RaptorX
| Deweloper (y) |
|
|---|---|
| Pierwsze wydanie | 2012 |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | bioinformatyczne do przewidywania struktury białek |
| Licencja | Niekomercyjne, indywidualne |
| Strona internetowa |
RaptorX to oprogramowanie i serwer sieciowy do przewidywania struktury i funkcji białek, który jest bezpłatny do użytku niekomercyjnego. RaptorX to jedna z najpopularniejszych metod przewidywania struktury białek. Podobnie jak inne techniki zdalnego rozpoznawania homologii/nawlekania białek, RaptorX jest w stanie regularnie generować wiarygodne modele białek, gdy szeroko stosowany PSI-BLAST nie jest w stanie tego zrobić. Jednak RaptorX różni się również znacząco od metod opartych na profilach (np. HHPred i Phyre2 ) w tym, że RaptorX przoduje w modelowaniu sekwencji białek bez dużej liczby homologów sekwencji, wykorzystując informacje o strukturze. RaptorX Server został zaprojektowany tak, aby zapewnić przyjazny interfejs dla użytkowników niedoświadczonych w metodach przewidywania struktury białek.
Opis
Projekt RaptorX rozpoczął się w 2008 roku, a serwer RaptorX został udostępniony publicznie w 2011 roku.
Standardowe użycie
Po wklejeniu sekwencji białka do formularza zgłoszenia RaptorX użytkownik zazwyczaj czeka kilka godzin (w zależności od długości sekwencji) na zakończenie przewidywania. Do użytkownika wysyłana jest wiadomość e-mail zawierająca link do strony internetowej z wynikami. Serwer RaptorX generuje obecnie następujące wyniki: przewidywanie 3-stanowej i 8-stanowej struktury wtórnej, dopasowanie sekwencji do szablonu, przewidywanie struktury 3D, przewidywanie dostępności rozpuszczalnika, przewidywanie zaburzeń i przewidywanie miejsca wiązania. Przewidywane wyniki są wyświetlane w celu wsparcia badania wizualnego. Pliki wynikowe są również dostępne do pobrania.
Serwer RaptorX generuje również pewne wskaźniki pewności wskazujące jakość przewidywanych modeli 3D (w przypadku braku odpowiadających im struktur natywnych). Na przykład generuje wartość P dla względnej globalnej jakości modelu 3D, GDT (Global Distance Test) i uGDT (unnormalized-GDT) dla absolutnej globalnej jakości modelu 3D i RMSD na pozycję dla absolutnej jakości lokalnej w każdej reszcie modelu 3D.
Zastosowania i wydajność
Zastosowania RaptorX obejmują przewidywanie struktury białek, przewidywanie funkcji, dopasowywanie sekwencji białek do struktury, ewolucyjną klasyfikację białek, kierowanie mutagenezą ukierunkowaną na miejsce i rozwiązywanie struktur krystalicznych białek poprzez wymianę molekularną . W CASP 9 dotyczącym ślepego przewidywania struktury białek, RaptorX zajął 2. miejsce z około 80 serwerów automatycznego przewidywania struktury. RaptorX wygenerował także najlepsze ustawienia dla 50 najtrudniejszych CASP 9 TBM (modelowanie oparte na szablonach). w CASPie 10 września RaptorX jest jedyną grupą serwerów wśród 10 najlepszych grup ludzi/serwerów pod względem 15 najtrudniejszych celów CASP 10 TBM.
Historia
RaptorX jest następcą systemu przewidywania struktury białek RAPTOR. RAPTOR został zaprojektowany i opracowany przez dr Jinbo Xu i dr Ming Li z Uniwersytetu Waterloo. RaptorX został zaprojektowany i opracowany przez grupę badawczą kierowaną przez prof. Jinbo Xu z Instytutu Technologicznego Toyoty w Chicago.