Siedmiu Bezirke w Bawarii rozgrywa swoje własne zawody pucharowe, które z kolei służyły jako kwalifikacje do Pucharu Niemiec (DFB-Pokal). Od 1998 roku tych siedmiu zdobywców pucharów oraz przegrany finalista regionu, który wygrał poprzednią imprezę, awansuje do nowo wprowadzonego Pucharu Bawarii , Toto-Pokal. Dwóch finalistów tych zawodów awansuje do Pucharu Niemiec. Bawarskie kluby, które grają w pierwszej lub drugiej Bundeslidze, nie mogą brać udziału w imprezie, ale ich drużyny rezerwowe mogą. Do pierwszej rundy zakwalifikowało się siedmiu zdobywców pucharów regionalnych.
Uczestniczące kluby
Następujące siedem klubów zakwalifikowało się do Pucharu Bawarii 1999:
Dwa kluby, TSV 1860 Rosenheim i SpVgg Landshut, które zakwalifikowały się przez Puchar Bawarii do Pucharu DFB 1999-00 , odpadły w drugiej rundzie krajowych rozgrywek pucharowych, po pożegnaniu w pierwszej rundzie: