Rhea (rurociąg)

Rea

Deweloper (y)	Ilias Lagkouvardos, Sandra Fischer, Neeraj Kumar, Thomas Clavel
Pierwsze wydanie	16 listopada 2016 ( 2016-11-16 )
Wersja stabilna	1.1.0
Napisane w	R
System operacyjny	Windows , macOS , Ubuntu , Fedora , Red Hat Linux , openSUSE
Licencja	Licencja MIT
Strona internetowa	https://lagkouvardos.github.io/Rhea/

Rhea to potok bioinformatyczny napisany w języku R do analizy profili drobnoustrojów. Został wydany pod koniec 2016 roku i jest publicznie dostępny za pośrednictwem GitHub .

Począwszy od tabeli operacyjnych jednostek taksonomicznych (OTU), potok zawiera skrypty, które wykonują następujące typowe kroki analityczne:

1. Normalizacja tabeli OTU
2. Obliczanie różnorodności alfa dla każdej próbki
3. Obliczanie różnorodności beta i wizualizacja wyników za pomocą PCoA
4. Sortowanie taksonomiczne
5. Testowanie statystyczne
6. Analiza korelacji

Nazwę Rhea nadano potokowi przede wszystkim jako fonetyczne i wizualne połączenie z językiem R używanym podczas tworzenia projektu. Co więcej, jak stwierdzono w oryginalnej publikacji, nazwę wybrano tak, aby odzwierciedlała płynny i ewoluujący charakter pisma, ponieważ „przepływ” jest jedną z sugerowanych etymologii imienia mitologicznej bogini Rei .