mojaGrid

konsorcjum myGrid

Tworzenie	2001
Typ	organizacja e-nauki
Zamiar	Opracowywanie narzędzi programowych dla naukowców
Lokalizacja	Wydział Informatyki Uniwersytetu w Manchesterze
Główny śledczy	Karol Gobel
Strona internetowa	www.mygrid.org.uk _ _ _

Konsorcjum myGrid produkuje i wykorzystuje zestaw narzędzi do projektowania, aby „pomóc e-naukowcom w nauce i dogadaniu się z naukowcami”. Narzędzia wspierają tworzenie e-laboratoriów i były wykorzystywane w tak różnych dziedzinach, jak biologia systemowa , nauki społeczne , muzyka , astronomia , multimedia i chemia .

Konsorcjum jest kierowane przez Carole Goble z Wydziału Informatyki Uniwersytetu w Manchesterze w Wielkiej Brytanii.

Narzędzia produkowane i używane przez myGrid

Narzędzia opracowane przez konsorcjum myGrid obejmują:

• Środowisko pracy Taverna do projektowania, edytowania i wykonywania procesów naukowych
• myExperiment do udostępniania przepływów pracy i powiązanych danych
• BioCatalogue to publiczny rejestr usług internetowych dla naukowców zajmujących się naukami przyrodniczymi
• Seek wyprodukowany we współpracy z SysModb: Systems Biology of Micro-Organisms DataBase Znajdowanie, udostępnianie i wymiana danych, modeli i procesów w biologii systemów
• MethodBox Przeglądaj zbiory danych i dziel się wiedzą.
• RightField Udostępnianie znaczenia Twoich danych poprzez osadzenie adnotacji ontologicznych w arkuszach kalkulacyjnych
• Baza danych dróg moczowych i nerkowych (KUPKB)
• Przepływy pracy na zawsze (wf4ever) Zachowanie przepływu pracy naukowej

Historia

Konsorcjum ma trzy odrębne fazy:

Faza 1

Konsorcjum powstało w 2001 roku, skupiając współpracowników z uniwersytetów w Manchesterze , Southampton , Newcastle , Nottingham i Sheffield , Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej – Europejskiego Instytutu Bioinformatyki (EMBL-EBI) w Cambridge oraz partnerów przemysłowych GlaxoSmithKline , Merck KGaA , AstraZeneca , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics and Cerebra (dawniej Network Inference). Brytyjska Rada Badań nad Inżynierią i Naukami Fizycznymi sfinansowała pierwszą fazę projektu kwotą 3,5 miliona funtów.

Do tej pory rozwój Grid koncentrował się na podstawowych kwestiach związanych z przechowywaniem danych, obliczeniami i zarządzaniem zasobami niezbędnymi do udostępnienia informacji i narzędzi globalnej społeczności naukowej w środowisku o wysokiej wydajności. Jednak z punktu widzenia e-nauki celem Grid jest zapewnienie współpracującego i wspierającego środowiska, które umożliwia rozproszonym geograficznie naukowcom skuteczniejsze osiąganie celów badawczych. MyGrid zaprojektuje, opracuje i zademonstruje funkcje wyższego poziomu w istniejącej infrastrukturze Grid, które pomogą naukowcom w korzystaniu ze złożonych, rozproszonych zasobów.

W ramach projektu opracowano warsztat e-naukowy o nazwie Taverna , który obsługuje:

• naukowy proces badań eksperymentalnych, gromadzenie dowodów i asymilacja wyników;
• wykorzystanie przez naukowca informacji społeczności; I
• współpracy naukowej, umożliwiając dynamicznym grupom rozwiązywanie pojawiających się problemów badawczych.

W ramach projektu myGrid opracowano również myExperiment , aby umożliwić udostępnianie przepływów pracy naukowej z Taverna i innych systemów przepływu pracy Scientific .

Środowisko pracy Taverna wspiera indywidualnych naukowców, zapewniając możliwości personalizacji związane z wyborem zasobów, zarządzaniem danymi i wdrażaniem procesów. Działania projektowe i rozwojowe będą informowane i oceniane przy użyciu problemów w bioinformatyce, która charakteryzuje się wysoce rozproszoną społecznością z wieloma współdzielonymi zasobami narzędzi. myGrid opracuje dwa środowiska aplikacyjne, jedno wspierające indywidualnych naukowców w analizie funkcjonalnych genomicznych , a drugie obsługujące adnotacje bazy danych wzorców . Oba te zadania wymagają wyraźnej reprezentacji i uchwalenia procesów naukowych oraz mają ambitne wymagania dotyczące wydajności.

Faza 2

W fazie 2, od 2006 do 2009, konsorcjum jest finansowane w wysokości 2 milionów funtów w ramach Open Middleware Infrastructure Institute . Członkowie konsorcjum koncentrowali się na Uniwersytecie w Manchesterze i EMBL-EBI .

Faza 3

W grudniu 2008 r. brytyjska Rada Badań nad Inżynierią i Fizyką zatwierdziła wniosek zespołu o grant na odnowienie. Grant opiewa na 1,15 miliona funtów i rozpoczął się w styczniu 2009 roku. Członkami zespołu myGrid w fazie 3 są Uniwersytet w Manchesterze i Uniwersytet w Southampton . Projekt jest zorganizowany wokół 4 tematów: zarządzanie wiedzą w e-nauce, zarządzanie metadanymi w e-laboratoriach, projektowanie, zarządzanie i wdrażanie przepływu pracy naukowej oraz przetwarzanie społecznościowe dla e-naukowców. Motyw Social Computing jest zorientowany na myExperiment Wirtualne środowisko badawcze (VRE) do społecznej kuracji i udostępniania naukowych obiektów badawczych .