Bazy danych miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne
Czynniki transkrypcyjne to białka, które wiążą genomowe miejsca regulatorowe. Identyfikacja genomowych elementów regulatorowych jest niezbędna do zrozumienia dynamiki procesów rozwojowych, fizjologicznych i patologicznych. Ostatnie postępy w immunoprecypitacji chromatyny , a następnie sekwencjonowaniu ( ChIP-seq ) dostarczyły potężnych sposobów identyfikacji profilowania całego genomu białek wiążących DNA i modyfikacji histonów . Zastosowanie metod ChIP-seq pozwoliło na wiarygodne odkrycie miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych i miejsc modyfikacji histonów.
Bazy danych miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne
Obszerna lista baz danych miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne (TFBS) oparta na danych ChIP-seq w następujący sposób:
| Nazwa | Opis | typ | Połączyć | Bibliografia | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Baza chipów | ChIPBase baza danych dla miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne , motywów (~ 1290 czynników transkrypcyjnych) i dekodowania regulacji transkrypcji LncRNA , miRNA i genów kodujących białka z ~ 10 200 wyselekcjonowanych zbiorów danych szczytowych pochodzących z metod ChIP-seq u 10 gatunków | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| CHEA | regulacja czynnika transkrypcyjnego wywnioskowana z integracji całego genomu eksperymentów ChIP-X. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| CIS-BP | zbiór modeli miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych wywnioskowanych na podstawie domen wiążących. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| CistromeMapa | baza wiedzy i serwer internetowy do badań ChIP-Seq i DNazy-Seq na myszach i ludziach. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| CTCFBSDB | baza danych dla miejsc wiążących CTCF i organizacji genomu | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| księga faktorów | baza danych oparta na wiki, zawierająca dane dotyczące wiązania czynników transkrypcyjnych, wygenerowana przez konsorcjum ENCODE . | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| hmChip | baza danych i serwer WWW do eksploracji publicznie dostępnych danych ChIP-seq i ChIP-chip dla ludzi i myszy. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| HOKOMOKO | obszerny zbiór modeli miejsc wiązania ludzkich i mysich czynników transkrypcyjnych. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| JASPAR | Baza danych JASPAR CORE zawiera wyselekcjonowany, nieredundantny zestaw profili, pochodzących z opublikowanych kolekcji eksperymentalnie zdefiniowanych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych dla eukariontów. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| MethMotyw | Integracyjna, specyficzna dla komórki baza danych motywów wiążących czynniki transkrypcyjne w połączeniu z profilami metylacji DNA. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| SzwajcarskiRegulon | baza danych obejmująca cały genom adnotacji miejsc regulacyjnych. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
| TFLink | Bramka TFLink dostarcza wyczerpujących i bardzo dokładnych informacji na temat interakcji czynnika transkrypcyjnego z docelowym genem, sekwencji nukleotydowych i genomowej lokalizacji miejsc wiązania czynnika transkrypcyjnego dla człowieka i sześciu organizmów modelowych. | Baza danych | strona internetowa | ||||||
Kategorie: