Anil Potti
Anil Potti jest lekarzem i byłym profesorem nadzwyczajnym Uniwersytetu Duke'a oraz badaczem raka, skupiającym się na onkogenomice . On, wraz z Josephem Nevinsem, znajduje się w centrum skandalu związanego z fabrykacją badań na Uniwersytecie Duke'a . W dniu 9 listopada 2015 r. Office of Research Integrity (ORI) stwierdziło, że Potti dopuścił się niewłaściwego postępowania badawczego. Zgodnie z dobrowolną ugodą Potti z ORI, Potti może kontynuować badania pod warunkiem nadzoru do roku 2020, podczas gdy „ani nie przyznaje się, ani nie zaprzecza ustaleniom ORI dotyczącym niewłaściwego prowadzenia badań”. Od 2020 roku Potti, który jest zatrudniony w Cancer Center of North Dakota, wycofał 11 swoich publikacji badawczych, jedna publikacja spotkała się z wyrazem zaniepokojenia, a dwie inne zostały poprawione.
Biografia
Anil Potti ukończył Christian Medical College w Vellore w Indiach w 1995 roku. W 1999 roku ukończył staż z chorób wewnętrznych na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Północnej Dakoty. W 2006 roku Potti ukończył szkolenie z hematologii i onkologii na Duke University .
Potti zrezygnował z Duke'a w 2010 roku, po odkryciu błędów w badaniach genomiki prowadzonych w Duke i zarzutach upiększeń w jego życiorysie, przejmując odpowiedzialność za anomalie w badaniach naukowych.
Po rezygnacji z Duke, Potti pracował jako onkolog w Południowej Karolinie, ale został zwolniony w 2012 roku.
Błąd naukowy
Według Office of Research Integrity (ORI), Potti dopuścił się nierzetelności naukowej , będąc badaczem raka zarówno w Duke University's Medical Center, jak i School of Medicine . Zrezygnował w listopadzie 2010 roku po tym, jak Duke umieścił go na urlopie administracyjnym, zakończył badania kliniczne na podstawie swoich badań i wycofał opublikowane dane.
Potti i jego zespół zostali oskarżeni o fałszowanie danych dotyczących wykorzystania analizy genetycznej mikromacierzy do spersonalizowanego leczenia raka, które publikowano w różnych prestiżowych czasopismach naukowych . Chociaż pojawiły się pytania dotyczące pracy Potti, które rozpoczęły się w 2007 roku, w szczególności od dwóch bioinformatycznych , Keitha Baggerly'ego i Kevina Coombesa z MD Anderson Cancer Center , rok 2010 przyniósł dalszą i szerszą analizę, kiedy został odkryty przez Paula Goldberga i zgłoszony w The Cancer List, że Potti twierdził w swoim życiorysie , że był „stypendystą Rhodes (Australian Board)”. Powiedział, że ma na myśli stypendia Association of Rhodes Scholars in Australia, nagrodę przyznawaną przez organizację byłych stypendystów Rhodes w celu sprowadzenia obywateli Wspólnoty Narodów, którzy uczęszczają do instytucji zagranicznych, do Australii.
Oszukańcze badania Potti były finansowane przez rząd USA za pośrednictwem National Institutes of Health ; Narodowy Instytut Serca, Płuc i Krwi ; i National Cancer Institute w formie sześciu wieloletnich grantów oraz Howard Hughes Medical Institute .
60 Minutes opisał tę sprawę jako „jedno z największych oszustw związanych z badaniami medycznymi w historii”.
Odpowiedź uniwersytetu
Duke University zdał sobie sprawę z podejrzeń o niewłaściwe prowadzenie badań w 2008 r., Kiedy student medycyny współpracujący z Potti i Nevinsem wycofał swoje nazwisko z badań i przedłożył administracji memorandum zatytułowane „Problemy badawcze”. Administracja zaprzeczyła jakiemukolwiek niewłaściwemu postępowaniu i przekonała studenta, aby nie zgłaszał swoich doświadczeń agencji finansującej, Howard Hughes Medical Institute . Duke twierdził później, że w sprawę nie był zaangażowany żaden demaskator.
Dochodzenie
Skandal Potti skłonił Instytut Medycyny do przeprowadzenia badań nad właściwym wykorzystaniem genomiki w badaniach klinicznych. Raport Instytutu Medycyny zatytułowany „Evolution of Translational Omics: Lessons Learned and the Path Forward” został opublikowany 23 marca 2012 r. I zawiera szczegółowe zalecenia dotyczące badań klinicznych obejmujących „omiki”. W lutym 2012 roku Joseph Nevins stwierdził, że jest „absolutnie jasne”, że istnieją „zmanipulowane dane”, które nie mogły powstać przypadkowo. Potwierdził to raport ORI z 2015 roku.
Następstwa
Firmy opieki zdrowotnej zerwały kontakty z Pottim po tym, jak pojawiły się dowody, że Potti sfabrykował nagrody w swoim CV. American Cancer Society wstrzymało wypłaty pięcioletniej dotacji, która wyniosła 729 000 USD, ponieważ Potti otrzymał grant na podstawie jego referencji. Duke University zwrócił później American Cancer Society pełną kwotę stypendium.
Trzy badania kliniczne w Duke University Medical Center oparte na badaniach Potti zostały poddane analizie w 2009 roku i zostały tymczasowo zawieszone, a następnie zostały trwale przerwane w 2010 roku. Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków (USFDA) dokonała przeglądu jednego z badań w 2009 roku, kilka lat po jego wszczęcia i stwierdził, że badanie będzie wymagało złożenia wniosku o dopuszczenie nowego leku, który nie został złożony. Audyt FDA przeprowadzony w 2011 r. wykazał ponadto, że nie złożono wniosku o zwolnienie urządzenia badawczego, ale poza tym nie stwierdzono „żadnych znaczących braków” w postępowaniu IRB Duke'a. Dokumentacja medyczna Potti z North Carolina Medical Board zawiera jedenaście ugód, każda o wartości co najmniej 75 000 USD, dotyczących incydentów, które wydają się być związane z tymi próbami.
Pod koniec 2011 r. Rada Lekarska Karoliny Północnej udzieliła Pottiemu reprymendy, ale on zachował licencję lekarską . Zarząd podjął działania dyscyplinarne przeciwko Potti, ale nie nałożył żadnych sankcji. W postanowieniu o wyrażeniu zgody Rada Medyczna Karoliny Północnej stwierdziła, że komisja nie ma dowodów, z których mogłaby wywnioskować, że Potti otrzymał fundusze na badania medyczne w wyniku nieścisłości, których inaczej by nie otrzymał, ale doszedł do wniosku, że „... Postępowanie Potti opisane w niniejszym dokumencie stanowi nieprofesjonalne postępowanie… ”W oddzielnym postępowaniu dotyczącym licencji lekarskiej Potti Rada Lekarska Karoliny Północnej dokonała przeglądu 11 płatności dokonanych w celu uregulowania roszczeń z tytułu błędów w sztuce lekarskiej i opublikowała na swojej stronie internetowej, że „żadne działanie publiczne nie było uzasadnione”. Potti uzyskał licencję lekarską w Missouri w dniu 1 lutego 2011 r .; w dniu 6 marca 2012 r. komisja lekarska stanu Missouri (znana jako Rada Rejestracji Sztuk Uzdrawiania) udzieliła nagany na podstawie działań podjętych przez Radę Lekarską Karoliny Północnej.
W styczniu 2011 r. Potti złożył wniosek o licencję lekarską w Południowej Karolinie , która została zatwierdzona w kwietniu 2011 r. Potti był zatrudniony jako praktykujący lekarz w Coastal Cancer Center w Loris od marca 2011 r. Do 21 lutego 2012 r., Kiedy został zwolniony.
Oprócz ugody wytoczono również dwa pozwy przeciwko Potti, a także Duke'owi i tamtejszemu personelowi medycznemu, zarzucając między innymi zaniedbania medyczne. W swojej odpowiedzi na pozwy Potti stwierdził, że „nie był świadomy, że w badaniu uwzględniono fałszywe lub niewłaściwe dane”.
Robert Califf z Duke zeznał, że przejrzeli 40 publikacji Pottiego i że dwie trzecie z nich zostanie wycofane w całości lub w części. Nauka podała to jako „Konsekwencje sprawy Duke'a obejmują 27 artykułów, które Duke spodziewa się częściowo lub całkowicie wycofać”. Od lutego 2012 r. wycofano dziesięć artykułów naukowych autorstwa Pottiego i innych .
Po odejściu z Duke Potti zatrudnił Online Reputation Manager, firmę zarządzającą reputacją , aby poprawić wyniki wyszukiwania jego nazwiska.
W lutym 2013 r. WordPress otrzymał powiadomienia o usunięciu DMCA dotyczące postów na blogu Retraction Watch krytycznych wobec Potti i posty zostały usunięte. Retraction Watch twierdzi, że te powiadomienia o usunięciu DMCA były oparte na fałszywych roszczeniach. W listopadzie 2013 r. firma Automattic , dostawca usługi hostingowej WordPress obsługującej Retraction Watch, złożyła pozew przeciwko osobie zgłaszającej żądanie usunięcia, twierdząc, że złożył te fałszywe roszczenia z naruszeniem ustawy DMCA.
Pytania badawcze i raport Instytutu Medycyny na temat „omiki”
Po pytaniach dotyczących badań genomicznych, które były prowadzone przez Potti i Nevinsa w Duke w latach 2004-2010, National Cancer Institute zwrócił się do Instytutu Medycyny (IOM) o powołanie komitetu, który zaleciłby sposoby wzmocnienia rozwoju i oceny testów opartych na omice. Zalecenia IOM opublikowane w marcu 2012 r. przemawiały do wielu stron odpowiedzialnych za odkrycie i rozwój testów opartych na omice, w tym badaczy, ich instytucji, sponsorów badań, FDA i czasopism. W raporcie określono najlepsze praktyki mające na celu usprawnienie opracowywania, oceny i tłumaczenia testów opartych na omicznych, jednocześnie wzmacniając kroki w celu zapewnienia, że testy te zostaną odpowiednio ocenione pod kątem ważności naukowej, zanim zostaną wykorzystane do kierowania leczeniem pacjentów w badaniach klinicznych. Zalecenia IOM miały na celu zapewnienie, że postęp w opracowywaniu testów omicznych opiera się na solidnej praktyce naukowej i jest powtarzalny, co skutkuje nie tylko poprawą opieki zdrowotnej, ale także trwałym zaufaniem publicznym.
W raporcie IOM dodano ponadto, że „niepowodzenie wielu stron [w firmie Duke] w wykrywaniu lub podejmowaniu działań w przypadku problemów z kluczowymi danymi i metodami obliczeniowymi… doprowadziło do niewłaściwego włączania pacjentów do badań klinicznych, przedwczesnego zakładania firm i wycofania dziesiątek artykułów naukowych ”. W raporcie szczególnie wezwano badaczy naukowych do „publicznego udostępnienia danych, kodów komputerowych i procedur obliczeniowych wykorzystywanych do opracowania ich testów klinicznych do niezależnego przeglądu” oraz do zapewnienia, że ich dane i etapy badań są prezentowane w sposób zrozumiały. W raporcie stwierdzono również, że tak zwane testy „omiczne” – takie jak genomika i proteomika, które są narzędziami diagnostycznymi opartymi na wzorcach molekularnych – są generalnie bardzo podatne na błędy. Przewodniczący komitetu IOM Gilbert Omenn, biolog obliczeniowy z University of Michigan, powiedział, że problemów można było uniknąć. Ale zauważył również, że tego rodzaju problemy nie były unikalne dla Duke'a. „Jest tu wiele lekcji, które z pewnością odnoszą się do innych miejsc” – powiedział Omenn.
Kontynuacja kontrowersji
Jednym z pytań, na które ani Duke, ani osoby zaangażowane w badania nie byli do tej pory w stanie jednoznacznie odpowiedzieć, jest to, w jaki sposób doszło do uszkodzenia danych lub manipulacji, które wymagałyby gruntownej znajomości hurtowni danych mikromacierzy ( duże specjalistyczne bazy danych), a także bioinformatyki. Komentarze Roberta Califfa na temat TMQF dotyczą jedynie pochodzenia danych, odpowiedniej współpracy ilościowej, odpowiedzialności i otwartego dialogu na temat kwestii wykraczających poza indywidualne laboratorium i systemy radzenia sobie z konfliktem interesów.
W krótkiej wymianie zdań z członkiem komisji Thomasem Flemingiem, profesorem biostatystyki na Uniwersytecie Waszyngtońskim, Joseph Nevins odmówił powiedzenia, w jaki sposób jego zdaniem doszło do problemów z danymi. Kiedy Fleming zwrócił uwagę, że ponieważ problemy w danych poprawiły wyniki eksperymentów, wydawało się, że zostały wprowadzone celowo. „Nie mogę tego rozwiązać” – odpowiedział Nevins. „Po prostu nie mogę znaleźć się w pozycji spekulacji na temat tego, jak to się stało”.
Wycofane dokumenty
Od 2018 r. 11 artykułów, których współautorem jest Potti, zostało wycofanych, a siedem innych zostało poprawionych. Wycofane dokumenty Potti to:
- Genomowe podejście do stratyfikacji ryzyka raka okrężnicy daje biologiczny wgląd w możliwości terapeutyczne
Ten artykuł został opublikowany przez PNAS . Ekspresja genów może pozwolić naukowcom sprawdzić, czy guzy są jednolite w całym tekście. Można to również zastosować w przypadku raka okrężnicy . Mogą również pomóc przewidzieć, jak dana osoba zareaguje na leczenie i poprawić rokowanie. Autorzy powiedzieli, że chcą wycofać ten artykuł, ponieważ „… nie byliśmy w stanie odtworzyć pewnych kluczowych eksperymentów opisanych w artykule dotyczących walidacji i wykorzystania sygnatury prognostycznej raka okrężnicy. Obejmuje to walidację przeprowadzoną przy użyciu zestawu danych E-MEXP-1224, jak przedstawione na ryc. 2A, jak również generowanie wyników prognostycznych dla linii komórkowych raka okrężnicy, jak przedstawiono na ryc. 4…”
- Walidacja sygnatur genów, które przewidują odpowiedź raka piersi na chemioterapię neoadiuwantową
Ten artykuł został opublikowany w Lancet Oncology. W badaniu tym uczestniczyły pacjentki z rakiem piersi bez receptorów estrogenowych . Naukowcy chcieli potwierdzić swoje wcześniejsze badania sygnatur ekspresji genów w przewidywaniu skutków leków chemioterapeutycznych. Artykuł został wycofany, ponieważ zaczęto kwestionować ważność wyników i ponieważ dokonano prognoz na podstawie Nature Medicine , który został wycofany.
- Podpisy genomowe do wskazówek dotyczących stosowania chemioterapeutyków
Ten artykuł został opublikowany w Nature Medicine . Sygnatury ekspresji genów opracowano na podstawie danych dotyczących wrażliwości na leki in vitro i danych z mikromacierzy Affymetrix. Zostały one wykorzystane do przewidywania odpowiedzi i wrażliwości na leki chemioterapeutyczne, a także odpowiednie leki. Ten artykuł został wycofany po poprawieniu, ponieważ nie można było odtworzyć wielu kluczowych eksperymentów.
- Sygnatury ekspresji genów, cechy kliniczno-patologiczne i zindywidualizowana terapia w raku piersi
Ten artykuł został opublikowany w JAMA ( Journal of American Medicine Association ). Pacjenci mieli raka piersi we wczesnym stadium. Głównym celem badania było sprawdzenie, czy sygnatury ekspresji genów mogą poprawić rokowanie w przypadku raka piersi. Ten artykuł mówi o raku, technologii genomowej oraz chemioterapii i radioterapii. Ten artykuł został wycofany, ponieważ duża część artykułu była oparta na innym artykule, który Potti napisał i opublikował w Nature Medicine . Artykuł w Nature Medicine został wycofany z powodu braku odtworzenia wyników.
- Strategie farmakogenomiczne zapewniają racjonalne podejście do leczenia pacjentów z zaawansowaną chorobą nowotworową opornych na cisplatynę
Ten artykuł został opublikowany w Journal of Clinical Oncology . Zwykle chemioterapię opartą na platynie stosuje się w leczeniu niedrobnokomórkowego raka płuc, ale reakcja pacjentów jest bardzo zmienna. W tym artykule omówiono również przewidywanie reakcji poszczególnych osób na cisplatynę i pemetreksed. Ten artykuł został wycofany, ponieważ nie można było odtworzyć eksperymentów.
- Wzorce ekspresji genów przewidują fenotypy zakrzepicy o podłożu immunologicznym
Ten artykuł został opublikowany w czasopiśmie Blood . Żylna choroba zakrzepowo-zatorowa (ŻChZZ) dotyka około 3 na 1000 Amerykanów. Z tej trójki 10% ma aPLA. Badanie to obejmowało 129 pacjentów. Spośród tych 129 57 miało APS i ŻChZZ, 32 miało ŻChZZ bez aPLA, 32 miało aPLA, a 8 było zdrowych. Profile ekspresji genów identyfikują i przewidują osoby z APS od pacjentów z ŻChZZ bez aPLA. Ważna jest umiejętność przewidywania APS i zakrzepicy żylnej, ponieważ pomoże to w leczeniu choroby. Ten artykuł został wycofany, ponieważ inni autorzy nie byli w stanie odtworzyć danych, które cytował Potti.
- Strategia genomowa mająca na celu poprawę rokowania we wczesnym stadium niedrobnokomórkowego raka płuca
Ten artykuł został opublikowany w New England Journal of Medicine . Pacjenci biorący udział w tym badaniu byli w stadium IB, II lub IIIA niedrobnokomórkowego raka płuca. Wielu pacjentów przechodzi operację, ale ryzyko nawrotu jest wysokie. Inni niepotrzebnie otrzymują toksyczną chemioterapię. W tym badaniu wykorzystano ekspresję genów do oceny, jaka forma leczenia byłaby najlepsza. Ten artykuł został wycofany przez autorów, ponieważ nie mogli odtworzyć wyników z artykułu.
- Zintegrowane podejście do przewidywania odpowiedzi na chemioterapię u pacjentów z rakiem piersi
Ten artykuł został opublikowany w PLOS One . Ważne jest, aby pacjenci z rakiem otrzymywali najskuteczniejsze leczenie, mając jednocześnie nadzieję, że mają najlepszą możliwą jakość życia. Naukowcy opracowali profile mRNA i mikroRNA. Przetestowali profile mRNA na 133 pacjentach z rakiem piersi. Te pacjentki z rakiem piersi były leczone chemioterapią TFAC. Ten artykuł został wycofany, ponieważ niektóre użyte w nim informacje pochodziły z Nature Medicine , który został wycofany. Ponieważ ten artykuł został wycofany, uznano, że ten artykuł również powinien zostać wycofany.
- Zintegrowane podejście oparte na genomie do zindywidualizowanego leczenia pacjentek z zaawansowanym rakiem jajnika
Artykuł ten został opublikowany w czasopiśmie Journal of Clinical Oncology w lutym 2007 r. W badaniu oceniano reakcje pacjentek z rakiem jajnika na terapię opartą na platynie. Oznacza to ostatnie z serii około 13 spodziewanych wycofań Pottiego, z kolejnymi 13 oczekiwanymi częściowymi wycofaniami.
- Charakterystyka znaczenia klinicznego fenotypu zarodkowych komórek macierzystych w gruczolakoraku płuc
Ten artykuł został opublikowany w Clinical Cancer Research 15 grudnia 2009 r. Badanie rzekomo wykazało wspólny wzorzec ekspresji genów między gruczolakorakiem płuc a normalnymi ludzkimi zarodkowymi komórkami macierzystymi, który był związany z krótszym przeżyciem pacjentów z rakiem płuc. W dniu 21 lutego 2012 r. rękopis został wycofany. Oświadczenie o wycofaniu zostało podpisane przez wszystkich autorów i wskazywało, że „informacje kliniczne ze zbioru danych… dostępnego w czasie opracowywania podpisu były nieprawidłowe”. Ponadto oświadczenie to wskazywało, że „dr Anil Potti i Marvaretta Stevenson ponoszą pełną odpowiedzialność za ten błąd”.
- Regulowane w górę szlaki onkogenne u pacjentów narażonych na dym tytoniowy mogą zapewnić nowe podejście do chemoprewencji raka płuca
Opublikowany w czasopiśmie Chest , artykuł ten został wycofany w 2012 r. Z zawiadomieniem o wycofaniu stwierdzającym: „Autorzy polegali na wynikach zgłoszonych przez Pottiego i nie byli świadomi zgłoszonych później błędów”.
Podejrzany papier
- Specyficzne dla wieku i płci profile genomowe w niedrobnokomórkowym raku płuc zostały opublikowane w Journal of the American Medicine Association ( JAMA ). To badanie, przeprowadzone na Duke University od lipca 2008 do czerwca 2009, zbadało wpływ wieku i płci na odpowiedź na raka, badając geny 787 pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuc. Artykuł jest w trakcie przeglądu, ale nie został wycofany od lutego 2012 r.