogrupach N i Q , gdzie przyjmuje wartości 14-16, które są rzadkie w innych grupach.

Znaczniki Y-STR

UL notatki Motyw powtórzeń sekwencji DNA allele wskaźnik mutacji spinki do mankietów
DYS19=14 patrz DYS394 — — — —
DYS385 DYS385 jest markerem wielu kopii i obejmuje DYS385a i DYS385b. Kolejność DYS385a i DYS385b może być odwrócona, ich sekwencja jest określana jako kolejność Kittlera. GAAA 13-18 0,00226 Arkusz informacyjny NIST
DYS388 ATT 17 0,00022
DYS389 DYS389 jest znacznikiem wielu kopii i obejmuje DYS389i oraz DYS389ii. DYS389ii odnosi się do całkowitej długości DYS389. Dlatego, gdy w DYS389i występuje mutacja jednoetapowa, pojawi się ona również w DYS389ii. (TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA) ja: 13

II:30

 0,00186, 0,00242 Arkusz informacyjny NIST
DYS390 (TCTA) (TCTG) 23 0,00311 Arkusz informacyjny NIST
DYS391 TCTA 11 0,00265 Arkusz informacyjny NIST
DYS392 ROBIĆ FRYWOLITKI 11 0,00052 Arkusz informacyjny NIST
DYS393 DYS393 jest również znany jako DYS395 . AGAT 12 0,00076 Arkusz informacyjny NIST
DYS394 DYS394 jest również znany jako DYS19 . TAGA 14 0,00151 Arkusz informacyjny NIST
DYS413 Znajduje się w regionie palindromicznym DNA Y 21-22
DYS425 DYS425, kiedy można go zmierzyć, jest bardzo stabilny. Jednak w rzeczywistości jest to jedna kopia wieloczęściowego znacznika, DYF371 (poniżej), i jako taka recLOH często mogą sprawić, że będzie ona niemierzalna, gdy inne kopie ją zastąpią. Na przykład jest powiązany z definiującym SNP dla I-M38 (I2a2a1a1; dawniej I1b2a1), ponieważ SNP M284 może renderować wartość pustą w tym znaczniku. Większość członków E-M96 i podkladów również renderuje wartości zerowe. Niemniej jednak był to jeden z niewielkiej liczby znaczników pierwotnie oferowanych przez Oxford Ancestors, a Family Tree DNA zdecydowało się później zaoferować go również genealogom. TGT 12
DYS426 GTT 11 0,00009 Arkusz informacyjny NIST
DYS434 TAAT (CTAT) 9 Arkusz informacyjny NIST
DYS435 TGGA

11
DYS436 GTT 12
DYS437 TCTA 14 0,00099 Arkusz informacyjny NIST
DYS438 TTTTC 10 0,00055 Arkusz informacyjny NIST
DYS439 DYS439 jest również znany jako Y-GATA-A4 . DYS439 jest powiązany z definiującym SNP dla haplogrupy R1b1c9a, ponieważ SNP może renderować wartość zerową na tym znaczniku. AGAT 12 0,00477 Arkusz informacyjny NIST
DYS441 CCTT 15 Nowatorski multipleksowy system PCR
DYS442 TATC 11 0,00324 Nowatorski multipleksowy system PCR
DYS443 TTCC

0

DYS444 TAGA 11 Nowatorski multipleksowy system PCR
DYS445 TTTA 11 Nowatorski multipleksowy system PCR
DYS446 TCTCT 14 Szczegóły znacznika Sorenson
DYS447 TAA W A 26 0,00264 Arkusz informacyjny NIST
DYS448 AGAGAT 20 0,00135 Arkusz informacyjny NIST
DYS449 TTTC 25 0,00838 Szczegóły znacznika Sorenson
DYS450 TTTTA 8
DYS452 Y ATAC 29
DYS453 AAAT 0
DYS454
 DYS454 jest najmniej zmiennym markerem Y-STR powszechnie stosowanym w genealogicznych testach DNA. Spośród wpisów dla DYS454 w Ybase 96% ma 11 powtórzeń, 3% ma 10 powtórzeń, a 2% ma 12 powtórzeń ( źródło ). AAAT 11 0,00016
DYS455 AAAT 11 0,00016 Szczegóły znacznika Sorenson
DYS456 AGAT 14 0,00735 Szczegóły znacznika Sorenson
DYS458 GAAA 18 0,00814 Szczegóły znacznika Sorenson
DYS459 Jest to znacznik wielu kopii i obejmuje DYS459a i DYS459b. TAAA 8-9 0,00132
DYS460 DYS460 był pierwotnie znany jako Y-GATA-A7.1. ZNACZNIK 10 0,00402 Arkusz informacyjny NIST
DYS461 DYS461 był pierwotnie znany jako Y-GATA-A7.2. (TAGA) CAGA 11 Arkusz informacyjny NIST
DYS462 TATG 11
DYS463 AA R GG 22
DYS464
 DYS464 jest wielokopiowym markerem palindromicznym. Mężczyźni zazwyczaj mają cztery kopie znane w takich przypadkach jako DYS464a, DYS464b, DYS464c i DYS464d. Może być mniej niż cztery kopie lub więcej, co w takich przypadkach byłoby znane jako DYS464e, DYS464f itp. DYS464 to najbardziej zróżnicowany zakres wartości dowolnego znacznika Y-STR (źródło ) . Ten znacznik można czasami wpisać z osobnymi typami g i c, aby zwiększyć rozdzielczość. Wariancja typu opiera się na SNP, który można znaleźć u większości samców haplogrupy R1b. Jest częścią regionu palindromicznego DNA Y CCTT 12-14-16-17 0,00566 Wartość kryminalistyczna wielokopiowego znacznika Y-STR DYS464


DYS464X testuje rozbieżności DYS464

DYS481 CTT 26
DYS485 TTA 15
DYS487 ATT 13
DYS490 TTA 12
DYS494 ROBIĆ FRYWOLITKI 9
DYS495 AAT 15
DYS497 ROBIĆ FRYWOLITKI 15
DYS504 14
DYS505 TCCT 13
DYS508 TATC 0
DYS518 AAAG 0 NIST Kom. Zestawy
DYS520 ATA S 21
DYS522 GATA 13
DYS525 TAGA 10
DYS531 AAAT 11
DYS532 CTTT 10
DYS533 ATCT 11
DYS534 CTTT 15
DYS540 TAT 11
DYS549 AGAT 13
DYS556 AATA 12
DYS557 TTTC 18
DYS565 TAAA 11
DYS570 TTTC 12-23 0,00790
DYS572 AAAT 12
DYS573 TTTA 0
DYS575 AAAT 8-12
DYS576 AAAG 17 0,01022
DYS578 AAAT 8
DYS589 TTATT 11
DYS590 TTTTG 8
DYS594 TAAAA 10
DYS607 AAGG 14 0,00411
DYS612
DYS614
DYS626 AAAG
DYS627 AAAG 0 NIST Kom. Zestawy
DYS632 KAT 8
DYS635 Znany również jako Y-GATA-C4 związek TSTA _ 21 0,0046 Arkusz informacyjny NIST
DYS636 11
DYS638 TTTA 11
DYS641 TAAA 10
DYS643 CTTTT 9
DYS710 GAAA 36
DYS714 TTTTC 25
DYS716 CCATT 27
DYS717 TGTAT 20
DYS724 palindromiczny; znany również jako CDY 33-35 0,03531
DYS725 Palindromiczny
DYS726 Marker YSTR w regionie pericentromerycznym. 12
DYF371 DYF371 jest wielokopiowym markerem regionu palindromicznego. Zawiera znacznik DYS425 i może mieć charakter informacyjny w przypadku wartości zerowych na tym znaczniku. 12
DYF385S1 Zduplikowany znacznik YSTR w pobliżu DYS459 8-9
DYF387S1 a/b RAAG 0 NIST Kom. Zestawy
DYF397 DYF397 jest markerem regionu palindromicznego.
DYF399
 Asymetryczne locus STR z trzema allelami, które można wykorzystać do obserwacji delecji i rekombinacyjnych rearanżacji w palindromowym regionie chromosomu Y. 17-29 (wiele niekompletnych alleli) nomenklatura
DYF401 DYF401 jest markerem regionu palindromicznego.
DYF406S1 11
DYF408 DYF408 jest markerem regionu palindromicznego.
DYF411 DYF411 jest markerem regionu palindromicznego.
DXYS156
YCAII YCAII to marker wielu kopii, który obejmuje YCAIIa i YCAIIb 22-22 0,00123
Y-GATA-H4 TAGA 10 0,00208 Arkusz informacyjny NIST
Y-GATA-C4 patrz DYS635
Y-GATA-A10 TAGA 14 Arkusz informacyjny NIST
Y-GGAAT-1B07 11

Nazewnictwo alleli Y-STR

Firmy lub laboratoria testujące DNA w niektórych przypadkach używają różnych nomenklatur do oznaczenia tego samego allelu Y-STR. Dlatego w takich przypadkach należy zastosować konwersję, aby dokładnie porównać wyniki Y-STR uzyskane od różnych firm. Najbardziej powszechna nomenklatura opiera się na wytycznych dostarczonych przez NIST dla znaczników Y-STR, które w przeszłości były różnie zgłaszane przez różne firmy. Standard NIST jest propozycją ISOGG (International Society of Genetic Genealogy) dla firm zajmujących się genealogią genetyczną.

Uwagi i odniesienia

  1. ^ „Wywiad z Johnem Butlerem i członkami zespołu projektowego tożsamości człowieka NIST” . JoGG . Źródło 11 sierpnia 2012 r .
  2. ^ DYS449 w bazie danych genomu ludzkiego GDB
  3. ^ Chandler (2006) (ale zobacz także tę dyskusję na liście mailingowej )
  4. ^ „Archiwum GENEALOGY-DNA-L — wskaźnik mutacji DYS 388?” . Zarchiwizowane od oryginału w dniu 2007-10-03 . Źródło 2007-02-27 .
  5. ^ a b c d e f g h i j k l Trinukleotyd - patrz #Mutation Rate
  6. ^ „Standardy znaczników” . Sorenson Fundacja Genealogii Molekularnej. Zarchiwizowane od oryginału w dniu 21 lipca 2012 r . Źródło 11 sierpnia 2012 r .
  7. ^ Matthiesen, Diana Gale (19 lipca 2011). „Konwersja wyników testu Y-DNA STR między SMGF, AncestryDNA i FamilyTreeDNA” . Źródło 11 sierpnia 2012 r .

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_Y-STR_markers&oldid=1134721490 ”