Setha Shipmana

Seth Shipman (ur. 1983) to amerykański naukowiec. Shipman jest adiunktem w Gladstone Institutes i na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Francisco , gdzie prowadzi badania z zakresu biologii syntetycznej, genetyki i neuronauki.

Edukacja

Uzyskał tytuł licencjata z neurologii na Uniwersytecie Wesleyan oraz doktorat z neurologii na UCSF. Po uzyskaniu doktoratu Shipman odszedł od neuronauki, aby uczyć się technik z dziedzin genetyki i biotechnologii, kończąc studia podoktoranckie w Harvard Medical School w laboratorium genetyka George'a Churcha.

Kariera

Shipman otworzył swoje laboratorium w UCSF i Gladstone Institutes w 2019 roku, koncentrując się na budowaniu nowej technologii molekularnej, aby pomóc w badaniu i leczeniu chorób ludzi. Shipman jest powiązany z programem dla absolwentów Bioinżynierii na UCSF i UC Berkeley, a także z programami dla absolwentów Neuroscience i Biomedical Sciences na UCSF.

Badania

Shipman jest najbardziej znany ze swojej pracy nad „rejestratorem molekularnym”, systemem, który stworzył wraz z kolegą Jeffem Nivalą, który wykorzystuje integrazy CRISPR wewnątrz komórek do rejestrowania czasu zdarzeń molekularnych poprzez zapisywanie danych na DNA, które można następnie odczytać za pomocą sekwencjonowanie. W artykule opublikowanym w Nature, Shipman i Nivala wykazali wierność tego systemu do rejestrowania wydarzeń chronologicznych w czasie poprzez zakodowanie w komórce pliku GIF jednego z pierwszych filmów, jakie kiedykolwiek stworzono, Eadwearda Muybridge'a z 1878 r. The Horse in Motion . Po zsekwencjonowaniu Shipman i Nivala byli w stanie odtworzyć GIF konia. Ta praca została wyróżniona w The New York Times, The Los Angeles Times, The Guardian i The Atlantic. The New York Times opisał tę pracę jako „być może najbardziej zdumiewający przykład potencjału genomu jako ogromnego urządzenia do przechowywania”. Praca z zapisem molekularnym została również przedstawiona jako część instalacji w galerii sztuki oraz w filmie o Muybridge'u.

W przeddruku opublikowanym w 2021 roku Shipman oparł się na pracy nad technologią zapisu molekularnego i wykazał, że poprzez włączenie elementu biologicznego znanego jako retron , system może być używany do rejestrowania czasu zdarzeń transkrypcyjnych. Jego laboratorium wykorzystuje również retrony do precyzyjnej edycji genomów bakterii, grzybów i ssaków.

Prace neurobiologiczne Shipmana koncentrowały się głównie na neuroliginie , białku adhezyjnym komórek, które odgrywa rolę w tworzeniu synaps.

Najczęściej cytowane artykuły

• Shipman SL, Nivala J, Macklis JD, Church GM. Kodowanie CRISPR-Cas cyfrowego filmu do genomów populacji żywych bakterii. Natura. Lipiec 2017;547(7663):345-9. [2] (Cytowano 2599 razy, według Google Scholar )
• Shipman SL, Nivala J, Macklis JD, Church GM. Nagrania molekularne za pomocą ukierunkowanej akwizycji odstępników CRISPR. Nauka. 29 lipca 2016;353(6298).(Cytowano 170 razy, według Google Scholar.)
• Busskamp V, Lewis NE, Guye P, Ng AH, Shipman SL, Byrne SM, Sanjana NE, Murn J, Li Y, Li S, Stadler M. Szybka neurogeneza poprzez aktywację transkrypcji w ludzkich komórkach macierzystych. Biologia systemów molekularnych. 2014 Lis;10(11):760. (Cytowano 166 razy, według Google Scholar.)
• Bemben MA, Shipman SL, Nicoll RA, Roche KW. Komórkowy i molekularny krajobraz neuroligin. Trendy w neuronaukach. 1 sierpnia 2015;38(8):496-505. (Cytowano 122 razy, według Google Scholar.)

Nagrody

Shipman otrzymał nagrodę New Innovator Award dyrektora NIH w 2020 r., nagrodę Pew Scholars w 2020 r. oraz nagrodę SFARI Bridge to Independence w 2017 r. Jako postdoc Shipman był stypendystą Shurl and Kay Curci w Life Science Research Foundation.