SIDD
W bioinformatyce SIDD jest skrótem od Stress-Induced ( DNA ) Duplex Destabilization. Jest to topnienie DNA, które nie jest indukowane przez promotor, ale wyłącznie przez superhelikalną (zwaną także topologiczną) naturę DNA. Opiera się na statystycznej mechanice obróbki DNA dokonanej przez Craiga J. Benhama i Richarda M. Fye. Wykazano, że to wywołane stresem odwijanie zbiega się z regionami promotorowymi DNA plazmidów bakteryjnych i może kierować globalną odpowiedzią komórek na zmiany w ich środowisku zewnętrznym, wpływając na to, które geny są transkrybowane .
Sam model obliczeniowy oblicza profil prawdopodobieństwa denaturacji danej sekwencji par zasad DNA, a także profil energetyczny sekwencji. To dzięki temu profilowi energetycznemu technika wywodzi swoją nazwę: pary zasad o niższych energiach są mniej stabilne (destabilizowane) niż te o wyższych energiach i częściej ulegają denaturacji. Stres związany z numerem wiązania (szczególnie jego składową skrętu) DNA powoduje destabilizację podwójnej helisy (dupleksu); stąd destabilizacja dupleksowa wywołana stresem.
aplet
Craig Benham opracował również internetowy aplet, który oblicza profil SIDD wejściowych sekwencji DNA. Pokazuje również profil prawdopodobieństwa denaturacji danej sekwencji par zasad, a także zlicza liczbę i lokalizację przebiegów denaturacji.
Ponieważ pełna metoda obliczeniowa SIDD zajmuje dużo czasu przetwarzania maszynowego (ze względu na jej złożoność), przyspieszony algorytm zaproponowany przez Benhama i in. w ich artykule z 1999 r. jest zaimplementowany w algorytmie WebSIDD. Ten przyspieszony algorytm obcina funkcję podziału , ignorując udział pewnych stanów konformacyjnych.