Zagnieżdżenie

Zagnieżdżenie jest miarą struktury systemu ekologicznego , zwykle stosowaną do systemów gatunków-miejsc (opisujących rozmieszczenie gatunków w różnych lokalizacjach) lub sieci interakcji gatunek-gatunek (opisujących interakcje między gatunkami, zwykle jako sieci dwuczęściowe, takie jak żywiciele-pasożyty , rośliny-zapylacze itp.).

Mówi się, że system (zwykle reprezentowany jako macierz) jest zagnieżdżony, gdy elementy, które mają w sobie kilka elementów (lokalizacje z kilkoma gatunkami, gatunki z kilkoma interakcjami) mają podzbiór elementów elementów z większą liczbą elementów. Wyobraź sobie serię wysp uporządkowanych według odległości od lądu. Jeśli na kontynencie występują wszystkie gatunki, pierwsza wyspa ma podzbiór gatunków z kontynentu, druga wyspa ma podzbiór gatunków z pierwszej wyspy i tak dalej, to ten system jest doskonale zagnieżdżony.

Miary zagnieżdżenia

temperatura ” systemu podana przez Atmara i Pattersona w 1993 roku. Mierzy ona kolejność, w jakiej następowałoby wymieranie gatunków w systemie (lub z drugiej strony – kolejność kolonizowania systemu). Im „zimniejszy” jest system, tym bardziej ustalony byłby porządek wymierania. W cieplejszym systemie wymieranie będzie miało bardziej przypadkowy porządek. Temperatury wahają się od 0°, najzimniejszych i absolutnie stałych, do 100° całkowicie losowych.

Z różnych powodów Kalkulator temperatury zagnieżdżenia nie jest matematycznie satysfakcjonujący (brak unikalnego rozwiązania, niewystarczająco konserwatywny). Oprogramowanie (BINMATNEST) jest dostępne u autorów na żądanie oraz w Journal of Biogeography w celu skorygowania tych braków. Ponadto ANINHADO rozwiązuje problemy związane z dużymi rozmiarami macierzy i przetwarzaniem dużej liczby randomizowanych macierzy; ponadto implementuje kilka modeli zerowych do oszacowania znaczenia zagnieżdżenia.

Bastolla i in. wprowadził prostą miarę zagnieżdżenia opartą na liczbie wspólnych sąsiadów dla każdej pary węzłów. Twierdzą, że może to pomóc w ograniczeniu efektywnej konkurencji między węzłami w pewnych sytuacjach. Na przykład dwa gatunki owadów mogą „pomóc” sobie nawzajem, zapylając ten sam podzbiór roślin, zmniejszając w ten sposób stopień, w jakim są one dla siebie szkodliwe. Autorzy sugerują, że efekt ten stoi za korelacją między zagnieżdżeniem a różnorodnością w ekosystemach roślin-zapylaczy. Jednak Johnson i in. wykazały, że środek ten w rzeczywistości nie uwzględnia właściwie pożądanego efektu. Autorzy ci proponują udoskonaloną wersję miary i pokazują, jak pewne właściwości sieci wpływają na zagnieżdżenie.

Oprogramowanie