Zbiorcza analiza segregantów
Masowa analiza segregacji ( BSA ) to technika używana do identyfikacji markerów genetycznych związanych ze zmutowanym fenotypem . Pozwala to genetykom odkryć geny nadające pewne interesujące cechy, takie jak odporność na choroby lub podatność.
Ta technika polega na utworzeniu dwóch grup, które wykazują przeciwstawne fenotypy dla interesującej nas cechy. Na przykład osoby z jednej grupy są odporne na chorobę, podczas gdy osoby z drugiej grupy nie. Następnie tworzone są dwie zbiorcze próbki DNA poprzez połączenie DNA wszystkich osobników w każdej grupie.
Te dwie zbiorcze próbki można następnie analizować przy użyciu technik takich jak polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych lub RAPD w celu wykrycia podobieństw i różnic w różnych loci genomu. Te dwie grupy będą miały losowy rozkład alleli we wszystkich loci genomu, z wyjątkiem loci związanych z mutacją. Spójna różnica w locus między dwiema próbkami zbiorczymi prawdopodobnie oznacza, że locus jest związane z mutacją będącą przedmiotem zainteresowania.
Generowanie grup testowych
U zwierząt osobniki tworzące dwie grupy testowe są zwykle wytwarzane przez krzyżówkę rodzeństwa heterozygotycznego pod względem mutacji będącej przedmiotem zainteresowania. Wykorzystanie rodzeństwa jest konieczne, aby zapewnić, że allele przyczyniające się do mutacji są takie same u osobników.
Musi istnieć minimalna ilość heterozygotyczności w różnych loci grup, aby umożliwić identyfikację genów powiązanych z cechą będącą przedmiotem zainteresowania. Ponieważ większość szczepów laboratoryjnych jest wsobna, krzyżowanie homozygotycznego zmutowanego osobnika ze szczepem polimorficznym jest niezbędne do wygenerowania skutecznych grup testowych. Potomstwo krzyżuje się ze sobą w celu utworzenia grup testowych.
Techniki analizy
Zbiorcze próbki DNA można analizować za pomocą metody Southern blotting . Do analizy RFLP lub RAPD wymagane jest użycie enzymów restrykcyjnych lub amplifikacja PCR DNA . W tych technikach loci, które są analizowane, to miejsca trawienia restrykcyjnego i sekwencje, do których przyłączają się startery PCR. Miejsca te są zwykle zlokalizowane w całym genomie. Po wykryciu połączonych loci można je zmapować i określić odległości między nimi.