Francisco Macías Nguema z Popular Idea of Gwinea Równikowa prowadził w pierwszej rundzie, awansując do drugiej tury z premierem Bonifacio Ondó Edu . Dzięki poparciu wyeliminowanych kandydatów Atanasio Ndongo i Edmundo Bossio, Macías Nguema pokonał Edu w drugiej turze. Ruch Jedności Narodowej Edu w Gwinei Równikowej i Ruch Wyzwolenia Narodowego Gwinei Równikowej Ndongo zdobyły po dziesięć miejsc w Zgromadzeniu Narodowym, podczas gdy Popularna Idea zdobyła osiem. Frekwencja wyniosła 67 procent w pierwszej turze i 79 procent w drugiej turze.
Po zwycięstwie Maciasa Nguemy mianował Ndongo pierwszym ministrem spraw zagranicznych Gwinei Równikowej, a Bossio wiceprezydentem, a wkrótce po uzyskaniu niepodległości nakazał egzekucję Edu. Jak dotąd były to jedyne wolne wybory, jakie kiedykolwiek odbyły się w Gwinei Równikowej. W ciągu następnych czterech lat Macias Nguema krok po kroku umacniał swoją władzę; w 1970 roku założył Zjednoczoną Narodową Partię Robotniczą jako jedyną prawnie dozwoloną partię w kraju, a do 1972 roku ogłosił się dożywotnim prezydentem z uprawnieniami dyktatorskimi. W rezultacie wybory z 1968 r. Byłyby ostatnimi spornymi wyborami przeprowadzonymi w kraju do 1993 r .
