Rama Samudrala

Rama Samudrala
Samudrala biography.jpg
Urodzić się ( 23.03.1972 ) 23 marca 1972 (wiek 50)
Alma Mater Uniwersytet Ohio Wesleyan , Uniwersytet Maryland , Uniwersytet Stanforda
Znany z Przewidywanie struktury białek , filozofia wolnej muzyki
Nagrody
Kariera naukowa
Pola Biologia obliczeniowa
Instytucje Uniwersytet w Buffalo , Uniwersytet Waszyngtoński
Doradca doktorski Johna Moulta
Inni doradcy akademiccy Michaela Levitta
Strona internetowa
ram .org kombio .org

Ram Samudrala jest profesorem biologii obliczeniowej i bioinformatyki na Uniwersytecie w Buffalo w Stanach Zjednoczonych. Zajmuje się fałdowaniem , strukturą, funkcją, interakcją, projektowaniem i ewolucją białek.

Edukacja i kariera

Samudrala uzyskał tytuł licencjata w dziedzinie informatyki i genetyki na Ohio Wesleyan University jako Wesleyan Scholar i ukończył doktorat. w biologii obliczeniowej z Johnem Moultem na University of Maryland w 1997 jako Life Technologies Fellow. [ potrzebne źródło ]

W latach 1997-2000 odbył staż podoktorski u Michaela Levitta na Uniwersytecie Stanforda . W 2001 roku Samudrala został pierwszym członkiem wydziału zatrudnionym na Uniwersytecie Waszyngtońskim w ramach inicjatywy Advanced Technology Initiative in Infectious Diseases utworzonej przez ustawodawcę stanu Waszyngton „jako pomost między najnowocześniejszymi badaniami i edukacją a nową działalnością gospodarczą”. W 2006 r. awansował na profesora nadzwyczajnego. W 2014 r. został profesorem i kierownikiem Zakładu Bioinformatyki na Uniwersytecie Stanowym Nowego Jorku w Buffalo.

Badania

Badania Samudrali koncentrują się na proteomice i od samego początku regularnie brał udział w wyzwaniach związanych z przewidywaniem struktury białek CASP . Jego praca z Moultem i Levittem to jedne z pierwszych ulepszeń ślepego przewidywania struktury białek zarówno w kategoriach modelowania porównawczego, jak i modelowania bez szablonów. Wraz z Moult jako pierwszy opracował i zastosował metody probabilistyczne i teoretyczne do dokładnego przewidywania interakcji w modelowaniu porównawczym struktur białkowych. Wraz z Levittem opracował połączone podejście hierarchiczne dla de novo przewidywanie struktury, a także baza danych Decoys „R” Us do oceny funkcji dyskryminacji.

Na Uniwersytecie Waszyngtońskim grupa badawcza Samudrala opracowała serię algorytmów i modułów serwera WWW do przewidywania struktury, funkcji i interakcji białek, znanych jako Protinfo. Następnie grupa zastosowała te metody do proteomów organizmów, tworząc ramy znane jako Bioverse do badania relacji między atomowymi, molekularnymi, genomowymi, proteomicznymi systemami i światami organizmów. Ramy Bioverse przeprowadzają analizy i prognozy w oparciu o dane sekwencji genomowych, aby opisywać i rozumieć interakcje sekwencji, struktury i funkcji białek, zarówno na poziomie pojedynczej cząsteczki, jak i systemów. Struktura została wykorzystana do opisywania gotowej sekwencji genomu ryżu opublikowanej w 2005 roku.

Grupa Samudrali zastosowała również te metody do odkrywania leków , co zaowocowało platformą Computational Analysis of Novel Drug Opportunities (CANDO), która klasyfikuje terapeutyki dla wszystkich wskazań poprzez analizę i porównanie sygnatur interakcji związek strukturalny-proteom. Połączenie nowatorskich metod dokowania i/lub ich wykorzystanie na platformie CANDO doprowadziło do prospektywnie zweryfikowanych prognoz dotyczących domniemanych leków przeciwko dendze, próchnicy zębów, opryszczce, toczniowi i malarii, wraz ze współpracownikami dotyczącymi konkretnych wskazań.

Inne obszary zastosowań obejmują przewidywanie lekooporności/podatności na HIV; nanobiotechnologia, w ramach której projektuje się obliczeniowo małe, wielofunkcyjne peptydy, które wiążą się z substratami nieorganicznymi; oraz interaktomika kilku organizmów, w tym Nutritious Rice for the World (NRW).

Nagrody i wyróżnienia

Samudrala otrzymał nagrodę Searle Scholar , która finansuje wyjątkowych młodych naukowców w 2002 roku i został uznany za jednego z najlepszych młodych innowatorów na świecie ( TR100 ) przez MIT Technology Review w 2003 roku. wykazać wyjątkowy potencjał przywódczy na granicach wiedzy”. W 2008 roku otrzymał nagrodę Alberta Heritage Foundation for Medical Research Visiting Scientist Award oraz dyplomy honorowe miast Casma i Yautan , Peru , za jego pracę nad odkryciem szczepionki. W 2010 roku otrzymał nagrodę NIH Director's Pioneer Award za platformę odkrywania leków CANDO. W 2019 roku firma Samudrala otrzymała nagrodę NIH NCATS ASPIRE Design Challenge Award.

Życie osobiste

Samudrala jest także muzykiem, który publikował i nagrywał prace pod pseudonimem TWISTED HELICES. W 1994 roku opublikował książkę Free music Philosophy, w której przewidywał, w jaki sposób łatwość kopiowania i przesyłania informacji cyfrowych przez Internet doprowadzi do bezprecedensowych naruszeń praw autorskich i nowych modeli dystrybucji muzyki i innych mediów cyfrowych. O jego pracy w tej dziedzinie informowały już w 1997 r. różne media, w tym Billboard i The New York Times .

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ram_Samudrala&oldid=1137025230 ”