Wybory prezydenckie odbyły się na Wyspach Świętego Tomasza i Książęcej w dniu 29 lipca 2001 r. Były to trzecie wybory prezydenckie w kraju od czasu wprowadzenia polityki wielopartyjnej w 1990 r. Urzędujący Miguel Trovoada został konstytucyjnie wykluczony z udziału w wyborach po odbyciu maksymalnie dwóch pięciu warunki roku. Dwoma głównymi pretendentami do tego stanowiska byli Fradique de Menezes , bogaty biznesmen i Manuel Pinto da Costa , były prezydent i założyciel dawnej jednopartyjnej partii MLSTP/PSD . Wybory, uznane przez międzynarodowych obserwatorów za wolne i uczciwe, wygrał w pierwszej turze Menezes. Został zaprzysiężony jako trzeci prezydent Wysp Świętego Tomasza i Książęcej 3 września 2001 r. Frekwencja wyborcza wyniosła 70,7%.