ROZSZYFUJ (oprogramowanie)
| Deweloperzy | Erika Wrighta |
|---|---|
| Wersja stabilna | 2.24.0 / 2022
|
| Napisane w | R , C |
| System operacyjny | Unix , Linux , macOS , Windows |
| Platforma | IA-32 , x86-64 |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | Bioinformatyka |
| Licencja | Licencja GPL 3 |
| Strona internetowa |
DECIPHER to zestaw narzędzi oprogramowania, którego można używać do efektywnego rozszyfrowywania sekwencji biologicznych i zarządzania nimi za pomocą języka programowania R . Niektóre funkcje programu są dostępne online za pośrednictwem narzędzi internetowych.
Cechy
- Bazy danych sekwencji : importuj, przechowuj, przeglądaj i eksportuj sekwencje.
- Dopasowanie wielu sekwencji : dopasuj sekwencje DNA , RNA lub aminokwasów .
- Dopasowanie genomu: znajdź i dopasuj regiony synteniczne wielu genomów.
- Projektowanie oligonukleotydów: projektowanie starterów do reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), projektowanie sond do fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) lub mikromacierzy DNA .
- Manipulowanie sekwencjami: przycinanie regionów o niskiej jakości, poprawianie przesunięć ramek , reorientacja nukleotydów, określanie konsensusu lub trawienie enzymami restrykcyjnymi .
- Analizuj sekwencje: znajduj chimery, wykrywaj powtórzenia, przewidywaj strukturę drugorzędową , klasyfikuj taksonomię organizmów lub funkcji, twórz drzewa filogenetyczne i rekonstrukcję przodków .
- Znajdowanie genów: przewidywanie genów kodujących i niekodujących w genomie, wyodrębnianie ich z genomu i eksportowanie do pliku.