Melbourne Bioinformatyka
 | |
Dawne nazwiska |
Wiktoriańska Inicjatywa Obliczeniowa Nauk Przyrodniczych (VLSCI) |
|---|---|
| Przyjęty | 2008 |
| Lokalizacja |
Uniwersytet Melbourne Poziom 1, 21 Bedford St. North Melbourne |
| Afiliacje | Uniwersytet w Melbourne |
| Strona internetowa | MelbourneBioinformatics.org.au |
Melbourne Bioinformatics (dawniej Victorian Life Sciences Computation Initiative, VLSCI) to centrum wiedzy specjalistycznej w zakresie obliczeniowych nauk przyrodniczych. Zapewnia wsparcie bioinformatyczne dla wszystkich naukowców i studentów w szerokim zakresie projektów i usług o znaczeniu lokalnym i krajowym. Naukowcy mogą współpracować z Melbourne Bioinformatics poprzez szkolenia i konsultacje z ekspertami, co może prowadzić do współpracy projektowej z kadrą akademicką na Uniwersytecie w Melbourne.
Historia
VLSCI powstała jako część planów rządu wiktoriańskiego wspierających biotechnologię i została wymieniona jako kluczowy projekt infrastrukturalny w Victorian Biotechnology Action Plan 2011. Była to inicjatywa rządu wiktoriańskiego o wartości 100 milionów dolarów we współpracy z Uniwersytetem w Melbourne i IBM Life Sciences Research Collaboratory, Melbourne. Inni główni interesariusze to kluczowe wiktoriańskie instytucje zajmujące się zdrowiem i badaniami medycznymi, główne uniwersytety i publiczne organizacje badawcze.
W 2015 r. VLSCI przeszło na nowy model zarządzania po otrzymaniu kolejnych 6,65 mln USD od rządu stanu wiktoriańskiego. Pierwsze IBM Research Collaboratory for Life Sciences znajdowało się w VLSCI przez 5 lat. Od czasu przeniesienia się do pobliskich biur IBM Research Australia, pracownicy Collaboratory kontynuują pracę nad szeregiem projektów w ramach szerszego partnerstwa University of Melbourne/IBM pod nową nazwą Melbourne Bioinformatics.
Wysokowydajne centrum obliczeniowe firmy Melbourne Bioinformatics było dostępne dla naukowców w Victorii , ponieważ działało na różnych uniwersytetach i instytutach badawczych w Melbourne. Klastry te znalazły się w pierwszej 500 na świecie w 2017 r. Zatrudnieni w nich eksperci techniczni maksymalizowali doświadczenia użytkowników, wypełniali luki w umiejętnościach w zespołach badawczych, budowali niezbędną interdyscyplinarną współpracę badawczą oraz zapewniali umiejętności skalowania projektów w celu efektywnego wykorzystania dostarczanej mocy obliczeniowej. Zapewniono stały rozwój umiejętności i szkolenia w zakresie biologii obliczeniowej , modelowania molekularnego i bioinformatyki.
Komputery
W szczytowym momencie Peak Computing Facility VLSCI działało z prędkością 855 teraflopów. Systemy obejmowały „Barcoo”, IBM iDataPlex x86, „Merri”, IBM iDataPlex x86 i „Avoca”, składające się z 4 stojaków IBM Blue Gene/Q .
Peak Computing Facility
Narzędzie VLSCI Peak Computing Facility (PCF) zapewniło wysokowydajną infrastrukturę obliczeniową i wiedzę obliczeniową naukowcom zajmującym się naukami przyrodniczymi w całej Wiktorii. PCF miał ściśle powiązane klastry z bardzo szybkimi podsystemami dyskowymi, działającymi obecnie z maksymalną wydajnością 855 teraflopów. Aby pomóc naukowcom zmaksymalizować wykorzystanie czasu obliczeniowego i jak najlepiej wykorzystać przydzielone im zasoby, PCF stworzył zespół administratorów systemu, programistów i specjalistów ds. aplikacji, dostępnych za pośrednictwem swojego systemu zgłoszeń pomocy.
Centrum Obliczeniowe Nauk Przyrodniczych
VLSCI Life Science Computation Center (LSCC) znajdowało się fizycznie na Uniwersytecie w Melbourne i Uniwersytecie La Trobe, a wielu pracowników pracowało w różnych instytutach badawczych, w tym w Instytucie Petera Doherty'ego przez pewną część tygodnia. LSCC było rozproszoną pulą wiedzy specjalistycznej i infrastruktury do obliczeniowych badań nauk przyrodniczych, obsługującą instytucje badawcze nauk przyrodniczych w całej Wiktorii. Jego celem było wspieranie współpracy badawczej i wspieranie stosunkowo niewielkiej liczby konkretnych projektów zewnętrznych; działać jako źródło wspólnych zasobów, platform oprogramowania i wiedzy specjalistycznej w celu wspierania naukowców zajmujących się naukami przyrodniczymi; oferować szkolenia badawcze, edukację i rozwój kariery dla bioinformatyków i biologów obliczeniowych, aby wspierać rozwój wiktoriańskiej społeczności badawczej zajmującej się obliczeniowymi naukami przyrodniczymi; i wspierać rozwój obliczeń w naukach przyrodniczych jako całości w Victorii.
Galaktyka Australii
Melbourne Bioinformatics wraz z QFAB Bioinformatics , QCIF i Research Computing Center University of Queensland wspólnie zbudowały i obsługują Galaxy Australia, która jest główną cechą Wirtualnego Laboratorium Genomiki.