TIGRFAMy

TIGRFAMs to baza danych rodzin białek zaprojektowana do obsługi ręcznej i automatycznej adnotacji genomu . Każdy wpis zawiera dopasowanie wielu sekwencji i ukryty model Markowa (HMM) zbudowany na podstawie dopasowania. Sekwencje, które uzyskały wynik powyżej określonych wartości granicznych danego HMM TIGRFAM, są przypisane do tej rodziny białek i można im przypisać odpowiednie adnotacje. Większość modeli opisuje rodziny białek występujące w bakteriach i archeonach.

Podobnie jak Pfam , TIGRFAMs używa pakietu HMMER napisanego przez Seana Eddy'ego.

Historia

TIGRFAM były pierwotnie produkowane w The Institute for Genomic Research (TIGR) i jego następcy, J. Craig Venter Institute (JCVI), ale w kwietniu 2018 r. przeniesiono je do National Center for Biotechnology Information (NCBI). TIGRFAMs pozostaje bazą danych członków w InterPro . Ostatnia wersja JCVI, wydanie 15.0, zawierała 4488 modeli. TIGRFAM są teraz kontynuowane w NCBI jako część większego zbioru HMM, zwanych NCBIFAM, używanych w potokach adnotacji genomu RefSeq i PGAP. Aktywna kuracja i weryfikacja modeli TIGRFAM jest kontynuowana w NCBI, ale tworzenie modeli TIGRFAM samo w sobie dobiegło końca, ponieważ nowo skonstruowane HMM z grupy RefSeq otrzymują różne oznaczenia po dodaniu do NCBIFAM.

Linki zewnętrzne


Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TIGRFAMs&oldid=1070318521 ”