Polimorfizm konformacji pojedynczej nici

Polimorfizm konformacji pojedynczej nici ( SSCP ) lub polimorfizm łańcucha pojedynczej nici definiuje się jako różnicę konformacyjną jednoniciowych sekwencji nukleotydowych o identycznej długości, wywołaną różnicami w sekwencjach w pewnych warunkach doświadczalnych. Ta właściwość umożliwia rozróżnienie sekwencji za pomocą elektroforezy żelowej , która rozdziela fragmenty według ich różnych konformacji.

Tło fizyczne

Pojedyncza zmiana nukleotydu w określonej sekwencji, jak widać w dwuniciowym DNA, nie może być rozróżniona technikami elektroforezy żelowej, co można przypisać faktowi, że; właściwości fizyczne podwójnych nici są prawie identyczne dla obu alleli. Po denaturacji jednoniciowy DNA ulega charakterystycznemu trójwymiarowemu fałdowaniu i może przyjąć unikalny stan konformacyjny oparty na jego sekwencji DNA. Różnica w kształcie między dwiema jednoniciowymi niciami DNA o różnych sekwencjach może powodować ich różną migrację przez żel do elektroforezy, mimo że liczba nukleotydów jest taka sama, co w rzeczywistości jest zastosowaniem SSCP.

Zastosowania w biologii molekularnej

SSCP był kiedyś sposobem na odkrywanie nowych polimorfizmów DNA oprócz sekwencjonowania DNA, ale obecnie jest wypierany przez techniki sekwencjonowania ze względu na wydajność i dokładność. Obecnie SSCP ma największe zastosowanie jako narzędzie diagnostyczne w biologii molekularnej. Może być stosowany w genotypowaniu do wykrywania osobników homozygotycznych o różnych stanach allelicznych, jak również osobników heterozygotycznych, z których każdy powinien wykazywać różne wzorce w eksperymencie elektroforetycznym. SSCP jest również szeroko stosowany w wirusologii do wykrywania odmian różnych szczepów wirusa, przy czym chodzi o to, że konkretna cząsteczka wirusa obecna w obu szczepach ulegnie zmianom w wyniku mutacji i że zmiany te spowodują, że dwie cząstki przyjmą różne konformacje a zatem być różnicowalny na żelu SSCP.