Zasób Eukariotyczny motyw liniowy

WIĄZ
Treść
Opis	eukariotyczne motywy liniowe.
Kontakt
Autorski	; Holger Dinkel Toby Gibson
Cytowanie podstawowe	Dinkel i in. (2012)
Data wydania	2011
Dostęp
Strona internetowa	wiąz .eu .org

Eukariotyczny motyw liniowy (ELM) to zasób biologii obliczeniowej (opracowany w Europejskim Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL)) do badania krótkich motywów liniowych (SLiM) w białkach eukariotycznych . Jest to obecnie największy zbiór klas motywów liniowych z adnotacjami i potwierdzonymi eksperymentalnie instancjami motywów liniowych.

Motywy liniowe są określane jako wzorce przy użyciu reguł wyrażeń regularnych . Wyrażenia te są używane w potoku przewidywania ELM, który wykrywa przypuszczalne instancje motywów w sekwencjach białkowych. Aby poprawić moc predykcyjną, opracowywane i stosowane są reguły kontekstowe i filtry logiczne w celu zmniejszenia liczby fałszywych trafień.

Od 2010 r. ELM zawierał 146 różnych motywów, które opisują ponad 1300 eksperymentalnie określonych przypadków w białkach. Obecna wersja serwera ELM zapewnia filtrowanie według przedziału komórkowego, filogenezy, kolizji domen globularnych (z wykorzystaniem SMART / Pfam ) oraz struktury. Ponadto identyfikowane i wyświetlane są zarówno znane instancje ELM, jak i wszelkie dopasowania zachowane pozycyjnie w sekwencjach podobnych do sekwencji instancji ELM.

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Strona główna ELM