Rurociąg transproteomiczny
| Deweloperzy | Instytut Biologii Systemów |
|---|---|
| Pierwsze wydanie | 10 grudnia 2004 r |
| Wersja stabilna | 5.0.0 / 11 października 2016
|
| Napisane w | C++ , Perl , Java |
| System operacyjny | Linux , Windows , OS X |
| Typ | bioinformatyki / spektrometrii mas |
| Licencja | GPL v. 2.0 i LGPL |
| Strona internetowa | TPP Wiki |
Trans -Proteomic Pipeline ( TPP ) to oprogramowanie do analizy danych typu open source dla proteomiki opracowane w Instytucie Biologii Systemów (ISB) przez grupę Ruedi Aebersold w ramach Seattle Proteome Center. TPP obejmuje PeptideProphet, ProteinProphet, ASAPRatio, XPRESS i Libra.
Komponenty oprogramowania
Przypisywanie i walidacja prawdopodobieństwa
PeptideProphet przeprowadza statystyczną walidację dopasowań widm peptydowych (PSM) przy użyciu wyników wyszukiwarek poprzez oszacowanie wskaźnika fałszywych odkryć (FDR) na poziomie PSM. Początkowy PeptideProphet wykorzystywał dopasowanie rozkładu Gaussa do prawidłowej identyfikacji i dopasowanie rozkładu gamma za błędną identyfikację. Późniejsza modyfikacja programu pozwoliła na zastosowanie podejścia docelowego-wabika, przy użyciu modelu mieszaniny zmiennych składników lub półparametrycznego modelu mieszaniny. W PeptideProphet określenie tagu wabika spowoduje użycie modelu mieszaniny zmiennych składników, podczas gdy wybranie modelu nieparametrycznego spowoduje użycie modelu mieszaniny półparametrycznej.
ProteinProphet identyfikuje białka na podstawie wyników PeptideProphet.
Mayu przeprowadza statystyczną weryfikację identyfikacji białek poprzez oszacowanie wskaźnika fałszywych odkryć (FDR) na poziomie białka.
Obsługa biblioteki spektralnej
Narzędzie SpectraST jest w stanie generować biblioteki spektralne i przeszukiwać zestawy danych przy użyciu tych bibliotek.