QIIME
QIIME (wymawiane chime ; skrót od Quantitative Into Microbial Ecology ) to potok bioinformatyczny przeznaczony do analizowania zbiorowisk drobnoustrojów , z których pobrano próbki poprzez sekwencjonowanie amplikonu za pomocą genu markerowego (np. genów 16S lub 18S rRNA) . W swoim sercu potok wykonuje kontrolę jakości wejściowych odczytów sekwencjonowania, grupuje sekwencje nukleotydowe genu markerowego w żądanym filogenetycznym miejscu. poziomie (np. 97% dla poziomu gatunku) na OTU (operacyjne jednostki taksonomiczne) lub warianty sekwencji i taksonomicznie je opisuje, wyszukując podobne sekwencje w referencyjnej taksonomicznej bazie danych. Głównym wyjściem potoku QIIME jest tabela funkcji, która opisuje liczebność każdej jednostki OTU lub wariantu sekwencji w każdej próbce. W ramach rurociągu zapewnione zostaną również dodatkowe narzędzia istotne z punktu widzenia aspektów ekologicznych badanych próbek, w tym rozrzedzania , różnorodności alfa i beta , wizualizacje, takie jak zasada analizy współrzędnych (PCoA) i wiele więcej. QIIME prezentuje podejście bardzo modułowe i pozwala na zastosowanie wielu metod na wielu etapach analizy. Na przykład etap grupowania sekwencji można przeprowadzić przy użyciu UCLUST , CD-HIT, BLAST i innych. QIIME jest w fazie aktywnego rozwoju od czasu jego wydania w 2010 roku.