Śliska sekwencja

Tandemowy poślizg 2 tRNA w śliskiej sekwencji wirusa mięsaka Rousa. Po przesunięciu ramki nowe parowanie zasad jest poprawne na pierwszym i drugim nukleotydzie, ale nieprawidłowe na pozycji wahania. E , P i A rybosomu. Lokalizacja rosnącego łańcucha polipeptydowego nie jest wskazana na obrazie, ponieważ nie ma jeszcze zgody co do tego, czy poślizg -1 występuje przed, czy po przeniesieniu polipeptydu z tRNA w miejscu P do tRNA w miejscu A (w tym przypadku z tRNA Asn do Leu tRNA).

Śliska sekwencja to niewielka część sekwencji nukleotydów kodonów (zwykle UUUAAAC), która kontroluje szybkość i prawdopodobieństwo rybosomalnego przesunięcia ramki odczytu . Śliska sekwencja powoduje szybszy transfer rybosomu, co z kolei może spowodować „poślizg” odczytującego rybosomu. Pozwala to tRNA o 1 zasadę (-1) po sparowaniu ze swoim antykodonem, zmieniając ramkę odczytu. Przesunięcie ramki -1 wywołane przez taką sekwencję to Zaprogramowane -1 rybosomalne przesunięcie ramki . Po nim następuje region rozdzielający i struktura drugorzędowa RNA. Takie sekwencje są powszechne w poliproteinach wirusa .

Przesunięcie ramki występuje z powodu parowania wobble. Energia swobodna Gibbsa struktur drugorzędowych poniżej daje wskazówkę, jak często dochodzi do przesunięcia ramki. Pewną rolę odgrywa również napięcie na cząsteczce mRNA. Lista śliskich sekwencji znalezionych w wirusach zwierzęcych jest dostępna w Huang et al.

Śliskie sekwencje, które powodują poślizg o 2 podstawy (przesunięcie ramki -2) zostały skonstruowane z sekwencji HIV UUUUUUA.

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Slippery_sequence&oldid=1077174842 ”