PtaRNA1
| PtaRNA1 | |
|---|---|
| Identyfikatory | |
 konsensusowej struktury drugorzędowej PtaRNA1
| |
| Symbol | PtaRNA1 |
| Rfam | RF01811 |
| Inne dane | |
| Typ RNA | antysens |
| Domena(-y) | Gammaproteobakterie |
| Struktury WPD | PDBe |
| Identyfikatory | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ptaRNA1_toxin | |||||||||
| Symbol | Toksyna na antytoksynę PtaRNA1, układu toksyna-antytoksyna typu 1 | ||||||||
| Pfam | PF12703 | ||||||||
| |||||||||
PtaRNA1 ( antysensowny RNA przeniesiony z plazmidu ) to rodzina niekodujących RNA . Homologi PtaRNA1 można znaleźć w rodzinach bakterii Betaproteobacteria i Gammaproteobacteria . We wszystkich przypadkach PtaRNA1 jest zlokalizowany antysensownie do krótkiego genu kodującego białko . W Xanthomonas campestris pv. vesicatoria , gen ten jest oznaczony jako XCV2162 i jest zawarty w rodzinie białek toksyn plazmidowych.
Dystrybucja i funkcja
Zarówno PtaRNA1, jak i sąsiedni gen kodujący, które pojawiają się tylko w kombinacji, mają nieregularny rozkład filogenetyczny . Rozmieszczenie ptaRNA1 nie jest zgodne z filogenezą gatunku żywiciela, jak ma to miejsce w przypadku innych rodzin sRNA , takich jak Yfr1 i Yfr2 . Wskazuje to, że ptaRNA1 podlegał częstemu poziomemu transferowi genów . Obserwacje te są zgodne z obserwacjami poczynionymi dla układów toksyna-antytoksyna typu I.
W układach toksyna-antytoksyna typu I ekspresja genu toksycznego białka jest regulowana przez mały niekodujący RNA . Loci toksyna-antytoksyna typu I często występują zarówno w chromosomach prokariotycznych , jak i plazmidach . Struktura drugorzędowa ptaRNA1 jest bardzo podobna do antysensownego RNA E. coli FinP . FinP jest antysensownym regulatorem elementu RNA działającego w układzie cis Traj , podobieństwa strukturalne sugerują, że ptaRNA1 prawdopodobnie będzie częścią złożonej sieci regulacyjnej.
![A phylogenetic tree based on PtaRNA1 seed alignment. Class of the “host” species is shown by the symbols on the right hand side. Numbers indicate bootstrap values of the inner nodes.[1]](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c1/PtaRNA1_tree.jpg/88px-PtaRNA1_tree.jpg)
Drzewo filogenetyczne oparte na wyrównaniu nasion PtaRNA1. Klasę gatunku „żywiciela” oznaczono symbolami po prawej stronie. Liczby wskazują wartości bootstrap węzłów wewnętrznych.
![A phylogenetic tree based on PtaRNA1 seed alignment. Class of the “host” species is shown by the symbols on the right hand side. Numbers indicate bootstrap values of the inner nodes.[1]](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:PtaRNA1_tree.jpg)