Mary Jo Ondrechen

Mary Jo Ondrechen
Ondrechen na kampusie Uniwersytetu Brandeis w 2011 roku
Urodzić się	1953
Narodowość	amerykański
Alma Mater	Reed College (licencjat) Uniwersytet Północno-Zachodni (doktorat)
Znany z	TEMATYKA, SALSA, BASEN
Kariera naukowa
Pola	chemia teoretyczna
Instytucje	Uniwersytet Północnowschodni
Doradca doktorski	Marka A. Ratnera

Mary Jo Ondrechen (ur. 1953) jest chemikiem, pedagogiem, badaczem, liderem społeczności i aktywistką. Pełni funkcję profesora chemii i biologii chemicznej oraz głównego badacza Grupy Badawczej Biologii Obliczeniowej na Uniwersytecie Northeastern w Bostonie w stanie Massachusetts .

Edukacja

Ondrechen uzyskała tytuł licencjata z chemii przyznany przez Amerykańskie Towarzystwo Chemiczne w Reed College w Portland w stanie Oregon w 1974 r. Kontynuowała studia doktoranckie z chemii i fizyki chemicznej na Uniwersytecie Northwestern w Evanston w stanie Illinois i uzyskała stopień doktora. Dyplom w 1978 r. pod kierunkiem Marka A. Ratnera . Po stażach podoktoranckich na Uniwersytecie w Chicago i Uniwersytecie w Tel Awiwie w Izraelu , ten ostatni jako członek NATO Doktor habilitowany, dołączyła do wydziału Northeastern University w Bostonie, Massachusetts w 1980 roku.

Badania i odkrycia

Jej wcześniejsze osiągnięcia badawcze obejmują projektowanie cząsteczek i materiałów o pożądanych właściwościach spektroskopowych i przewodzących, przewidywanie wpływu pola elektrycznego w cząsteczkach i białkach , optymalizację urządzeń do konwersji energii oraz projektowanie i charakteryzację materiałów przewodników jonowych do akumulatorów . Jej obecna działalność badawcza obejmuje modelowanie makrocząsteczek biologicznych oraz obliczenia predykcyjne dla genomiki funkcjonalnej .

Współtworzyła THEMATICS (Theoretical Microscopic Anomalous Titration Curve Shapes), prosty obliczeniowy predyktor informacji funkcjonalnych o białkach na podstawie samej ich struktury trójwymiarowej. THEMATICS przewiduje miejsca katalityczne i wiążące w białkach z wysoką czułością i dobrą selektywnością. Unikalną i potężną cechą jej metody THEMATICS jest to, że nie wymaga ona ani sekwencji, ani porównań strukturalnych, a zatem ma zastosowanie do nowych fałd, sekwencji sierocych, a także do zmodyfikowanych systemów polipeptydowych .

Jest także współtwórcą, wraz z Wenxu Tongiem i Ronaldem J. Williamsem , nowatorskiej technologii uczenia maszynowego o nazwie Partial Order Optimum Likelihood (POOL). POOL jest metodą największej wiarygodności ograniczoną monotonicznością do przewidywania właściwości, które zależą monotonicznie od cech wejściowych. Ta zaawansowana metoda, w połączeniu z funkcjami wejściowymi projektu THEMATICS, jest najskuteczniejszym miejsc aktywnych dla struktur białkowych.

Metody te są również wykorzystywane do udanej adnotacji białek genomiki strukturalnej , tj. do odkrywania funkcji produktów genów, których funkcja jest obecnie nieznana. Jej metoda Structurally Aligned Local Sites of Activity (SALSA) wykorzystuje lokalne zestawy aminokwasowych , które zgodnie z przewidywaniami obliczeniowymi są aktywne w katalizie, w celu identyfikacji biochemicznej funkcji struktur enzymatycznych o nieznanej funkcji.

Te metody obliczeniowe są również obecnie wykorzystywane do zrozumienia, w jaki sposób enzymy wpływają na katalizę . W szczególności profesor Ondrechen był pionierem koncepcji przestrzennie rozciągniętych miejsc aktywnych enzymów, a udział aminokwasów , nawet jeśli znajdują się one daleko od miejsca katalizowanej reakcji, można przewidzieć za pomocą prostych obliczeń.

Jej grupa badawcza opracowała również metody obliczeniowe w celu poprawy projektowania sztucznych enzymów.

W 2020 roku grupa badawcza Ondrechen dodała nowy projekt mający na celu scharakteryzowanie białek SARS-CoV-2 , wirusa wywołującego COVID-19 , oraz poszukiwanie interwencji mających na celu zakłócenie cyklu życiowego wirusa

Aktywizm społeczny

Ondrechen jest liderem społeczności i aktywistą. Ostatnio zasiadała w Radzie Doradców Międzystanowej Rady ds. Technologii i Regulacji (ITRC) z siedzibą w Waszyngtonie , reprezentując interesy społeczności i interesariuszy plemiennych. Jest byłą przewodniczącą rady dyrektorów North American Indian Center of Boston ( NAICOB ) i pełniła funkcję przewodniczącej rady dyrektorów American Indian Science and Engineering Society z siedzibą w Albuquerque w stanie Nowy Meksyk ( AISES ) od 2011 do 2013. Zapalona orędowniczka zarządzania Ziemią, wcześniej pracowała w Komisji ds. Ochrony Ziemi w Hopkinton w stanie Massachusetts oraz w Sieci Liderów Społeczności Departamentu Energii Stanów Zjednoczonych . Szczególnie aktywnie działa na rzecz promocji innowacyjnych technologii służących rozwiązywaniu problemów środowiskowych. Aktywnie opowiada się również za włączeniem interesariuszy publicznych i plemiennych w ocenę środowiska, podejmowanie decyzji i zarządzanie.

Była mówcą podczas Marszu dla Nauki w Waszyngtonie w kwietniu 2017 r.

Wygłosiła liczne prezentacje na temat różnorodności i otwartości w dziedzinach nauki, technologii, inżynierii i matematyki ( STEM ).