RNA22

Rna22 to oparty na wzorach algorytm do wykrywania docelowych miejsc mikroRNA i odpowiadających im heterodupleksów.

Algorytm różni się koncepcyjnie od innych metod przewidywania heterodupleksów mikroRNA:mRNA tym, że nie wykorzystuje zweryfikowanych eksperymentalnie heterodupleksów do szkolenia, zamiast tego polega tylko na sekwencjach znanych dojrzałych miRNA, które znajdują się w publicznych bazach danych. Kluczową ideą rna22 jest to, że odwrotne uzupełnienie dowolnych istotnych cech sekwencji, które można zidentyfikować w dojrzałych sekwencjach mikroRNA (przy użyciu technik wykrywania wzorców), powinno pozwolić na zidentyfikowanie potencjalnych miejsc docelowych mikroRNA w sekwencji będącej przedmiotem zainteresowania: rna22 wykorzystuje Teiresias algorytm odkryć takie charakterystyczne cechy. Po zlokalizowaniu potencjalnego miejsca docelowego mikroRNA, docelowy mikroRNA można zidentyfikować za pomocą dowolnego z kilku algorytmów zdolnych do obliczania heterodupleksów RNA:RNA. Dostępna jest nowa wersja (v2.0) algorytmu: wersja 2.0-beta dodaje oszacowania prawdopodobieństwa do każdej prognozy, daje użytkownikom możliwość wyboru ustawień czułości/swoistości w locie, jest znacznie szybsza niż oryginał i można uzyskać do niego dostęp pod adresem http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive/ .

Rna22 nie opiera się ani nie nakłada żadnych ograniczeń ochrony między organizmami, aby odfiltrować mało prawdopodobnych kandydatów; daje to możliwość odkrywania miejsc wiązania mikroRNA, które mogą nie być konserwowane w filogenetycznie proksymalnych organizmach. Ponadto, jak wspomniano powyżej, rna22 może identyfikować domniemane miejsca wiązania mikroRNA bez konieczności znajomości tożsamości docelowego mikroRNA. Godną uwagi właściwością rna22 jest to, że tak nie jest wymagają obecności dokładnego odwrotnego dopełnienia nasion mikroRNA w domniemanym celu, co pozwala na wybrzuszenia i wahania G: U w regionie nasion heterodupleksu. Wreszcie wykazano, że algorytm osiąga wysoki stosunek sygnału do szumu.

Zastosowanie rna22 doprowadziło do odkrycia „niekanonicznych” celów mikroRNA w regionach kodujących mysich Nanog , Oct4 i Sox2 . Większość z tych celów nie jest konserwowana w ludzkich ortologach tych trzech czynników transkrypcyjnych, mimo że znajdują się one w regionie kodującym odpowiednich mRNA. Co więcej, większość z tych celów zawiera wahania G: U, jedno lub więcej wybrzuszeń lub jedno i drugie w obszarze nasion heterodupleksu. Oprócz regionów kodujących, rna22 pomógł odkryć niekanoniczne cele w 3'UTR.

W niedawnym badaniu zbadano problem niekanonicznych celów miRNA przy użyciu symulacji dynamiki molekularnej struktury krystalicznej trójskładnikowego kompleksu Argonaute-miRNA:mRNA. Badanie wykazało, że kilka rodzajów modyfikacji, w tym kombinacje wielu wahań G: U i niedopasowań w regionie nasion, jest dopuszczalnych i skutkuje jedynie niewielkimi fluktuacjami strukturalnymi, które nie wpływają na stabilność trójskładnikowego kompleksu. Badanie wykazało również, że wyniki symulacji dynamiki molekularnej są poparte HITS-CLIP (CLIP-seq). Wyniki te sugerują, że w dobrej wierze Cele miRNA wykraczają poza kanoniczny model nasion, co z kolei sprawia, że ​​narzędzia do przewidywania celów, takie jak rna22, są idealnym wyborem do badania nowo rozszerzonego spektrum celów miRNA.

Nazwa	Opis	typ	Połączyć	Bibliografia
RNA22 wersja 2.0	Pierwsze łącze do strony internetowej (interaktywne i dynamiczne) umożliwia użytkownikowi znalezienie w locie domniemanych miejsc wiązania miRNA dla dowolnej sekwencji będącej przedmiotem zainteresowania (tj. mRNA kodującego białko lub długiego niekodującego RNA) oraz dowolnego miRNA ( publicznie znane lub nowatorskie). Drugi link (wstępnie obliczony i statyczny) zapewnia dostęp do prognoz RNA22 v2 dla wszystkich transkryptów kodujących białka u ludzi, myszy, glisty i muszki owocowej. Pozwala użytkownikowi zwizualizować przewidywania na mapie cDNA, a także znaleźć transkrypty, w których celuje wiele miRNA.	przewidywania celów mikroRNA	interaktywne prognozy wstępnie obliczone prognozy	DO USTALENIA
RNA22	Łącze (wstępnie obliczone i statyczne) zapewnia dostęp do prognoz RNA22 dla wszystkich transkryptów kodujących białka u ludzi, myszy, glisty i muszki owocowej. Pozwala na wizualizację przewidywań na mapie cDNA, a także znajdowanie transkryptów, w których celuje wiele interesujących miRNA.	przewidywania celów mikroRNA	wstępnie obliczone prognozy