Rodzina białek oporności na akryflawinę
 Strukturalna podstawa
| |||||||||
| ACR_tran zdolności do wiązania wielu | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identyfikatorów pompy efluksowej wielolekowej acrb | |||||||||
| Symbol | ACR_tran | ||||||||
| Pfam | PF00873 | ||||||||
| Klan Pfam | CL0322 | ||||||||
| InterPro | IPR001036 | ||||||||
| SCOP2 | 1oy6 / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 2.A.6 | ||||||||
| Nadrodzina OPM | 16 | ||||||||
| Białko OPM | 2gif | ||||||||
| |||||||||
Oporność Escherichia coli na akryflawinę (geny acrA i acrB) koduje wielolekowy system wypływu , który, jak się uważa, chroni bakterię przed hydrofobowymi inhibitorami . Białko AcrB E. coli jest transporterem zasilanym siłą protonomotoryczną i wykazuje najszerszą specyficzność substratową spośród wszystkich znanych pomp wielolekowych, od większości obecnie stosowanych antybiotyków, środków dezynfekujących, barwników i detergentów po proste rozpuszczalniki .
Struktura wolnego od liganda AcrB pokazuje , że jest to homotrimer o masie cząsteczkowej 110 kDa na podjednostkę. Każda podjednostka zawiera 12 helis transbłonowych i dwie duże domeny peryplazmatyczne (każda przekraczająca 300 reszt) między helisami 1 i 2 oraz helisami 7 i 8. Analiza rentgenowska nadeksprymowanego białka AcrB wykazała, że trzy domeny peryplazmatyczne tworzą w środku, lejkowata struktura i połączony wąski (lub zamknięty) por. Por jest otwarty na peryplazmę przez trzy przedsionki znajdujące się na styku podjednostek. Zaproponowano, aby te przedsionki umożliwiały bezpośredni dostęp leków z peryplazmy, jak również z zewnętrznego płatka błony cytoplazmatycznej . Trzy domeny transbłonowe protomerów AcrB tworzą dużą centralną wnękę o szerokości 30A, która obejmuje błonę cytoplazmatyczną i rozciąga się do cytoplazmy
Struktury krystalograficzne rentgenowskie trimerycznej pompy AcrB z E. coli z czterema strukturalnie różnymi ligandami wykazały, że trzy cząsteczki ligandu wiążą się jednocześnie z niezwykle dużą centralną wnęką o objętości 5000 angstremów sześciennych, głównie przez hydrofobowe, aromatyczne układanie w stosy i interakcje van der Waalsa. Każdy ligand wykorzystuje nieco inny podzbiór reszt AcrB do wiązania . Związane ligandu często oddziałują ze sobą, stabilizując wiązanie.
Linki zewnętrzne
-
Media związane z rodziną białek oporności na Acriflavine w Wikimedia Commons
