RNaza R

RNaza R lub rybonukleaza R jest egzorybonukleazą 3'->5' , która należy do nadrodziny RNazy II , grupy enzymów hydrolizujących RNA w kierunku 3' - 5'. Wykazano, że RNaza R bierze udział w selektywnej mRNA , zwłaszcza mRNA non-stop w bakteriach. RNaza R ma homologi w wielu innych organizmach.

Kiedy część innego większego białka ma domenę , która jest bardzo podobna do RNazy R, nazywa się to domeną RNazy R.

Rola w translacji i kontroli jakości rybosomów

RNaza R zapewnia dokładność translacji, prawidłowe dojrzewanie rRNA i eliminację nieprawidłowych rRNA oraz jest wykorzystywana przez system translacji do rozkładania uszkodzonych mRNA.

W Escherichia coli RNaza R jest białkiem o masie cząsteczkowej 92 kD, o charakterystycznej zdolności do degradacji strukturalnych substratów RNA bez wykazywania specyficzności sekwencji. Dlatego RNaza R działa na szereg substratów, takich jak rybosomalne, transferowe, informacyjne i małe niekodujące RNA. RNaza R jest związana z kompleksem rybonukleoproteinowym zawierającym tmRNA i SmpB i bierze udział w rozwoju tmRNA w warunkach szoku zimnego.

RNaza R jest również związana z rybosomami i uczestniczy w procesach kontroli jakości rRNA lub rybosomalnego RNA. RNaza R ma in vitro powinowactwo do rRNA. W kilku szlakach kontroli jakości rRNA RNaza R zachowuje się jak główny czynnik, wzmacniając usuwanie wadliwych cząsteczek rRNA. Białko to ma również kluczowe znaczenie dla obsługi prekursorów rRNA i obserwacji integralności rybosomów.

Trawienie RNA

RNaza R ma dwie domeny szoku zimnego, domenę katalityczną RNazy, domenę S1 i domenę podstawową.

Nadmiar RNazy R w komórce jest szkodliwy, ponieważ RNaza R jest bardziej aktywna i skuteczniejsza w rozkładaniu RNA niż inne egzorybonukleazy bakteryjne, takie jak RNaza II . Oprócz substratów RNA, które konstruują dwuniciowy RNA z wystającymi fragmentami 3' krótszymi niż siedem nukleotydów, RNaza R może degradować wszystkie liniowe RNA. Do metodycznego trawienia eukariotycznych liniowych RNA, RNaza R jest dobrą egzorybonukleazą 3' do 5', ale zdarzają się rzadkie przypadki oporności na RNazę R. Ponieważ mRNA nie są chemicznie chronione na swoich końcach 3', w przeciwieństwie do ochrony zapewnianej na końcach 5' przez strukturę czapeczki, RNaza R skutecznie degraduje liniowe mRNA z ich niezabezpieczonych końców 3'.